Советскому командованию стало известно, что противник не собирается оставлять Крым и что в составе 17-й немецкой армии находится значительное число соединений немецких и румынских полевых войск, частей береговой обороны. Керченский полуостров оборонял отошедший с Таманского полуострова 5-й армейский корпус в составе 98-й пехотной дивизии, боевой группы полковника Кригера, румынских 3-й горнопехотной и 6-й кавалерийской дивизий. Здесь же действовали четыре отряда морской пехоты, портовые команды, 16 батарей береговой и 29 батарей полевой артиллерии, саперные и другие специальные войска. В составе танковой группы насчитывалось свыше 40 боевых машин[107]. Всего на полуострове находилось приблизительно 85 тыс. солдат и офицеров противника. И хотя эти войска обороняли морское побережье на широком фронте, они имели возможность гибко маневрировать для сосредоточения превосходящих сил против наших десантов, высадившихся на берегу. В глубине были подготовлены три оборонительные позиции. В проливе действовали немецкие торпедные катера и самоходные артиллерийские баржи. На подходах к берегу были поставлены минные заграждения. Советское командование знало, что боевые порядки войск и военно-морские базы в Крыму противник прикрывал 23 батареями зенитной артиллерии и авиацией 4-го воздушного флота с аэродромов, расположенных как в Крыму, так и на юге Украины. Всего в распоряжении противника было 470 самолетов[108].
12 октября 1943 года командующий войсками Северо-Кавказского фронта подписал план десантной операции, который учитывал сильную оборону Керченского полуострова. В соответствии с планом две армии высаживались одновременно на керченский берег. 56-я армия и Азовская военная флотилия высаживали десант в районе северо-восточнее Керчи, 18-я армия и силы Черноморского флота — южнее Камыш-Буруна. В дальнейшем армии, накопив силы, должны были совместно наступать на запад и освободить Керченский полуостров. 13 октября Ставка ВГК утвердила план операции, которая вошла в историю войны как Керченско-Эльтигенская десантная операция.
Операцию по освобождению Керченского полуострова было решено подготовить и провести в сжатые сроки в связи с прорывом войск Южного фронта на северные подступы к Крыму. Первым этапом фронтовой операции становилась десантная операция с целью захвата двух плацдармов. 18-я армия во взаимодействии с Черноморским флотом и под прикрытием его авиации (с оперативно приданной 214-й штурмовой авиадивизией 4-й воздушной армии) с исходного положения Тамань, Кротков, озеро Соленое должна была высадить десант и захватить плацдарм в районе поселок Эльтиген, порт Камыш-Бурун. Удерживая этот порт и установив сообщение с Таманским полуостровом, надлежало переправить в Крым главные силы армии, которые затем должны развить наступление на северо-запад в направлении Багерово в тыл керченской группировки врага. Справа 56-я армия во взаимодействии с Азовской военной флотилией и 4-й воздушной армией высаживались позднее с задачей овладеть северо-восточной частью Керченского полуострова, городом и портом Керчь, установить сообщение с Таманским полуостровом и в дальнейшем наступать на запад в направлении Багерово, Владиславовка.
Несмотря на то что район Керчи обороняла наиболее боеспособная 98-я немецкая пехотная дивизия, по условиям высадки и дальнейшего развития наступления направление, где высаживалась 56-я армия, считалось более перспективным в операции. Сложные условия высадки и наращивания сил в полосе действий 18-й армии и Черноморского флота в районе Эльтигена вынуждали считать его вторым направлением.
Этап фронтовой операции по освобождению Керченского полуострова — высадка десанта и захват плацдармов — была положена в основу планирования армейских операций. Через неделю после завершения боевых действий по освобождению Таманского полуострова, 16 октября в 19 часов командующий 18-й армией подписал боевой приказ на подготовку и проведение десантной операции с целью захвата плацдарма на Керченском полуострове на участке маяк Нижне-Бурунский, коммуна «Инициатива».