В предпоследнее воскресение перед смертью Матушка каждому человеку из собравшихся у нее начала кланяться и говорить: «Прости меня!» А потом встала, подняла голову к небу и обратилась к Господу искренне и горячо: «Прости!» И так с поднятой головой бесконечно просила. Старица уже со всеми прощалась.
В последнюю неделю жизни она благословила одну женщину приходить к ней читать Псалтирь. «Приходи три дня читать, и больше не нужно». Женщина читала среду, четверг, и пятницу. В субботу вечером благословила келейнице идти в храм, поставить свечи, но не зажигать, дала панихиду, чтобы она отнесла ее в храм утром, и предупредила, чтобы после службы «бежала бегом, чтобы я не ушел». После службы в келии собралось много людей. Матушка приподнялась, устремила на всех очень серьезный, очень проникновенный взгляд. Три раза широко перекрестила глазами и благословила идти в Китаевскую пустынь помолиться преподобным Досифее и Феофилу.
В момент, когда чада поклонились преподобным, Матушка отошла. В это время, на голубом солнечном небе показалась туча, подплыла к тому месту, где молились чада матушки Алипии и из нее начал падать густой крупный снег.
На следующий день утром прибыли сестры Флоровского монастыря и облачили старицу по монашескому чину. Тело старицы было теплым и мягким. Первую панихиду по ней совершил иеромонах Роман Матюшин, приехавший вместе с монахинями.
Природа была необыкновенна в этот день, будто праздничная. Земля, деревья, келия Матушки, овраг, лес – все было в белом инее. Матушка лежала помолодевшая, морщин не было, лицо белое, тело мягкое и теплое. А в день похорон небо было голубым, было безветренно, тихо, присутствовал неземной покой от ощущения присутствия Царствия Божия. Отпевание было торжественно совершено духовенством Флоровского монастыря в этой святой обители при большом стечении народа. Похоронена была матушка Алипия на монашеском участке Флоровского монастыря Лесного кладбища города Киева.
С тех пор народная любовь к старице не угасает. Следуя ее благословению, идут и идут к ней люди, несут к ней свои тяготы и уходят он нее с облегчением. Слава о чудесах, которые стали совершаться на могиле блаженной, начала все более и более распространяться в народе и вскоре люди потекли к своей ходатаице нескончаемым потоком. С утра и до позднего времени у гроба старицы были люди, а по тридцатым числам каждого месяца стечение народа было столь большим, что для того, чтобы приложиться ко кресту на могилке нужно было стоять в очереди несколько часов.
По благословению митрополита Киевского Владимира (Сабодана) останки монахини Алипии (Авдеевой) были обретены рано утром 18 мая 2006 года духовенством Свято-Покровского монастыря Голосеевская пустынь» и торжественно перенесены в обитель, возрождение которой предсказывала блаженная.
На месте ее дома, по слову старицы, построена пятикупольная часовня. Останки Матушки вначале были выставлены в большом храме в честь иконы Богоматери «Живоносный источник», а потом перенесены в усыпальницу под этим храмом и помещены в мраморный саркофаг. Традиции, которые установились на могилке Матушки на Лесном кладбище, продолжаются и в обители. По тридцатым числам, а также в день годовщины смерти Матушки 30 октября, в день ее рождения 16 марта, и обретения останков 18 мая совершаются торжества, готовится трапеза для народа, служатся многочисленные панихиды, стекаются богомольцы со всех стран СНГ, Ближнего и Дальнего Зарубежья. В день двадцатилетия со дня кончины старицы наблюдалось стечение народа более пятидесяти тысяч человек, все улицы, ведущие к монастырю, были заполнены паломниками.
Времена, времена –
какие дал Господь знаменья…
Ведь ни мор, ни война,
а с огнем днем не сыщем смиренья.
Ведь кому ты служил,
тому раб ты, Господь говорит сие
Будем Божьи рабы –
а пример нам благий, житие твое…
Кто же такие «святые», кто «избранные»? Для многих под словом «святой» представляются особенные, а главное, бесконечно отдаленные от нас люди, те, чей подвиг современному человеку покажется не совсем понятным.