Крейсер «Рюрик» с двумя убийцами на борту вышел из Глазго к берегам России в середине августа 1908 года, а Азеф в качестве члена Центрального Комитета отправился в Лондон на конференцию партии эсеров.
А тем временем, и это осталось совершенно неведомо Азефу, усилились подозрения в том, что он является тайным агентом Охраны. Эти подозрения достигли опасной отметки. Владимир Бурцев, который вроде бы фиксировал для истории деяния эсеров и специализировался в разоблачении провокаторов, уже давно считал, что постоянные аресты Охраной террористов лежат на совести предателя, занимающего высокое положение в партии, а возможно, и в самой «боевой организации». И Бурцев был убежден, хотя и не имел достоверных доказательств, что предатель — Азеф.
Бурцева особенно встревожило участие Азефа в лондонской конференции, и он написал о своих подозрениях товарищу по партии. Его письмо в конечном итоге попало в Центральный Комитет эсеров, и многие его члены высказались за то, чтобы судить Бурцева как клеветника. Однако Савинков и другие возражали против самой идеи проведения суда, полагая, что это запятнает «боевую организацию». Вскоре после этого Савинков, который верил, что Бурцев — честный, хотя и неосведомленный человек, рассказал этому летописцу все, что сам знал о роли Азефа в «боевой организации», и даже посвятил его в детали покушения на «Рюрике», которое, как он надеялся, будет совершено в скором времени.
Эти откровения поставили Бурцева в поистине трудное положение, но тут ему улыбнулась удача. В поездке из Кельна в Берлин он столкнулся не с кем иным, как с самим Лопухиным, находившимся в дурном настроении. Бурцеву давно было известно, что существует очень важный тайный агент полиции под кодовым именем Раскин, и он считал, что Раскин и Азеф — одно и то же лицо. Бывший директор полицейского департамента неожиданно подтвердил подозрения эсера.
Большего Бурцеву и не требовалось. Почти немедленно после своего разговора с Лопухиным, но не ссылаясь на него, он уведомил партию эсеров, что собирается выступить с обвинениями против Азефа в эмигрантской печати. В создавшихся условиях центральному комитету не оставалось иного выбора, как «умиротворить» Бурцева или судить его. Поэтому в октябре 1908 года на парижской квартире Савинкова собрался так называемый суд чести, в котором приняли участие многие ветераны партии, например Вера Фигнер.
На протяжении почти целого месяца — пока Азеф изображал из себя заботливого человека с чистой совестью, таскаясь по заграницам сначала со своей женой и детьми, а потом с мадам H., — обвинения Бурцева висели в воздухе, не произведя никакого впечатления. Наконец озлобленный разоблачитель, вопреки данному Лопухину обещанию не ссылаться на него, передал суду слова бывшего директора полицейского департамента. Это открытие произвело эффект разорвавшейся бомбы. Суд больше не ставил под сомнение утверждения Бурцева. Но партия решила сначала послать представителя в Санкт-Петербург, чтобы услышать обвинение непосредственно от самого Лопухина. Тот не только подтвердил делегату эсеров свое заявление Бурцеву, но и рассказал ему все, что знал о содрудничестве Азефа с Охраной, Он даже вызвался поехать в Лондон и изложить имеющиеся у него факты членам Центрального Комитета партии эсеров.
К этому времени, в ноябре 1908 года, теперь уже не такого беззаботного Азефа предупредили о случившемся. Возможно, это сделал участвовавший в суде чести Савинков. Азеф тоже совершил поездку — торопливую и тайную — в Санкт-Петербург. Он прямо направился к Герасимову. Тот вместе с Азефом тщетно пытался уговорить Лопухина отречься от своих обвинений. (Позже Лопухина должным образом судили и отправили в сибирскую ссылку, но это никоим образом не покрыло ущерба, нанесенного им Охране.)
Любопытно, что, несмотря на такие убедительные доказательства, многие сторонники партии и члены «боевой организации» грозились отместкой в случае принятия репрессий против Азефа. Центральный Комитет предложил Евно Азефу опровергнуть утверждения Лопухина. Но его оправдания были неубедительны и напоминали легенду, подготовленную в Охране.
Это положило конец нерешительности Центрального Комитета партии эсеров. Он принял решение о ликвидации Азефа без лишнего шума, чтобы не создавать осложнений с французскими властями, и 5 января 1909 года направил группу людей на квартиру Евно в Париже. По плану эти делегаты должны были пригласить Азефа в дом к одному из них под благовидным предлогом на следующий день, потом отвезти его на виллу за пределами Парижа и там прикончить. Когда группа прибыла к Евно, у него не оставалось козырей, чтобы достойно закончить игру. Спасти положение могло бы намеченное покушение на Николая, но эта попытка закончилась провалом. Когда царь поднялся на борт «Рюрика» у берегов Кронштадта, два моряка-террориста встретились с ним лицом к лицу, но не выстрелили. Почему? Это останется навеки тайной. Возможно, что потенциальные убийцы в последний момент просто струсили. Некоторые утверждают, что они не пошли на убийство, поскольку имелся другой, взаимоисключающий, план (так и не осуществленный) — захват Кронштадта экипажем крейсера. Не получив такого козыря, Азеф постарался сыграть на своих старых заслугах, отрицал всякую связь с полицией и обещал приехать на следующий день домой к делегатам. А вместо этого, как только представители ЦК удалились, он наврал что-то своей жене, собрал вещи и исчез с горизонта и для эсеров, и для Охраны.