В 1958 году для Церкви вновь начинаются времена “Воинствующего безбожника”, Н. С. Хрущев выдвигает политический лозунг своих предшественников – “за преодоление религиозных пережитков капитализма” в сознании советских людей. Открытые в послевоенные годы храмы массово по всей стране начинают закрываться под различными благовидными предлогами: то под видом ремонта, то потому, что церковь была открыта на оккупированной территории немецкими властями, то в виду того, что вблизи храма находится школа или проходит транспорт, движению которого она мешает.
В 1961 году Церковь постигает тяжелейший удар: закрывается “на ремонт и реставрацию” Киево-Печерская Лавра. Ремонт так и не был начат, но насельникам пришлось надолго покинуть эту величайшую православную святыню, к которой стекалось ежегодно около полумиллиона паломников. Разделить ту же участь пришлось и блаженной, вынужденной искать новое пристанище. И эти пристанища она находила, останавливаясь то у одних, то у других хозяев: выпадало на ее долю находиться и в подвалах, не предназначенных для жилья, вследствие предвзятого отношения к блаженной и непонимания Христа ради юродства. Но вскоре Матушка поселилась в небольшом частном доме на Голосеевской улице. Она занимала небольшую комнатку. Это была комната, которую блаженная заработала своими собственными тяжелыми трудами – белила дома, штукатурила, месила глину, восстанавливала старые хатки. Ее работу очень ценили, так как исполняла она ее аккуратно и подходила к ней очень ответственно. В то время туда, на Голосеевскую улицу, начали приходить к ней посетители. Но в основном почитатели окружали Матушку в Вознесенском храме на Демиевке, где после службы по благословению настоятеля храма протоиерея Алексея Ильющенко, впоследствии архиепископа Варлаама, она всегда выслушивала многочисленные вопросы и просьбы помолиться прихожан храма и приезжающих к ней верующих из разных городов и селений. Ибо сказано: “Слова из уст мудрого – благодать” (Ек. 10:12).
С этим храмом отныне Матушка соединила всю свою жизнь. Уцелевший в годы гонений, он представлял собой яркий благодатный светильник, являясь духовным убежищем многим верующим Киева. Настоятельствовали в нем пастыри-молитвенники, которые особенно тепло относились к блаженной матушке Алипии. Протоиерей Николай Фадеев, протоиерей Алексей Ильющенко, в будущем архиепископ Варлаам, которому Старица предсказала монашеское пострижение, вручив перед постригом четки – все они являлись неизменными почитателями подвижницы.
Многие храмы в то время, согласно идеологии, разрушались в связи с “острой необходимостью и для пользы советского народа”. Так храм на Демиевке подлежал ликвидации, потому что на его территории было запланировано строительство проектного института и гаража для машин. Предполагалось выстроить огромное здание, вытянутое по горизонтали. Матушка Алипия с болью в сердце восприняла это известие. Пламенея любовью к храму, она усердно молила Бога о помощи. Прихожане храма, собрав подписи против разрушения храма, обратились в соответствующие инстанции в Киеве и Москве. Сохранилось свидетельство о том, что матушка Алипия также была на приеме в Киеве у уполномоченного по делам религий. Как говорит Писание “Нет ничего сокровенного, Что не открылось бы, и тайного, что не было бы узнано” (Мф. 10:26) О той роли, которую играла деятельность Старицы в деле спасения храма, поведал тот, чье заявление является наиболее авторитетным. Уполномоченный по делам религий в связи с обвинениями со стороны верующих в свой адрес рассказал о проявленной им милости к ходатайству монахини Алипии, в связи с чем храм был сохранен. Проект был пересмотрен, и форма здания теперь представляла собой прямоугольник, вытянутый по вертикали. В таком виде проектный институт существует и по сей день.