Заменившие Герасимова руководители Охраны не только плохо управляли Малиновским, но не продемонстрировали и толики политического здравомыслия. Они иногда демонстрировали ловкость и сообразительность, но оказались слишком самодовольными, что помешало им установить сотрудничество с демократическими и либеральными группировками того периода, не сумели по достоинству оценить организацию Ленина в качестве реальной угрозы режиму. Они позволили убедить себя в том, что марксисты и большевики — не больше чем мечтатели и болтуны от экономики.
При таких обстоятельствах и при таком руководстве Малиновскому поручили проникнуть в ряды социал-демократов и в среду рабочих Санкт-Петербурга. Он неплохо справился с обеими этими задачами, потому что обладал определенной харизмой и, как и Гапон, умел увлечь толпу, особенно если она состояла из плохо образованных людей. В результате Малиновский смог использовать свое положение секретаря профсоюза, чтобы принять в 1912 году участие в выборах четвертой (и последней) Думы в качестве кандидата от социал-демократов (большевиков) от московского избирательного округа. Не ясно, почему он решил баллотироваться от Москвы, а не от Санкт-Петербурга. Можно лишь принять во внимание, что в Москве Охрана оказывала на выборы большее влияние, чем в столице. И похоже, Охрана полагала, что в Москве легче скрыть арест и тюремный срок Малиновского. Известно также, что полиция значительно облегчила задачу своего агента, запугивая или сажая в тюрьму его конкурентов в борьбе за место в Думе.
Оказавшись избранным, Малиновский взял под свой контроль группу депутатов от социал-демократической партии в количестве тринадцати человек, несмотря на тот факт, что меньшевики располагали семью Мандатами против шести, принадлежавших большевикам. Частичное объяснение тому, почему меньшинство стало управлять большинством, можно найти в искусстве Малиновского сталкивать лбами эти две фракции, хотя он и заявлял О своей приверженности большевикам. Будучи способным оратором, Роман Малиновский не раз произносил речи, которые возбуждали Думу. Однако все эти ораторские упражнения, как считают, подготовленные под руководством Ленина, подвергались умелому редактированию со стороны Белецкого.
Малиновский совмещал свои обязанности в Думе с другими занятиями, являясь своего рода многостаночником. Так, в 1912 году он стал казначеем новой газеты большевиков «Правда». Ленин считал, что вдохновляет и направляет редакционную политику этого издания. Однако в действительности «Правда» представляла собою больше орган Охранного отделения, нежели большевиков. Малиновский не только передавал в полицию мельчайшие детали положения дел в газете, но и ее редактор, Мирон Черномазов, тоже являлся тайным агентом Охраны. Поэтому вполне очевидны причины, по которым Ленина разочаровала проводимая в «Правде» партийная линия, И он, будучи за рубежом, направил Якова Свердлова и Сталина в Санкт-Петербург, чтобы навести в газете порядок. Малиновский легко управился с этой парочкой. Он доложил о возникшей проблеме в Охрану, и Свердлова со Сталиным в нужное время отправили в Сибирь дожидаться Февральской революции 1917 года и падения царского режима.
Удивительно, но, несмотря на частые сообщения о том, что Малиновский сотрудничает с Охраной, Ленин упрямо рассматривал его в качестве необработанного алмаза из пролетарской среды и решительно отвергал все «наветы». Хотя даже та легкость, с которой Роман Малиновский выезжал за границу и возвращался в Россию, должна была вызвать подозрение.
Дела у Малиновского и дальше бы шли как по маслу, если бы не вмешательство Бурцева, того самого человека, который заставил эсеров вызвать Азефа на ковер. Он не переставал активно отыскивать предателей в революционной элите и уже некоторое время присматривался к Малиновскому. Бурцев поделился своими подозрениями с главарями большевиков и даже предоставил некое доказательство. В результате состоялся своеобразный партийный суд, наподобие того, что учинили эсеры над Азефом. Но итоги разбирательства явно отличались — Малиновского оправдали и таким образом разрешили продолжить его успешное сотрудничество с Охраной.
В самой Охране, однако, не было такой уверенности в Малиновском, какую проявили Ленин и его группа. А тот факт, что большевики так серьезно заподозрили агента, оказался для полиции более чем достаточным. И в мае 1914 года в это дело вмешался Джунковский и приказал Малиновскому отказаться от своего мандата в Думе и фактически прекратить сотрудничество с Охраной. (И все же поступок Джунковского не был вызван предчувствием или предвидением. Он захлопнул трудовую книжку своего агента, руководствуясь нестандартными для полицейского представлениями о морали: ему в принципе претило, Что Охрана ведет агентурную деятельность в депутатской среде.) Несмотря на то, что тайная полиция рассталась с Малиновским, тот не умер естественной смертью. Оказавшись без работы, бывший агент отправился за границу, где ему следовало бы и остаться. Он же в 1918 году, когда большевики оказались у власти, возвращается в Россию и предстает перед другим, последним, судом. Малиновский не знал, что революционеры, захватив помещения Охраны в марте 1917 года, нашли там папку с его личным делом, которую, возможно, специально, а не случайно не уничтожили. В результате обвинения Бурцева подтвердились и Малиновского расстреляли. Ленин на этот раз отказался вмешаться.