Одну из наиболее трудных проблем как для Герасимова, так и для Азефа создавало появление все новых и новых скопищ неопытных, но крайне фанатичных эсеров, которые с презрением отвергали осторожную тактику полупрофессиональной «боевой организации» и совершали террористические акты, ни с кем не считаясь. Ярким примером тому служат так называемые максималисты, небольшая самостоятельно действующая группа, которая в августе 1906 года разнесла в пух и прах загородную виллу Столыпина, перебила друг друга, искалечила на всю жизнь двоих детей премьера, но не смогла даже ранить его самого. Азефа сильно раздосадовало это непродуманное покушение не только по причине возможного отрицательного влияния этой акции на его сотрудничество с Герасимовым. Была задета его честь как шефа «боевой организации». И он пошел на непривычный шаг — предложил Центральному Комитету партии эсеров осудить покушение максималистов. Как ни странно, комитет согласился на это.
К осени 1906 года в результате деятельности военно-полевых судов, сотрудничества Герасимова с Азефом и использования Охраной «задир» значительно снизилась террористическая активность и очень сильно упала мораль «боевой организации» и даже некоторых фанатически настроенных экстремистских групп. Эта проблема стала основной. темой обсуждения на заседании центрального комитета партии эсеров, которое проходило в Финляндии в октябре 1906 года. Азеф и Савинков говорили о том, что Охрана усовершенствовала превентивную деятельность и теперь «боевая организация» нуждается в новой тактике, новых методах и средствах, — предлагалось, в частности, использовать мины, которые успешно применялись в террористической деятельности в Западной Европе. Заседание прошло в острой полемике, и достичь согласия не удалось. Преследуя каждый собственные цели, Азеф и Савинков вышли из «боевой организации», террористическими актами стали заниматься три отколовшиеся группы.
Эти группы экстремистов нанесли удар в январе 1907 года. В качестве главной жертвы они избрали коменданта Санкт-Петербурга Владимира фон дер Лayница, который, будучи генерал-губернатором Тамбова, в 1905 году жестоко подавил восстание крестьян. В том же месяце погибли три других офицера высокого ранга, но Столыпин — главная мишень для террористов-эсеров — остался цел и невредим. Заслуга в этом принадлежит Герасимову. Тайный агент полиции — не Азеф — уведомил его о плане убить фон дер Лауница и Столыпина во время правительственной церемонии. Герасимов посоветовал обоим деятелям воздержаться от участия в ней. Этим советом воспользовался один Столыпин. Фон дер Лауниц, недолюбливавший Герасимова, не принял во внимание рекомендации Охраны. Террористы, совершившие это убийство, были схвачены почти немедленно. Их выдал теперь уже Азеф. Чтобы не раскрыть его, экстремистов казнили под взятыми ими псевдонимами.
После этого Азеф решил передохнуть от чересчур нервной работы и отправился в Европу. В Германии он встретился с человеком, который разрабатывал конструкцию летательного аппарата. У террориста тут же родилась мысль использовать аэроплан при покушении на царя. Но идея не была воплощена в жизнь, хотя она, вероятно, всерьез занимала Азефа, поскольку среди бумаг, оставшихся после его смерти, оказались копии чертежей летательного аппарата.
Он возвратился в Россию как раз вовремя, чтобы принять участие в очередном заседании Центрального Комитета партии эсеров, проходившем в феврале 1907 года. На этой сессии чествовали Гершуни, который только что закончил свою одиссею, совершив побег из Сибири через Японию и Соединенные Штаты. Находясь в Америке, он собрал массу пожертвований для революционной борьбы. На заседании состоялось также обсуждение планов «боевой организации» по убийству царя, Столыпина и великого князя Николая, именно в такой очередности. Поскольку террористическая деятельность постоянно дробилась из-за фанатичной нетерпимости горячих голов, а также по причине недовольства отдельных членов «боевой организации» ее недостаточной — благодаря Азефу — активностью, появилось несколько планов устранения императора. Но, поскольку Азеф представлял собой последнюю контролирующую инстанцию, ни один из этих планов нельзя было осуществить без его одобрения.