2 июля 1944 г. ведущим девяти самолётов Пе-2 бомбардировал аэродром противника у населённого пункта Ималан-Ярви в Финляндии. По данным фотоснимков в результате бомбардировки на аэродроме уничтожено 27 и повреждено более 10 самолётов противника, сожжён склад с горючим.
1 августа 1944 г. Глинский, возглавляя группу в составе 26 самолётов Пе-2, бомбардировал скопление железнодорожных эшелонов на станции Йыхви в Эстонии. В результате бомбардировки отмечены прямые попадания по эшелонам, станции и зданиям в городе, возникло 4 крупных очага пожара и два взрыва большой мощности.
7 августа 1944 г. Глинский был легко ранен во время боевого вылета.
За успешное выполнение боевых заданий командования, личную доблесть и мужество гвардии капитан Глинский приказом войскам 13-й воздушной армии №0147/н от 10 октября 1944 г. награждён орденом Александра Невского.
По прибытии полка на 3-й Белорусский фронт, с 15 октября 1944 г. Глинский во главе эскадрильи проводил бомбометания по городам Восточной Пруссии: Кибартай, Гумбинен, Эйткунен, Шталупенен, Инстенбург, Розенберг, Браунсберг, Лейзунен, Кёнигсберг, Пиллау. В периоды напряжённой боевой работы полка по три раза в день водил свою эскадрилью, всегда отлично выполняя боевые задания. За весь период боевой работы полка по разгрому немцев в Восточной Пруссии эскадрилья Глинского по качеству боевой работы и дисциплине заняла первое место в полку. За этот период времени эскадрилья Глинского произвела 529 успешных боевых вылетов, не имея ни одной потери в материальной части и членах экипажей.
24 октября 1944 г. в составе группы во главе эскадрильи Глинский произвёл успешное бомбометание по железнодорожной станции Бенкхайм. В результате на станции возникло 15 очагов пожаров.
Указом Президиума Верховного Совета СССР от 18 ноября 1944 г. Сергей Николаевич Глинский награждён медалью «За боевые заслуги».
20 января 1945 г. Глинский дважды летал в составе полка ведущим девятки самолётов на бомбардировку опорных пунктов противника и скопление живой силы и техники в городах Инстенбург и Гумбинен. При вылете на город Инстенбург, несмотря на ураганный огонь заградительной артиллерии противника, задание выполнил успешно. При вылете на город Гумбинен, в результате метко сброшенных бомб, разрушено 12 зданий, отмечено прямое попадание в плотину, повреждено 70 метров железнодорожного полотна.
В период с сентября 1944 по январь 1945 г. Глинский 20 раз водил группы от 9 до 27 самолётов на бомбардировку опорных пунктов, железнодорожных станций, артиллерийских и миномётных батарей, мест сосредоточения живой силы противника.
5 февраля 1945 г. во главе эскадрильи летал на бомбардировку порта Пиллау, в результате было уничтожено 53 здания, повреждено два корабля противника.
8 февраля 1945 г. приказом войскам 3-го Белорусского фронта №0153 Сергею Николаевичу Глинскому было присвоено звание гвардии майор.
Приказом войскам 1-й воздушной армии №012/н от 17 февраля 1945 г. Глинский награждён орденом Отечественной войны I ст.
20 февраля 1945 г. ведущим полка бомбардировал живую силу и технику противника в южной части г. Браунсберг. Было уничтожено и повреждено 53 здания, было отмечено прямое попадание в завод и разрушено 200 метров железнодорожного полотна.
9 марта 1945 г. ведущим эскадрильи в составе полка нанёс бомбовый удар по живой силе и миномётным батареям в опорном пункте Хансвальде. В результате бомбометания весь пункт был перекрыт разрывами бомб, разрушено и сожжено 20 зданий, отмечено 7 прямых попаданий по траншеям.
8 апреля 1945 г. ведущим полка вылетал на бомбардирование с задачей вывода из строя лётного поля и взлётно-посадочной полосы на аэродроме Нойтиф. Искусно маневрируя под огнём зенитной артиллерии противника, точно вышел на цель и поразил её. Все бомбы полка легли точно по лётному полю и взлётно-посадочным полосам. По данным разведки, вследствие налёта нашей авиации, аэродром был полностью выведен из строя.
16 апреля 1945 г. ведущим 16-ти самолётов Пе-2 вылетел на бомбардирование артиллерийско-миномётных батарей и живой силы противника в одном километре южнее Гайдау. При подходе к цели группа был перенацелена приказом командующего на г. Фишхаузен. Умело выбрав курс, Глинский неожиданно вышел на цель со стороны солнца и нанёс внезапный удар по живой силе и технике противника в Фишхаузене. В результате удара было разрушено и повреждено 17 зданий, при этом возникло 6 крупных очагов пожаров, отмечено 5 прямых попаданий по траншеям и блиндажам.