15 декабря 1946 года в области впервые зарегистрирована еврейская религиозная община. Она была открыта в Биробиджане решением Совета по делам религиозных культов как ранее действовавшая.
Раввином общины стал Кац Герш-Мойше Хаймович, работавший экспедитором в облпотребсоюзе, которому в том году исполнилось семьдесят лет. По данным областного архива, Г.Х. Кац приехал как переселенец в декабре 1933 года и устроился «десятником» (бригадиром) в Биробиджанский райпотребсоюз.
Первая биробиджанская синагога разместилась в квартире деревянного дома по улице Калинина, д. 17, что и сейчас стоит напротив железнодорожного вокзала. Всех прихожан эта синагога не могла принять и, проработав там с марта по август 1947 года, переехала на улицу Чапаева, 3, в одноэтажный большой деревянный дом площадью 372 квадратных метра, построенный в 1936 году, в котором ранее размещалась гончарная мастерская.
Через десять дней после еврейского нового года, 24 сентября 1947 года, в праздник Йом-Кипур состоялось торжественное открытие синагоги в присутствии почти 400 человек. Это событие не осталось без внимания Б. Гребенникова, уполномоченного Совета по делам религиозных культов. Из его справок известно, что около 150 работниц швейной фабрики в этот день самовольно оставили работу и ушли в синагогу. В том же году 200 работниц обратились к директору с просьбой освободить их от работы для посещения синагоги в праздничные дни. Параллельно община обратилась к уполномоченному освободить от работы всех верующих на три дня праздника Йом-Кипур, но получила отказ.
В общине числилось по списку почти 300 человек, и даже в будни синагогу посещало от 80 до 150 прихожан. По сведениям Б. Гребенникова, община уже имела в то время большое влияние на окружающее население. В марте 1948 года горисполком выдал разрешение на проведение службы, а 28 сентября был заключён бессрочный договор о бесплатном пользовании помещением.
С 1947 года и до мая 1948 года синагогу посещали не только пожилые люди, но и молодёжь. В праздничные дни Пейсаха, Йом-Кипур, Рош га-Шана (еврейский Новый год) собиралось до 400 и более человек. Активными участниками общины оказались близкие родственники работников горисполкома и облисполкома, некоторые партийные и комсомольские работники.
Члены общины активно обсуждали «палестинский вопрос», который решался в то время на чрезвычайной сессии Генеральной Ассамблеи ООН. При этом верующие порой ревниво относились к идее создания второго еврейского государства, полагая, что достаточно уже образованной Еврейской автономной области.
Перед общиной стояли и другие задачи: издание еврейского календаря, открытие магазина кошерного мяса, получение белой муки для выпечки мацы. Летом 1948 года община, собрав деньги, отправила р. Каца в Москву для решения этих проблем, но Совет по делам религиозных культов разрешений на эту деятельность не выдал.
Чтобы уменьшить активность еврейской общины, партийные и советские органы начали оказывать давление на руководителей предприятий, отпускавших работников на религиозные праздники. Если на Йом-Кипур 1948 года почти 600 биробиджанцев пришло в синагогу выразить своё отношение к самому знаменательному празднику еврейского народа, то в 1949 году, на Йом-Кипур, синагогу посетило около 450 человек, а в 1950 году — почти 350 прихожан.
Религиозная община постепенно утрачивала своё влияние. Если в марте 1948 года в ней было зарегистрировано 300 человек, то на 1 июня — всего 43 человека. Снизилась посещаемость синагоги прихожанами: после мая 1948 года в пятницу в синагоге бывало 25–30 человек, в субботу — от 60 до 100 человек. Резко сократились денежные сборы, в связи с чем несколько месяцев кантор синагоги С. Каплун не получал жалование. Зимой 1948–1949 года из-за того, что не было средств на отопление, синагога часто была закрытой.
Оценивая сложившуюся в 1949 году обстановку, Б. Гребенников отмечал, что резкое сокращение посещений синагоги верующими в Биробиджане произошло потому, что обком ВКП(б) и горком партии крепко прижали кое-кого из членов, кандидатов в члены партии и городских руководящих работников, близкие родственники которых посещали синагогу и совершали религиозные обряды. Во время этих гонений община лишилась раввина. По сведениям из архивов Хабаровского края, на 1 октября 1950 года председателем правления общины стал Лейб Гершевич Гефен, 1880 года рождения, проходивший по документам как иждивенец.
Сложным в жизни еврейской общины стал 1950 год. В справке «О религиозном движении и деятельности религиозных культов по Еврейской автономной области», которую Б. Гребенников в октябре 1950 года направил в Хабаровский крайком ВКП(б), сообщалось о всё ещё сохранявшейся в Биробиджане нездоровой обстановке. Под грифом «Секретно» он направляет секретарю обкома ВКП(б) ЕАО Адаскину список «активных религиозников». В нём были отмечены члены правления, члены ревизионной комиссии, кантор общины, большинство из которых родились до 1900 года и давно были на пенсии.