В эти критические дни Герасимов продемонстрировал более широкое понимание своей роли в государственной системе власти, нежели исполнение полицейско-шпионских функций. Он провел совещание руководства столицы с командующими войсками и таким образом предохранил Санкт-Петербург от рабочего восстания, которое вспыхнуло в декабре 1905 года в Москве и было жестоко подавлено. Шеф Охраны проявил дальновидность и даже мужество и настоял на разгоне Совета рабочих Депутатов и задержании его членов, включая Троцкого, хотя Дурново и другие высшие должностные лица выступали против этого. Но предпринятые меры коснулись только столицы, которая и избежала потрясений в последний месяц революции 1905 года. А практически по всей России прошли восстания. За Москвой последовали волнения в Харькове, Донбассе, Прибалтике, на Кавказе и в Сибири. Все они были безжалостно подавлены.
Между тем манифест царя породил своего рода кризис в среде эсеров. В своем большинстве центральный комитет считал, что манифест делает терроризм ненужным и следует легализовать партию и принять участие в выборах в Думу. Но Савинков возражал против отказа от терроризма и видел в нем единственный путь для свержения автократии. Азеф остался в стороне от этого спора — возможно, уже почувствовал себя неуютно в своей двурушнической роли (он недавно подвергся нападению со стороны горилл Рачковского из его департамента полиции, нападение было скорее преднамеренным, чем случайным); В результате «боевую организацию» на некоторое время фактически распустили. Но жестокие репрессии после восстаний 1905 года заставили эсеров и других революционеров опять уйти в подполье. И центральный комитет социалистов-революционеров был вынужден стряхнуть с терроризма нафталин и на заседании в Финляндии в январе 1906 года принял решение восстановить «боевую организацию».
Вскоре после этого снова продолжилось активное Сотрудничество Герасимова с Азефом. Последний, со своей стороны, с удовольствием возобновил работу с офицером безопасности такого высокого калибра. В соответствии с вновь сформулированной политикой Охраны Азеф «официально» выдавал полиции разного рода подпольные объекты — фабрики взрывчатых веществ, типографские станки, а также мелкотравчатых террористов. Но о работе Центрального Комитета партии эсеров и его «боевой организации» Азеф докладывал лично Герасимову. Такой расклад устраивал и агента, и контролера.
С мая 1906 года возник еще один перерыв в деятельности «боевой организации» — Центральный Комитет партии эсеров по случаю начала работы Думы счел необходимым Отказаться от широкомасштабного террора. Тогда Азеф предложил Савинкову отправиться в Севастополь, дабы этот знаменитый террорист не растерял свою профессиональную квалификацию и ликвидировал одного адмирала, который жестоко подавил мятеж моряков в 1905 году: На самом деле цель Азефа заключалась в том, чтобы заслать Савинкова подальше от столицы и выдать его Охране. Но получилось так, что адмирала убили местные экстремисты еще до прибытия Савинкова. Тем не менее его арестовали и определили в городскую тюрьму. Дело кончилось тем, что члены «боевой организации», совершив диверсионно-десантную операцию, освободили Савинкова и тот бежал в Румынию.
Азефу, однако, удалось реабилитироваться перед Герасимовым другими достижениями. Он сумел предотвратить несколько террористических вылазок эсеров, не слишком охотно выполняющих предписание своего Центрального Комитета о прекращении огня. Так, был расстроен заговор с целью убийства Дурново, пресечено несколько попыток ликвидации московского генерал-губернатора и других высокопоставленных представителей власти.
В июле 1906 года на авансцену политической жизни России выходит Столыпин, новый премьер-министр. Этот сильный государственный деятель сразу привлек к себе внимание «боевой организации», и она наметила его в качестве жертвы, но премьер пережил эту организацию на несколько лет в немалой степени благодаря успешному сотрудничеству Герасимова и Азефа. Тем не менее в 1905–1907 годах от рук террористов погибли сотни чиновников режима более низкого ранга. В ответ в 1906–1907 годах военно-полевые суды обрекли на смертную казнь, по крайней мере, тысячу экстремистов, большинство из которых были расстреляны или повешены в течение двадцати четырех часов после приговора. А за период 1907–1909 годов военные трибуналы продолжили борьбу с террористами; не менее пяти тысяч из них было осуждено на смерть еще больше отправлено в тюрьмы и ссылку.