За период 1902–1903 годов в верхних эшелонах Охраны тоже произошли потрясения. Плеве назначил в 1902 году директором полиции Лопухина, у которого давно установились связи с Охраной через Министерство юстиции. Как подтвердили последующие события, Плеве сделал очень неудачный выбор. Рачковский, который, видимо, не стал благоразумнее после того, как вызвал неудовольствие Александра III, доложив ему о непристойном поведении во Франции вдовы Александра II, был удален из иностранного агентства за то, что сообщил нелицеприятные факты о французском факире Филиппе, очаровавшем Николая II. В 1903 году уволили Зубатова, наставника и надзирателя Азефа, после того как одна из контролируемых полицией рабочих групп учинила бесчинства в южной России. И наконец, примерно в то же время Леонид Ратаев был переведен из санкт-петербургского охранного управления на пост главы иностранного агентства и, что более важно, стал контролировать деятельность Азефа. Эта перетряска и вызванная ею неразбериха очень помогли террористам, а режим дорого заплатил за них:
Тем временем Россия позволила себе роскошь организации еще одного погрома, страшного дела в Кишиневе в апреле 1903 года. Ответственность за него, причем с вескими основаниями, возложили на Плеве. Значительная часть общественности России и внешнего мира восприняла кишиневскую акцию с отвращением И возмущением. В результате денежные сундуки «боевой организации» быстро наполнились за счет пожертвований и в ряды террористов влилась масса добровольцев. Эта кровавая бойня сильно подействовала и на нового руководителя «боевой организации», еврея Азефа. Эсеры давно замышляли расправиться с Плеве, но именно реакция Азефа на события в Кишиневе ускорила осуществление планов убийства.
Евно Азеф, сбивая с толку Ратаева, завалил его ложными сообщениями. И наконец в июле 1904 года Плеве был уничтожен бомбой, брошенной Сазоновым по указанию Бориса Савинкова, заместителя Азефа. Покушение подготовил сам Азеф, находившийся в Варшаве, после чего он немедленно бежал в Вену, заметая следы, и направил Ратаеву телеграмму со своим «возмущением». Странно — впрочем, это можно понять, если учесть, что директором полиции был Лопухин, — но настоящего расследования убийства Плеве не проводилось. Не исключено, что Охрану, так же как и эсеров, устраивала ликвидация Плеве;
К тому времени царь Николай решил прославить себя за границей, поскольку не мог сделать этого внутри страны, и втянул государство в гибельную войну 1904–1905 годов с Японией. Россия проигрывала одну битву за другой, что привело к кульминации в январе 1905 года — походу рабочих к Зимнему дворцу, к Кровавому воскресенью. Этому способствовала очередная ошибка Лопухина. Преемник Зубатова кардинально ошибся в оценке характера и степени беспринципности агента Охраны попа Гапона и его способностях контролировать поведение рабочих. Позже партия эсеров и ее «боевая организация» чуть не повторили аналогичную ошибку с этим священнослужителем, но, установив его сотрудничество с Охраной, ликвидировали провокатора.
После убийства Плеве на партию эсеров опять посыпались пожертвования. Ее «боевая организация» в качестве основной задачи поставила убийство дяди царя, великого князя Сергея, генерал-губернатора Москвы. В то же время самостоятельная группа эсеров, возглавляемая неким Марком Швейцером — во время недолгого существования «боевой организации» появилось много отколовшихся от нее террористических групп, — задумала более грандиозный, но не так тщательно подготовленный план убийства аристократов, министров и генерал-губернатора столицы путем взрыва в марте 1905 года в Петропавловском соборе во время службы поминовения об убиенном Александре II.
Но удалось только покушение на великого князя Сергея. Молодой Каляев бросил в него бомбу в феврале 1905 года в соответствии с планами, подготовленными за границей Азефом и Савинковым.
Перетряска, сопровождавшая убийство Сипягина, не идет ни в какое сравнение с переменами, которые произошли в результате убийства такого близкого родственника царя. Генерал-губернатор Санкт-Петербурга сразу же по получении сведений о гибели великого князя бросился в кабинет к Лопухину и произнес там только одно слово — «убийца» и вышел из кабинета, У Лопухина не оставалось выбора, как тут же подать в отставку. Любопытно, что этот непригодный для роли полицейского начальника человек мелькнул на страницах истории через пару лет, сыграв роль орудия эсеров. Любопытно и то, что Рачковский, документы об отстранении которого со своего поста в 1902 году готовил Лопухин, теперь заменил его в качестве директора полиции. Для начала Рачковский добился увольнения Ратаева и установил контроль за Азефом, хотя отношения между ними были не из легких. Но пребывание Рачковского на этой должности оказалось недолгим, его отстранили в июне 1906 года в какой-то мере из-за того, что он не сработался с Азефом. Но и в этот непродолжительный период Рачковский успел стать мишенью Для покушения со стороны эсеров, потому что пытался контролировать действия Гапона. Этот факт сообщил Рачковскому сам Азеф уже после убийства попа.