В феврале 1905 года, накануне назначения Рачковского, на пост руководителя Охраны выдвинулся из нижних чинов талантливый полицмейстер Герасимов.
Он достойно руководил Охраной на протяжении последующих четырех лет и особенно во время пребывания Столыпина на посту министра внутренних дел с апреля 1906 года, а также премьер-министра с июля того же года. Отношения между Столыпиным и Герасимовым носили самый близкий характер и оставались таковыми вплоть до ухода последнего в отставку по его собственному желанию в 1909 году. К тому времени директора полицейских департаментов и большая часть высокопоставленных чиновников Охраны мало что значили с точки зрения обеспечения безопасности.
Уже через месяц после занятия Герасимовым своего поста подорвался Швейцер на той самой взрывчатке, которую он готовил для террористического акта в Петропавловском соборе. Само покушение намечалось тремя днями позже. Герасимову не стоило большого труда выловить остальных членов этой группы, которых выдал эсер, тайный агент полиции (с ним позже расправились члены «боевой организации»).
В это время, полагая, что пыль после убийства великого князя Сергея улеглась, Азеф и Савинков возвратились в Россию. Но вскоре загримированного Азефа (как и Охрана, террористы применяли различные приемы обеспечения безопасности — маскировались, пользовались явками и тому подобное) арестовывают в Санкт-Петербурге в апреле 1905 года во время подготовки покушения на Дурново. Азефа, пришедшего в ярость, когда его задержали сотрудники внешнего агентства, доставили в центральное учреждение Охраны. Несмотря на все протесты легендарного террориста, Герасимов посадил его в камеру и устроил очную ставку между ним и Рачковским. Знаменитый агент, однако, не выразил никакого желания идти на контакт с новым руководством, тем более что сам Рачковский пресек ранее несколько попыток Азефа установить с ним отношения. Но после того как Рачковский согласился заплатить агенту пять тысяч рублей, Азеф сменил гнев на милость. С того времени Герасимов стал контролировать Азефа через Рачковского согласно договоренности, достигнутой между двумя полицейскими начальниками.
Герасимов повел новую политику в отношении агентов Охраны, занимающих влиятельные позиции в группах революционеров. До того времени использовалась система, разработанная Зубатовым: вылавливали всю революционную группу после проникновения в нее агентов полиции и установления личностей главарей. Но Герасимов понимал, что революция превратилась в массовое движение и толпы новых членов готовы занять места репрессированных, поэтому повальные аресты ведут лишь к разоблачению агентуры в среде оппозиционеров или, во всяком случае, выводят ее из игры. И Герасимов пошел на то, чтобы воздерживаться от ареста радикальных лидеров, в окружение которых проникли тайные агенты, и одновременно использовать этих агентов для сдерживания революционного пыла. Для такого сдерживания Герасимов, например, использовал секретных внешних агентов, которых в Охране окрестили «задирами». Когда он узнавал от Азефа или других тайных сотрудников о готовящемся покушении, то поручал «задирам» следить и держать в поле зрения террористов настолько явно и неуклюже, что те просто не могли не заметить, что оказались под наблюдением у полиции, и поэтому — часто по совету того же Азефа — отказывались от своей попытки.
Однако поначалу работа Герасимова с Евно Азефом не приносила Охране серьезных результатов. Хотя Азеф со свойственной ему циничностью выдавал мелкие заговоры и их исполнителей, особенно тех террористов, которые мешали ему в рядах эсеров, он не присылал сведений об основной террористической деятельности. Частично, по крайней мере, такой низкий уровень сотрудничества опять же объясняется тем обстоятельством, что крупные политические события затмили индивидуальные террористические акты, принизив их значение и даже сделав практически ненужными. Кровавое воскресенье воспламенило пожар революционного пробуждения во всех уголках необъятной России. Казаки и солдаты — к этому времени жандармы были сведены до уровня красиво одетых судебных приставов — усмиряли крестьянские восстания, бунты матросов и почти повсеместные забастовки. Пик противостояния и практическая утрата контроля за ситуацией в стране со стороны режима наступили после объявления всеобщей стачки и создания Совета рабочих депутатов во главе с Троцким в октябре 1905 года. Это наконец подтолкнуло Николая издать 17 октября манифест, согласно которому он пошел на создание Думы, и провозгласил ограниченные гражданские права.