В октябре 1950 года Б. Гребенников пишет в справке: «По Еврейской автономной области имеется официально зарегистрированная одна еврейская религиозная община в г. Биробиджане, в которой числится верующих, постоянно посещающих синагогу, 57 чел. Из них 39 мужчин, 18 женщин…. Периодически посещающих синагогу, особенно в дни больших праздников Йом-Кипур, Рош-Гошано (так в тексте — И.Б.), Суккот или праздник урожая (один из основных праздников еврейского народа, в это время по традиции следует жить в шатре, куще — И.Б.) и Пасху, до 400 человек и более…
Кроме зарегистрированной общины евреев в области имеются группы верующих евреев, которые собираются по 15–20 человек где-либо на квартире и совершают религиозные обряды. По имеющимся сведениям, такая группа есть в райцентре с. Ленинского, эта группа 20 сентября на праздник Йом-Кипур собиралась. Есть сведения, группа миньян имеется в колхозе «Валдгейм» Биробиджанского района…».
После завершения праздников 1950 года председатель правления общины Л. Гефен, подтверждая происходящие изменения в жизни общины, заключает: «Наши праздники с каждым годом проводятся беднее, вера падает, верующих, посещающих синагогу, все меньше и меньше, наши расчёты на то, чтобы в праздники собрать побольше средств и отремонтировать синагогу, не оправдались».
В начале 1951 года Л. Гефен встречается с уполномоченным, чтобы определиться с дальнейшей работой общины. Из состава правления выбыло несколько членов, и возникли проблемы с довыборами, посещаемость молитвенных собраний снизилась, не было денег даже на свечи, не говоря уже о том, что требовался ремонт синагоги. Гефен поднял вопрос о невозможности исполнять свои обязанности. К тому времени из-за давления власти из Биробиджана выехали главные организаторы синагоги — раввин Г. Кац, 3. Вайсер и многие другие верующие.
В 1952 году впервые в синагогу в праздничные дни не приехали верующие из колхозов, не было нарушений трудовой дисциплины, связанных с самовольным уходом с рабочих мест. Перестали проводиться религиозные обряды. Верующих евреев хоронили без соблюдения ритуала на общем кладбище. Община уже не настаивала на отводе отдельного кладбища для евреев, не просила организовать приготовление и продажу мацы и кошерного мяса.
Последний всплеск религиозной активности общины пришёлся на праздник Йом-Кипур, который состоялся 18 сентября 1953 года. В синагоге присутствовало более 500 человек. Такая активность прихожан, как считает Д. Вайсерман, вызвала ответную реакцию власти. Была разработана операция по дискредитации общины спровоцированной дракой и ночным погромом в здании синагоги. Это стало поводом для принятия решения исполкомом областного Совета народных депутатов в ноябре того же года о закрытии синагоги. Это было начало конца её существования. Драка и скандал рассорили прихожан, и они перестали ходить в синагогу.
Упадок религиозной деятельности общины был естественным на фоне крайне жестоких мер, принимавшихся с 1949 года как к руководителям области, так и к еврейской интеллигенции, в числе которых были писатели, поэты, учителя, артисты. В этот период были закрыты областной музей, еврейский театр им. Л.М. Кагановича, прекратилось изучение языка идиш в школах. Это было наступление по всему фронту под флагом борьбы с «буржуазным национализмом и космополитизмом».
В докладе первого секретаря обкома ВКП(б) А. Бахмутского в феврале 1949 года, в разделе «Вопросы идеологической работы», отмечалось: «…обком партии допустил серьёзную ошибку, совершенно забросив антирелигиозную пропаганду, хотя сигналы активности религиозников у обкома были. Обком не сделал для себя выводов даже после того, когда члены некоторых наших руководящих работников, в т. ч. и областных, начали посещать синагогу. Бюро обкома ограничилось тогда внушением этим работникам, но не организовало обсуждения в партийных организациях вопроса об отношении партии к религии… Надо развернуть активную наступательную антирелигиозную пропаганду, как против иудейской, так и против христианской религии…».
Но даже эти признания не помогли Бахмутскому, который вынужден был балансировать на грани борьбы с властью за национальное развитие области и преодоления сильнейшего давления на него, выразившегося в предъявленных к нему обвинениях в «буржуазном национализме», потворстве «космополитам». Через два года А. Ярмицкий вместе с А. Бахмутским и М. Левитиным были исключены из партии за «буржуазный национализм и космополитизм». Их позиции в политических и национальных вопросах признаны ошибочными. Они были осуждены на различные сроки и впоследствии реабилитированы.