Имея отличные навыки и большой опыт в подготовке лётного состава, мастерски владея техникой пилотирования, Сергей Николаевич за короткий срок подготовил большое количество молодых пилотов, которые в дальнейшем успешно выполняли боевые задания.
Приказом войскам 67-й армии Ленинградского фронта №0494/н от 28 июля 1943 г. заместитель командира эскадрильи 34-го гвардейского Краснознамённого Тихвинского бомбардировочного авиаполка 276-й бомбардировочной авиадивизии гвардии старший лейтенант Глинский награждён орденом Красного Знамени.
23 сентября 1943 г. Глинский дважды водил группу из пяти самолётов Пе-2 на уничтожение дальнобойной артиллерии противника, обстреливающей Ленинград. Оба вылета с бомбометанием достигли цели.
24 сентября 1943 г. группа самолётов под командованием Глинского дважды эффективно бомбардировала артиллерийские и миномётные позиции противника в районе Синявино.
8 октября 1943 г. при бомбардировке железнодорожных эшелонов противника на станции Тосно, группа из шести самолётов Пе-2 под руководством Глинского, невзирая на сильное противодействие зенитной артиллерии, с пикирования уничтожили несколько эшелонов и повредили железнодорожное полотно. 9 октября вылет на Тосно был также успешно повторён.
7 и 9 ноября 1943 г. Глинский был ведущим трёх самолётов Пе-2, прямым попаданием с пикирования уничтожил дальнобойную артиллерийскую батарею противника, обстреливающую блокадный Ленинград.
Приказом войскам 13-й воздушной армии №0162 от 16 ноября 1943 г. Сергей Николаевич был назначен командиром авиаэскадрильи.
Приказом войскам 13-й воздушной армии №0163/н от 22 ноября 1943 г. гвардии старший лейтенант Глинский был награждён вторым орденом Красного Знамени.
14 января 1944 г. войска Ленинградского фронта перешли в наступление. Глинский бесстрашно и мужественно водил свою эскадрилью на боевые задания. Лично участвовал в бомбардировках опорных пунктов противника Мга и Красное Село.
Эскадрилья под руководством Глинского успешно действовала на оккупированной территории Ленинградской области и Карельском перешейке. Бомбила живую силу и технику врага в городах Ропша, Красное Село, Пушкин, Гатчина, Выборг.
24 января 1944 г. при выполнении боевого задания по бомбардировке живой силы и техники противника в районе Гатчины огнём зенитной артиллерии и истребителей противника его самолёт был подожжён. Во время резкого пикирования лётчик был выброшен из кабины, получив при этом ранение в лицо и ногу. Теряя сознание, Глинский успел открыть парашют, но не смог удачно приземлиться. Сергей Николаевич упал на линию телеграфных проводов и повис. Когда очнулся, кобуры с пистолетом не было. Освободиться от парашюта не успел — замок намертво заклинил провод. Подошедшие немцы спилили столбы и взяли летчика, что называется, «голыми руками».
Содержался он в лагере для военнопленных в городе Острове. Началась психологическая обработка пленного. К нему подсадили «утку» — якобы добровольно сдавшегося морского офицера. Глинский его едва не избил.
Когда Сергея Николаевича перевели в общий барак, простой и общительный, он быстро сошелся с другими бывшими лётчиками и стрелками. Вместе стали готовиться к побегу. Вскоре немцы решили отправить группу военнопленных в Германию. 14 февраля 1944 г. их посадили в поезд. На одной из станций патрульные, проверявшие документы, не закрыли вагонную дверь на замок. Глинский это заметил и предупредил товарищей. Когда охранник задремал, Сергей Николаевич осторожно взял у него автомат, в одно мгновение очутился на подножке вагона и спрыгнул вниз. Пять его товарищей выпрыгнули, а шестой не успел — в вагоне раздались выстрелы. Поезд остановился, но бежавшие были уже далеко.
В лесу беглецы встретились с партизанами отряда имени Невского бригады имени Ворошилова, действовавшей в Рудницкой пуще на территории Литвы. И вскоре самолётом через линию фронта Глинский был доставлен в свою часть. Вернувшись из немецкого плена, он остался в должности командира эскадрильи и тут же включился в боевую работу.
Глинский во главе эскадрильи участвовал в прорыве глубокоэшелонированной обороны немцев в районе г. Нарва, освобождения Эстонии и островов Даго и Эзель.