Ужасное побоище продолжалось пять недель. Мужей заставляли смотреть, как истязают их жен, и наоборот. Матери присутствовали при том, как увечили, рубили секирами или четвертовали их детей. После чего сжигали или умерщвляли каким-либо иным способом самих матерей. Наиболее распространенный метод массового убийства был следующий: людей сгоняли плетями в кучи и бросали их в реку Волхов возле моста, под которым вода нё замерзала. Особенно старательные опричники патрулировали вдоль берега и добивали всех, кто выплывал и проявлял признаки жизни.
Согласно свидетельствам таким ужасным образом погибло более шестидесяти тысяч новгородцев. В конце кровавой бани Иван и его приспешники сожгли, выбросили в ямы или уничтожили другими способами запасы городского питания и обрекли оставшееся в живых население на голодную смерть и на различные эпидемии, включая чуму, которые свирепствовали в то время в стране. Город остался на географической карте, но Великий Новгород, существовавший раньше, больше не возродился после бешеного приступа рехнувшегося царя.
Возвратившись в Москву, сумасшедший со своими подручными нашел новые жертвы для своей мании. Предлогом для опустошения Новгорода послужили сообщения о том, что этот город планировал договориться с одним из врагов русского государства того времени — Литвой. Предлогом для другого ужасного избиения — публичных пыток и умерщвления более ста тысяч человек в столице в середине 1570 года — послужило то, что они якобы участвовали в Новгородском плане. Для верности этих несчастных обвинили также в связях с крымскими татарами, Польшей и Турцией. Главарями этих жертв объявили думного дьяка Ивана Висковатого, который занимал пост, равноценный министру иностранных дел, и Никиту Фуникова-Курцева, казначея царства. Иван воспользовался этим случаем, чтобы отделаться и от повара, возможно, чтобы тот не проболтался — ведь он годом раньше отравил князя Владимира Старицкого.
На площади установили котел с кипящей водой и восемнадцать виселиц. В назначенный час опричники согнали туда упирающихся и запуганных граждан в качестве зрителей. Туда же с шумом и лязгом заявились вооруженные до зубов Иван и тысяча всадников из его воинства, которые доставили осужденных. Большинство из них были уже изувечены во время предшествующих пыток.
Царь приказал повесить Висковатого вверх ногами. Казнь начал Малюта Скуратов, который отсек дьяку ухо. Другие опричники изрубили его, как кусок мяса. Фуникова бросили в котел с кипящей водой. Потом царь и опричники, все сразу, накинулись на остальные жертвы, рубя и пронзая их саблями, секирами и пиками. Иван отпраздновал окончание казни в доме Висковатого, где изнасиловал вдову, в то время как сын самодержца, предполагаемый наследник русского государства, поступил также со старшей дочерью казненного.
Московская кровавая оргия оказалась началом конца опричнины. В течение этого кошмарного 1570 года Иван разделался и со своими главными приспешниками. Он приказал Федору, сыну Алексея Басманова, убить собственного отца, а затем распорядился убить и сына. С князем Вяземским Иван поступил более утонченно. Он пригласил его во дворец вроде бы для дружеского совещания, а в это время верные опричники направились в дом князя, где уничтожили его сторонников и слуг. Вяземскому позволили возвратиться домой, где он наткнулся на трупы своих приближенных. Там его схватили и бросили в темницу, после чего князя больше никто не видел.
Убийство Басмановых и Вяземского послужило прелюдией к большой чистке опричников в лучших русских традициях. И проводилась она в обычной манере — под надуманными в своем большинстве предлогами. Избежал этой участи только Малюта Скуратов, необычайно коварный и изворотливый тип, но он позже пал в битве за Ливонию.
Даже после чистки в течение некоторого времени ряды опричников пополнялись теми, кто хотел занять место ликвидированных. Но большинство историков полагают, что примерно к 1572 году опричнина прекратила свое существование как действующая и массовая организация. Однако следов ее официального роспуска Иваном не осталось. Таким образом, вполне вероятно, что некоторые опричники все еще существовали по крайней мере до конца 1577 года, когда царь атаковал ливонский город Венден. После того как некоторые граждане Вендена взорвали себя в местном замке, чтобы не попасть в руки Ивана и его негодяев, остальных жителей перебили в традиционном стиле. Но уже лет через пять — семь после смерти Ивана, происшедшей во время очередного приступа его болезни, об опричниках и не вспоминали, разве что в страшных историях и легендах.