Своего наивысшего расцвета стрельцы достигли после смерти Алексея, когда началась борьба за власть между молодым Петром Великим и его сводной сестрой Софьей. Фактически в тот краткий период стрельцы решали скорее судьбу правителя, чем служили ему охраной.
В 1682 году, когда десятилетнего Петра провозгласили царем, отдав ему предпочтение перед его старшим, но слабоумным братом Иваном, Софья крайне возмутилась. Стрельцы по ее подстрекательству — по некоторым данным, около пятидесяти тысяч человек — совершили марш на Кремль, где находился Петр со своей матерью, Наталией. После уговоров и получения большой суммы денег, выплаченной Наталией, стрельцы ушли, но вскоре вернулись, опять по наущению Софьи. Они ворвались во дворец и изрубили сторонников Наталии. А сама Наталия вместе с Петром была отправлена в село Преображенское в окрестностях Москвы.
Софья, став регентом (1682–1689), сначала объявила амнистию стрельцам, участвовавшим в дворцовой бойне. Но вскоре она накинула на них узду, начав с ликвидации их командира, князя. Ивана Хованского, который размечтался о троне, поскольку принял участие в смещении царя. Потом Софья издала указ, запрещающий стрельцам и всем остальным впредь буйствовать в Кремле, по крайней мере, во время ее правления. В указе детально устанавливалось, кто допускается во дворец, через какие ворота, определялись лестницы и проходы, которыми надлежит пользоваться в различных частях Кремля. Полностью запрещался доступ посторонним в личные покои царствующей семьи. Это правило распространялось и на бояр. Царственные покои и кабинеты закрыли оградами и всех предупредили: «…никогда туда не входить и никого не приводить с собой, независимо от важности дела…» Запрещалось также появляться в любой части дворца с оружием. Это распространялось и на лиц, которые, согласно обычаям того времени, всегда были вооружены. Аналогичный запрет касался иностранных послов и сопровождающих их лиц.
Этот давний указ о «железном занавесе» и другие принятые Софьей меры оказались достаточными для надежного контроля над стрельцами до окончания ее правления. Однако в 1689 году один из подручных правительницы, Шакловитый, начал науськивать некоторых стрельцов отправиться в Преображенское и убить там Наталию. Но другие стрельцы сообщили Петру об этом заговоре, что позволило ему занять оборонительные позиции в близлежащем монастыре вместе с поддержавшими его друзьями детства. Вскоре большая часть стрельцов вообще переметнулась на сторону Петра.
Оказавшись наконец хозяином положения, Петр приказал казнить Шакловитого и других заговорщиков, а Софью заточил в монастырь. Запоздалая поддержка Петра со стороны стрельцов пользы им не принесла. У него еще были свежи воспоминания, когда он в десятилетнем возрасте стал свидетелем разнузданной поножовщины в Кремле. Поэтому молодой царь отказался сохранить стрельцов в качестве своей охраны и вскоре превратил их в саперные войска, отправив на юг страны для строительства оборонительных сооружений. Лишившись своих прежних, удобных мест жительства, стрельцы взбунтовались, прервав тем самым поездку Петра по Европе. И хотя подчиненные царя подавили восстание задолго до возвращения самодержца, он решил, что со стрельцами надо кончать. Петр лично руководил проведением пыток и дознаний над огромным количеством бунтовщиков, добившись от них признания вины. Большинство мятежных офицеров казнили публично в Москве, и стрельцы как охранная организация перестали существовать.
Преображенские и Семеновские гвардейцы
Преображенский и Семеновский гвардейские полки, элитные войсковые части России вплоть до падения Дома Романовых, первоначально были сформированы из друзей детства царя, с которыми Петр проводил потешные военные игры в Преображенском, когда он находился в ссылке.
Эти юноши превратились в таких же преданных стражей Петра, какими были телохранители вождей варягов. Никогда не возникало сомнение в том, что они отдадут свою жизнь за Петра, сделают все возможное для его защиты.
Именно эти молодые люди сплотились вокруг Петра, когда он бежал в монастырь, спасаясь от заговорщиков стрельцов. Позже, когда потешные полки превратились в регулярные соединения, именно они находились рядом с царем при его первых победах на поле брани. И именно они с помощью иностранных наемников подавили восстание стрельцов во время пребывания Петра в Западной Европе.