Эти функции на первых порах выполняли военно-революционные комитеты, опиравшиеся на широкие массы трудящихся, созданные во многих городах страны. Они организовывали работу но наведению порядка, подавлению врагов революции в городе и деревне, вместо старого государственного аппарата создавали органы Советской власти.
В Оренбурге военно-революционный комитет был создан 14 ноября 1917 года на заседании Совета рабочих, солдатских и крестьянских депутатов. Возглавил его С. М. Цвиллинг, член Коммунистической партии с 1905 года, участник Октябрьского вооруженного восстания в Петрограде. Военно-революционный комитет утвердил приказ № 1 о переходе всей власти в его руки. Однако Дутов арестовал исполнительный и военно-революционный комитеты и разоружил солдат. Через несколько дней арестованным членам комитета удалось бежать из тюрьмы. В январе 1918 года, когда Оренбург был освобожден отрядами Красной гвардии, С. М. Цвиллинг вновь был избран председателем военно-революционного комитета, и он возглавил борьбу с контрреволюцией в Оренбурге.
Белое офицерство рассыпалось по казачьим станицам и стало сколачивать вооруженные отряды для борьбы с Красной Армией. Один из таких отрядов был создан атаманом станицы Изобильной Ямщиковым и белыми офицерами Донецковым, Ершовым и Рожковым. Возглавил отряд полковник Донецков. Чтобы разобраться в сложившейся обстановке, Оренбургский военно-революционный комитет в марте 1918 года направил в станицу Изобильную председателя Соль-Илецкого Совета Персиянова с отрядом в 16 человек. Персиянов провел в станице собрание, на котором жители вынесли постановление о признании Советской власти. Белобандиты решили уничтожить отряд Персиянова на обратном пути в Соль-Илецк. Они направили в станицы Буранную и Ново-Илецкую гонцов с провокационными слухами о том, что отряд красных якобы занимается грабежом. Собрав свои силы из всех соседних станиц, белобандиты окружили отряд Персиянова в районе станицы Ветлянской и полностью разгромили его. Многих, в том числе Персиянова, порубили, а некоторых бросили живыми под лед в реку Илек. Такая же участь постигла вскоре в районе станицы Изобильной и отряд рабочих-железнодорожников Оренбурга под командованием С. М. Цвиллинга, который к тому времени уже являлся председателем губисполкома.
Дальнейшее обострение классовой борьбы, активные вооруженные выступления врагов Советской власти на окраинах России, в том числе в Оренбуржье, усиление подрывной деятельности шпионов, заговорщиков, бандитов, спекулянтов и других преступных элементов — все это вынудило Совет Народных Комиссаров создать специальный орган для проведения решительных мер по подавлению внутренних и внешних врагов, своевременному выявлению и пресечению их тайных замыслов.
В протоколе СНК № 21 о создании ВЧК от 7(20) декабря 1917 года определены задачи Всероссийской чрезвычайной комиссии при Совете народных комиссаров «по борьбе с контрреволюцией и саботажем… 1) пресекать и ликвидировать все контрреволюционные и саботажные попытки и действия по всей России, со стороны кого бы они ни исходили; 2) предание суду революционного трибунала всех саботажников и контрреволюционеров и выработка мер борьбы с ними; 3) комиссия ведет только предварительное расследование, поскольку это нужно для пресечения…» («Из истории ВЧК». — М.: Госполитиздат, 1958, с. 78).
Однако Чрезвычайная комиссия в Оренбуржье, как и в некоторых окраинных районах России, была создана позднее, ее функции еще долго выполнял ВРК. Дело в том, что здесь одной из главных задач было военное подавление открытых вооруженных антисоветских выступлений, которые, как правило, увязывались контрреволюцией с борьбой против Советской власти на фронте. Обстановка в губернии была напряженной. Лишь 1 июня 1918 года губисполком и губернский военно-революционный штаб утвердили постановление о создании губернской чрезвычайной комиссии по борьбе с контрреволюцией, спекуляцией и саботажем. Она разместилась в бывшем купеческом особняке (ныне угол улиц Гая и Маврицкого). Ф. Э. Дзержинский с самого начала работы ВЧК придавал самое серьезное значение подбору ее кадров и связи их с трудящимися. В записке в Президиум ВЦИК в апреле 1918 года он писал: «Приняв на себя большую и ответственную работу борьбы с врагами революции и всякого рода вредителями ее, Всероссийская чрезвычайная комиссия, в лице своих работников, по мере сил и возможности твердо и неуклонно шла по пути выполнения поставленных перед нею задач…