В 1862 году крупный феодал Симад-зу во главе своих войск вошел в Киото с намерением продемонстрировать императору верноподданнические чувства, а потом двинулся на Эдо. Силы были слишком неравными: сёгунат вынужден был отступить.
Отношение сёгуната к требованиям иностранцев не устраивало никого из японского населения: по всей Японии начались стихийные и организованные выступления против представителей Запада. В 1862 году в княжестве Сацума самураи убили англичанина, в июне 1863 года крепостные укрепления Си-моносэки в княжестве Тёсю обстреляли иностранные суда. Правительство оказалось меж двух огней: с одной стороны — растущее население японцев, с другой — гнев западных держав. Пытаясь восстановить мир в стране, сёгунат попытался закрыть порты для иностранных судов. Ответом на это стала разрушительная бомбардировка Нагасаки. На какое-то время Токугава удалось одержать верх в борьбе против объединенных войск крупных феодалов. В этом им помогли иностранные державы. 4–5 сентября 1864 года объединенный флот Англии, США, Франции и Голландии подверг сокрушительной бомбардировке оплот оппозиционных сил город Тёсю. Но затем в иноземном стане произошел раскол: Англия поддерживала мятежников, а Франция продолжала верить в необходимость восстановления власти сегунов Токугава. Влияние руководителей оппозиции Ито Хиробу-ми и Такасуги Синсаку, образованных дворян, побывавших за границей и настаивавших на необходимости модернизации японской экономики и социальной структуры по западным образцам, продолжало усиливаться. Антисёгунс-кая коалиция включала в себя все большее количество провинций, опиралась на финансовую помощь многих банков Японии.
60-е годы стали временем нарастания общего политического кризиса — движение оппозиции сочеталось с непрекращающимися крестьянскими и городскими бунтами. Движение против сегуна носило и религиозную окраску: многие священнослужители поддерживали бунтарей, толкуя многочисленные знамения в их пользу.
Обострение внутриполитических конфликтов заставило иностранцев выдвинуть новые требования японскому правительству, которые сёгун принял безоговорочно. Это стало последней каплей, переполнившей чашу терпения антисёгунских сил. Группировка южных княжеств двинула войска к Киото. Смерть императора Комэя, на авторитете которого держался договор императора и сегуна, разрушила обязательства императорского двора перед слабеющим сёгунатом. Противники Токугава выдвинули требование вернуть власть законному правителю — малолетнему преемнику Комэя, Муцухито. Кэйки, последний правитель рода Токугава, видя решительность глав оппозиции и военную силу противника, согласился с предъявленными требованиями. Но формальный отказ от власти был простым прикрытием. Сохранив власть в Центральной и Северной Японии, Кэйки думал таким образом выиграть время, необходимое для концентрации достаточного количества сил, чтобы дать отпор войскам противников. Однако в битвах при Фуеими и Тоба в окрестностях Киото с антисёгунской коалицией в январе 1868 года он потерпел поражение и бежал в свою резиденцию, который тоже был вынужден сдать под напором преследователей. Однако окончательно господство дома Токугава было сломлено лишь в длительной гражданской войне, охватившей большую часть территории страны.
Культура. Архитектура и скульптура
Сложность формирования культуры периода Эдо отразилась и в развитии архитектуры, в которой существовали порой противоречащие друг другу тенденции: с одной стороны процветало строительство пышных религиозных и мирских зданий в стиле момояма (период правления Хидэёси) и традиционных сооружений, отличающихся строгостью форм. Одним из достижений эпохи стало развитие городской архитектуры и строительство домов для обычных людей, не нуждавшихся в дворцах, но и не желавших жить в бараках или землянках татаэна. С распространением конфуцианства сокращается количество возведения храмовых сооружений: в этом направлении осуществляется лишь реставрация старых комплексов.