Но благочестивому ребенку нужно было претерпеть еще одно испытание. Она попадает в плен, захваченная отрядами Первой Конной Армии С. М. Буденного. Однако Бог не оставил сироту и в результате тот, от которого, казалось бы, невозможно было ожидать помощи, содействовал освобождению ребенка. По рассказу блаженной, Семен Михайлович Буденный личным распоряжением предоставил свободу девочке, тронутый ее слезами.
Русь уходила, и Матушка спешила запечатлеть эти последние мгновения догорающего величия. Странницей она посетила множество обителей, к началу 20-х годов еще чудом державшихся от полного разорения. В эти островки веры Христовой стекались многие насельники закрытых монастырей, архиереи, лишенные кафедр. Духовная жизнь в те годы достигла необычайной высоты. Нередко приходилось Матушке наниматься и на поденную работу.
В эти скорбные дни будущая великая подвижница потекла по пути исполнения заповедей Божиих, отрекшись от всего, что в мире, собрав все свои мысли и чувства, погрузившись в созерцание Бога и в чувство обещанного святым блаженства: “Стяжавший совершенную любовь к Богу существует в жизни сей так, как бы не существовал, ибо считает себя чуждым для видимого, с терпением ожидая невидимого. Он весь изменился в любовь к Богу и оставил все другие привязанности. Кто себя любит, тот любить Бога не может. А кто не любит себя ради любви к Богу, тот любит Бога. Истинно любящий Бога считает себя странником и пришельцем на земле сей: ибо в своем стремлении к Богу душою и умом созерцает только Его одного. (Преподобный Серафим Саровский)
Сохранилось свидетельство двух сестер – схимонахинь, которые также, как и матушка Алипия, были уроженками города Пензы и близко общались с ней в годы юности. Блаженная усердно посещала пензенский храм святых жен-мироносиц. После службы родители схимонахинь приглашали матушку Алипию к себе в гости переночевать. Уже тогда Матушка сохраняла свой ум неразвлеченным и сосредоточенным, войдя в дом, была молчалива, неизменно читая Псалтирь. Ибо от многословия “может погаснуть тот огонь, который Господь наш Иисус Христос пришел воврещи на землю сердец человеческих: ибо ничтоже тако остужает огнь от Святаго Духа вдыхаемый в сердце… якоже сообращение и многословие и собеседование” (Исаак Сирин).
Будучи в Киеве в монастыре, схимонахини вновь имели возможность общения с матушкой Алипией, посещая ее в Голосеево.
Мнимое временное затишие во времена НЭПа – было иллюзией. Подходил 30 год – год великого перелома. Началось массовое закрытие храмов, сопровождавшееся арестами, высылками и этапированием в места заключения, где томились многие тысячи священников и десятки архиереев.
Чаша страданий не миновала и Матушку. Из немногих, известных нам скупых сведений, мы знаем, что заключение находилось в диком, безлюдном месте, поскольку Матушка после чудесного освобождения одиннадцать дней шла по скалистому берегу к ближайшему населенному пункту. Она впоследствии рассказывала об этом, применяя в своей речи свойственную ей форму юродствования, называя себя и всех лиц женского пола в мужском роде: “Я боялся, думал – вот сейчас пучина меня поглотит”. На двенадцатый день Матушка “виноградною тропою” сумела выбраться из скалистого морского побережья в какое-то горное селение. В память об этом на ее локтях остались многочисленные шрамы.
Предположительно место заключения Матушки находилось в Одесской области, о чем мы знаем из рассказов самой подвижницы, а также из свидетельства Самохиной Анны Андреевны, скончавшейся в 1986 году в Австралии. В 1939 году она имела свидание с Матушкой в заключении. О ней Анна Андреевна, а также ее подруга Фрося, урожденная дворянка, узнали по письму-воззванию, которое было случайно ими найдено. В письме будущая великая старица призывала хранить веру в Бога. Такое смелое письмо было передано ими прихожанам Успенского собора, где оно ходило из рук в руки. Брат Фроси Василий, работавший надзирателем в той тюрьме, в которой находилась Агафия Авдеева, устроил им свидание с исповедницей Христовой. Василий был тайным верующим и свидетельствовал Анне и Фросе, что заключенная Агафия несомненно была выдающейся подвижницей и прозорливой старицей. Беседа с Матушкой оставила неизгладимый след в душах женщин, они прониклись к ней необыкновенным уважением и память о нем хранили всю жизнь. Отметим, что старица отказалась от подарков, которые ей были привезены. Матушка Алипия тогда была не в постриге, но молитвенное устроение ее души ощущалось необыкновенно. Разговор коснулся будущего России. Старица предсказала скорую войну, гибель множества народа, смерть двух сыновей Анны Андреевны и то, что третий вернется. В то время у Анны Андреевны был рак груди, о чем женщина просила молиться Агафии. После свидания опухоль остановилась в росте и Анна Андреевна прожила с этой болезнью до 93 лет.