Николай II требовал сокращения числа «классических» гимназий — как раз той школы, что давала образование «университетского типа». Он видел в этом средство «селекции» школьников, а потом и студентов, по сословному и материальному признакам — как залог политической благонадежности. Министр просвещения Г.Э.Зенгер в 1902 г. с большим трудом отговорил царя от приведения числа гимназий в соответствие с числом студентов в университетах, приведя как довод, что «недовольство достигло бы больших пределов». Царь был противником допуска в университеты выпускников реальных училищ, более демократических по составу, чем гимназии. Когда А.Н.Куропаткин подал предложение принимать «реалистов» на физико-математические факультеты как лучше подготовленных по этим предметам, нежели гимназисты, царь ответил отказом.
Конфликт с интеллигенцией, которая по мере ослабления официальной религиозности народа играла все более важную роль в легитимации (или подрыве легитимности) власти, после 1906 г. стал быстро углубляться. Во время студенческих волнений в конце 1910 г. Столыпин не только не обращал внимания на остатки университетской автономии, но и пытался обязать профессуру сотрудничать с полицией. Таким образом, он нанес тяжелый удар по «кадетскому» университету. Подали в отставку со своих постов ректор и проректор Московского университета, а их вообще уволили с должности профессора. В знак солидарности в отставку подали 130 профессоров и преподавателей, включая К.А.Тимирязева, В.И.Вернадского, П.Н.Лебедева, С.А.Чаплыгина.
Под «колпаком» охранки был едва ли не весь преподавательский состав университетов. В деле «О проф. Московского университета И.М.Сеченове» (1898) сказано: «Из секретных сведений особого отдела Департамента полиции усматривается, что в 1872 г. масса слушателей посещала лекции Сеченова и Боткина, которых вследствие этого Правительство изволило удалить из Медицинской академии, т.е. от того, что они своими лекциями приобрели большую популярность между студентами».
Поразительно, что во время перестройки Столыпин стал кумиром той самой части интеллигенции, которая больше всего говорила о нравственности и ненавидела КГБ. Как они могли согласовать это с таким важным наблюдением С.Ю.Витте: «В своем беспутном управлении Столыпин не придерживался никаких принципов, он развратил Россию, окончательно развратил русскую администрацию, совершенно уничтожил самостоятельность суда… Столыпин развратил прессу, развратил многие слои русского общества, наконец, он развратил и уничтожил всякое достоинство Государственной думы, обратив ее в свой департамент» (В.А.Волков, М.В.Куликова. Российская профессура «под колпаком» у власти. — Вопросы истории естествознания и техники. 1994, № 2).
Создание охранки нового типа, безнравственность которой еще больше подорвала авторитет государства, бумерангом ударило по государству. Именно Столыпин организовал провокацию, которая привела к разгону II Государственной думы 3 июня 1907 г. Охранка, скорее всего, подбросила одному депутату от социал-демократов «наказ» солдатам столичного гарнизона с призывом к вооруженному восстанию, затем устроила обыск и этот «наказ» обнаружила. 1 июня Столыпин потребовал от Думы разрешения на арест депутатов социал-демократов, но Дума даже не успела этот вопрос рассмотреть и отказать или согласиться с требованием, как ее распустили указом царя. Это вошло в историю как «переворот 3 июня».
Охранка пошла на абсолютно недопустимое, особенно в традиционном обществе, предоставление «лицензии на политическое насилие» против оппозиции. Размывание абсолютной монополии на легитимное насилие — начало гибели государства. Один из политических руководителей охранки П.И.Рачковский, по свидетельству многих историков (а главное, по сложившемуся тогда в обществе мнению), санкционировал политические убийства оппозиционных деятелей неформалами уголовного типа, которые рядились в «черносотенцев».
В России была учреждена перлюстрация писем — вскрытие писем на почте и их изучение в департаменте полиции. Страна жила в атмосфере тотального сыска (просматривалась даже почта министров и великих князей). Кадет В.А.Маклаков, выступая в Думе, говорил в 1909 г.: «Правительство в плену у охранников… У него [охранного отделения] политика определенная: раздражать общество, возмущать общество, бороться с обществом, наконец, как венец всего этого, поддерживать атмосферу беззакония и произвола». К февралю 1917 г. только в московском охранном отделении имелась картотека на 300 тысяч политически неблагонадежных.