— Мы должны честно заявить, что Богу повиноваться надо более, чем людям, — завершил дискуссию Павлов.
Было решено поручить Д.И. Мазаеву, И.А. Голяеву и В.П. Степанову составление ходатайства перед высшими властями.
Прошение баптистов поступило в Государственный совет 6 ноября 1911 года. "Мы не можем соглашаться с людьми, которые смотрят на религию не как на силу нашего спасения, а как средство обрусения всех нерусских и оправославления всех неправославных, ибо невозможно оправославить семейство, где все взрослые от православия сознательно отрекаются и где лишь одни дети, бессознательно к церкви причисленные, насильственно в ней удерживаются, — излагалось в петиции. — Мы убедительнейше просим Государственный совет во исполнение мудрой воли нашего возлюбленного Монарха, выраженной в памятном указе и Манифесте о свободе совести, предоставить нашим детям с согласия родителей переходить из православия в сектантство беспрепятственно. Верим, что такое решение этого вопроса облегчит страдания многих семей и вызовет благословение потомства".
Мнения государственных мужей резко разделились с самого начала обсуждения законопроекта. Прогрессивная часть в лице графа Д.А. Олсуфьева и известного юриста А.Ф. Кони выступала за расширение свободы совести.
— Мы желаем поднять нашу веру, устранив из нее, всякое насилие. Насилие в деле веры пятнает саму веру и это пятно необходимо снять, — настаивал Олсуфьев,
— Соединение политики и веры всегда приводило к дурным последствиям, — констатировал Кони. — Там, где церковь подчиняла себе политику, возникала инквизиция, там, где политика подчиняла себе церковь, церковь превращалась в полицейский участок.
— Христианскую мораль немыслимо понимать без свободы совести и веры. Нельзя мешать верующим людям самостоятельно и свободно искать пути спасения своей души. Хотя в России целым рядом актов Высочайшей воли и установлен принцип свободы совести, тем не менее, кто знает русскую действительность и отношение властей к указу от 17 апреля 1905 года, тот глубоко сознает необходимость вероисповедного закона. Настоящий закон в думской редакции отвечает этой необходимости. Господствующая церковь при этом сохраняет за собой все свое духовное состояние, — сделал заключение член Совета Войнич-Сяноженский.
Представители православного духовенства архиепископ Новгородский Арсений, протоиерей Буткевич и Беликов остались глухи к доводам трех участников совещания.
— Русский народ ценит только православие, остальные верования для него — нехристианские, — утверждал Буткевич. — Видя наплыв иноверии, русский народ хотел бы крикнуть: "руки прочь", но его убаюкивают сладкими песнями о том, что его величие требует не только признания равноправия всех вер, но и отказа от собственной веры.
Многочасовые дебаты в Госсовете не привели к существенным изменениям в религиозном законодательстве. Думский вариант проекта о переходе из одного исповедания в другое без всяких возрастных ограничений был перечеркнут лицами, привыкшими мыслить и жить в одной узко-казенной плоскости. Вот что писала газета "Современное Слово" в дни работы Госсовета: "Мы видим, на какое прокрустово ложе попал вероисповедный законопроект. Нижняя палата внесла в правительственный законопроект все поправки, которые подсказаны жизнью, которые вытекали из опыта применения предыдущих правительственных актов, установивших относительную свободу вероисповедания. Но Госсовет отверг думскую редакцию и восстановил правительственную и, таким образом, не распутал жизненную коллизию, а снова ее запутал. Отсюда ясно видно, что не юридическая логика, не высший государственный интерес руководил Госсоветом, а просто реакционная тенденция, которая была доведена до такого яркого абсурда в речах представителей духовенства. Свобода совести опять урезана. Думе придется, вероятно, согласиться на эти урезки, чтобы спасти хоть крохи свободы. Самое элементарное стремление влить в нашу жизнь начала культурные и правовые останется бесплодным".
Выводы газеты справедливы, но крайне пессимистичны. Усилия широко мыслящей части русского общества по изменению отношения к инаковерующим, включая и устроителей Московского баптистского съезда, вроде бы оказались тщетными. Но все служители баптистских общин, несмотря на препятствия продолжали вести дело Божие так, как повелевало им Евангелие Христово. Деловые собрания съезда, ходатайства и прошения в адрес правительства, богослужения в Политехническом музее при стечении народа сделали большое дело, — открыто говоря о живом исповедании учения Христа, они пробудили общественное сознание.
"Наш съезд в белокаменной Москве — совершившийся факт. Он наделал много шума и благодаря настояниям градоначальника был доведен до конца ранее предполагаемого срока, — писал Павлов. — То, что баптисты, несмотря на всевозможные стеснения, могли в течение двух лет созвать два съезда в обеих столицах указывает на их прогресс. Эти съезды важны в том отношении, что мы стали больше известны печати и обществу, нас могли наблюдать вблизи и ближе познакомиться с нашими принципами и деятельностью и таким образом составить себе более ясное понятие об этом евангельском движении".
Все слои общества так или иначе соприкоснулись с баптистами. Проповедников Евангелия окружали государственные чиновники, интеллигенция, городские ремесленники и заезжие крестьяне. Присутствовавший на всех собраниях съезда представитель департамента духовных дел при МВД Бондарь С.Д. выпустил вскоре брошюру, под названием "Современное состояние русского баптизма". Этот чиновник сумел объективно взглянуть на особенности баптистского движения. "Силу баптизма составляет его общинное устройство, — отмечал Бондарь. — Члены баптистских общин сами инициаторы дела; они свободно и легко собираются и совещаются; на собраниях выслушивается каждая мысль, кому бы она ни принадлежала. Созревшее решение быстро осуществляется исполнительной волей тех, кто его обсуждал и постановлял. Баптистское движение захватило почти все губернии Европейской и Азиатской России. Оно распространяется не только среди православного населения, но и среди последователей других сект. В Тамбовской губернии из 15 тысяч сектантов большинство баптисты, перешедшие из молоканства. Миссия баптизма ведется систематически и планомерно; приемы и средства ее отличаются продуманностью и целенаправленностью. Число баптистских проповедников и пресвитеров в России значительно. На 11 тысяч русских баптистов к концу 1909 года было 240 пресвитеров и проповедников".
Московский съезд отыскал новые подходы к решению внутрицерковных проблем. Был утвержден институт старших пресвитеров. Все общины Европейской России предполагалось разделить по районам. Пресвитериату вменялось в обязанность нести духовное попечение над несколькими общинами, организацию их богослужебной и социальной деятельности.
Участники съезда получили письмо от духовного центра и приветственные телеграммы от общин родственных по духу евангельских христиан. Они предлагали образовать на основе сохранения двух независимых полноправных союзов соединенный комитет в целях преодоления отчужденности и поиска путей для сближения. За сотрудничество двух течений выступил В.Г. Павлов. Другие служители проявили сдержанность. В.В. Иванов говорил о том, что общины евангельских христиан неоднородны. По наблюдениям Иванова, их можно разделить на два разряда: самостоятельно возникшие и отделившиеся от баптистов, состоящие из лиц недовольных и непримиримых. Со второй группой очень трудно иметь что-либо общее.
Окончательные соображения по устранению недоразумений делегаты изложили в коллективном письме, направленном совету Петербургской общины евангельских христиан: "Съезд находит нужным не учреждение соединительного комитета, а просто братски-христианское друг ко другу отношение. Мы желаем: иметь мирное отношение ко всем общинам евангельских христиан, иметь полное братское общение с теми общинами, которые образовались самостоятельно. Не производить разделения в этих общинах и не навязывать им название "Баптист", но работать в них. Не принимать отлученных их этих общин евангельских христиан, воздерживаться от порицания даже отлученных баптистскими общинами и перешедших к евангельским христианам. Учреждение же постоянного для этой цели комитета было бы лишь нашим взаимным позором и укором в том, что мы, будучи христианами и братьями, не можем держать себя так, чтобы не вызывать необходимости образования специального комитета".
В письмах к съезду некоторые евангельские христиане обвиняли журнал "Баптист" в резких выпадах против их общин председателя Союза Проханова.