Вскоре после этого Ушакова отправили в отставку, а его место занял Александр Шувалов, дядя одного из любовников Елизаветы. Из-за отвращения императрицы к смертным приговорам деятельность Шувалова в качестве главного полицейского не отличалась большой жестокостью. Его назначение интересно тем, что оно положило начало почти непрерывной деятельности рода Шуваловых в политической полиции.
Новый начальник секретного ведомства избрал в качестве своего помощника довольно страшного человека, Степана Шешковского, который особенно отличится во время следующего царствования.
За время своего краткого правления — в полном соответствии с хорошо знакомой русской традицией новый император Петр III в секретном порядке учредил Тайную экспедицию перед тем, как публично объявить о роспуске непопулярной Тайной розыскных дел канцелярии. В дополнение к этому Петр распорядился, чтобы переименованная организация политической полиции подчинялась бы не ему, а непосредственно Сенату. Здесь надо внести ясность — этот Сенат даже отдаленно не напоминал древнеримский сенат. Он состоял из группы подхалимов, которую, возможно, правильнее было бы назвать кабинетом. Причина, по которой Петр III решил Подчинить свою политическую полицию кабинету, не ясна. Возможно, его коробило при мысли, что в противном случае ему пришлось бы постоянно общаться с таким неприятным человеком, как Шешковский, поднявшимся к тому времени до положения руководителя политической полиции. Но какие бы ни существовали причины для такого изменения, фактом остается то, что в результате дополнительной бумажной чехарды и путаницы сбившаяся с толку Тайная экспедиция не докопалась до планов дворцового переворота.
Гвардейцы низложили Петра III и возвели на трон его жену Екатерину И. Для захвата власти она обратилась вначале к измайловцам — просто из-за удобства, а не по политическим соображениям: их казармы находились ближе к ее резиденции. Да и к тому времени состоявший когда-то исключительно из прибалтийских немцев Измайловский полк основательно обрусел. Но перед тем как отправиться вскачь к своему свергнутому мужу, чтобы огорошить его этой новостью, Екатерина старательно повторила прием Елизаветы при проведении переворота — облачилась в форму Преображенского полка. Причем надела форму преображенцев старого образца, а не прусского, навязанного Петром III.
Укрепив свою власть, Екатерина, немка по происхождению, оказалась такой же двуличной в отношении политической полиции, как и любой другой подлинно русский правитель. Она тоже объявила о роспуске Тайной розыскных дел канцелярии и тоже держала в секрете, что место канцелярии заняла Тайная экспедиция. Императрица также оставила на своей должности Шешковского, но теперь он должен был докладывать не всему составу Сената, а его руководителю, который именовался генерал-прокурором.
Единственного оставшегося законного соперника Екатерины неудачливого Ивана IV убили гвардейцы в Шлиссельбургской крепости во время попытки офицеров-заговорщиков освободить его. Шешковский, не зная о заговоре, ничего не предпринял, чтобы помешать ему, но сыграл. основную роль при расследовании, которое привело к казни взбунтовавшихся военных. Он особенно был силен при допросах своих жертв, которые обычно проводились уже после совершения ими каких-либо неугодных режиму деяний-. Тайная полиция при Шешковском больше полагалась на пытки, нежели на внедрение своих людей в ряды потенциальных бунтовщиков. Прикидываясь набожным человеком — как это делал до него Иван Грозный, — он украсил свои камеры для допросов иконами и там монотонно читал молитвы, чтобы заглушить крики истязаемых плетью или орудием, которое особенно нравилось русским; — кнутом. Относя себя к числу лиц благородного сословия, он лично занимался только представителями высших классов, оставляя обработку менее достойных своим подручным.
Как и в случае со шлиссельбургскими заговорщиками, Шешковский, хоть он и называл себя сторожевым псом Екатерины, заранее ничего не узнал и о двух других попытках скинуть императрицу. Правда, претензии на трон так называемой княжны Таракановой носили скорее комический характер, хотя к этой попытке в конечном счете отнеслись так, будто она представляла реальную угрозу для престолу. После того как княжну в лучшей манере КГБ похитил в Далмации Алексей Орлов, ее передали Шешковскому перед тем, как отправить в темницу Петропавловской крепости на пожизненное заключение. Знаменитый казак-бунтовщик Пугачев был также пойман не политической полицией, а армейскими отрядами и лишь после того, как его выдали товарищи, после чего он и оказался в ведомстве Шешковского. Но последующие допросы инсургента, должно быть, разочаровали главу Тайной экспедиции, поскольку Екатерина дала строгое указание, чтобы предводителя бунтовщиков не пытали. Однако можно не сомневаться в том, что Шешковский вовсю использовал иконы, молитвы и другие приемы, когда допрашивал менее значимых людей из окружения Пугачева.