Нелегкой была жизнь беглеца – ни документов, ни средств к существованию, ни жилья, а о прописке не было и речи. Но Господь устраивал ее жизнь незаметной для преследователей. Освобождение она получила приблизительно в 1939 году.
Вскоре грянула Великая Отечественная война. Ссылаясь на рассказы Матушки, она провела некоторое время в концлагере, в котором не изменила свое душевное устроение, помогая страдающим, молясь о них. Благодаря прозорливости и дарам духовным, ей удавалось устраивать побег многим соузникам. Вскоре Господь устроил побег и ей. Пробираясь сквозь оккупированную территорию и линию фронта, она некоторое время жила в деревне Капитановка по Житомирской дороге недалеко от Киева. Там она остановилась в одной многодетной семье.
Также известен случай, когда матушка Алипия остановилась на ночлег в одном селении. Всю ночь подвижница даже не прилегла на постланную для нее постель, а простояла на коленях до утра в молитве, верная неизменному правилу – никогда не спать ночью и не давать телу отдыха.
Рассказывала Матушка также о своем путешествии к мощам святителя Феодосия Черниговского, мощи которого были возвращены в Свято-Троицкий собор Чернигова во время войны. Шла Матушка пешком, не останавливаясь в селениях, а ночуя в лесах и полях. После поклонения мощам особо почитаемого ею святителя, Матушка попросилась на ночлег в дом церковного старосты. Он ответил отказом, но она, понуждаемая Духом Святым, пошла за ним, зная, что Господь послал ее в этот дом не случайно.
По дороге старосту встретила плачущая жена. В отчаянии она сообщила старосте, что от угара на печи умерла их дочь. Отец, а за ним и матушка Алипия, побежали в дом. Удрученные родители теперь уже не препятствовали, чтобы странница вошла. Она незаметно достала флягу со святой водой, которую она назвала иносказательно «живая», окропила девочку и влила ей в рот воды. Девочка ожила, а старица незаметно скрылась.
Еще одно событие произошло в Белоруссии после войны. На рынке одного города матушка Алипия встретила толпу людей, которые окружили плачущую семью. Они привезли продать в голодное время домашнее животное – свинью. Это была их единственная возможность выжить. Но животное было таким слабым, что казалось, вот-вот околеет. В тот момент, когда свинья начала синеть, сквозь толпу пробралась матушка Алипия, которая живо откликнулась на несчастие людей. Втайне молясь Богу, она достала обычный деготь и дала животному. Свинья тут же ожила, а люди хватились – где же их спасительница? Но она уже скрылась в толпе. Когда ее все-таки догнали и стали расспрашивать о лекарстве, она сказала, что они обознались.
Во время войны открывается Киево-Печерская Лавра, куда и приходит матушка Алипия в поисках духовного пристанища для ищущей Господа души. Сюда в то время стекался народ из разных уголков страны, в основном из России. Священство Лавры отличалось высокой духовностью, это были священники, прошедшие испытания в лагерях и ссылках. Здесь в то время жили великие прозорливые старцы, умудренные в духовной жизни: преподобный Кукша Одесский (Величко), проповеди которого доводилось слушать матушке Алипии, также высокодуховным человеком, опытным наставником и руководителем был наместник Лавры архимандрит Кронид (Сакун), который стал духовным отцом Агафии и совершил над ней постриг в монашество с именем Алипия (в честь преподобного Алипия Печерского). После смерти архимандрита Кронида в 1954 году Матушка духовно окормлялась у другого светильника схимонаха Дамиана (Корнейчука). Это был великий прозорливый старец, бывший келейник преподобного Ионы, особо близкий к святому.
Матушка всегда трудилась при храме на послушаниях, мыла, убирала, всегда была на службе. Известно, что в это время она подвизалась в дупле старой липы недалеко от колодца преподобного Феодосия Печерского. Подвиг этот она держала в тайне. Архимандрит Кронид благословил ее, и, совершая его по ночам, Матушка днем продолжала труды в храме. При этом она всегда была аккуратно и чисто одета и ничем не отличалась от прочих трудников. Дерево, в тесноте которого молилась матушка Алипия, не сохранилось до наших дней.
Устроиться в монастыре было очень трудно, потому что богоборческая власть не давала прописки. Прибывших женщин часто отправляли в другие женские монастыри, которые могли принять желающих. Матушка
Алипия никуда не просилась, и оставалась при Лавре. Одевалась она как все, в монашеской одежде не ходила. В то время был очень распространен тайный постриг, потому что монастыри были закрыты, в открытые устроиться было нелегко, а если и удавалось, то надзор властей все равно был. Многим приходилось оставаться в миру. Находясь в Лавре в окружении таких великих старцев, матушка Алипия всем сердцем впитывала их пример и наставления. Так преподобный Кукша учил постриженных ничего не делать напоказ, ничего не делать открыто, молиться непрестанно и тайно, учил все терпеть и смиряться, одеваться, ничем не отличаясь от мирских людей. Это была школа, уроки которой матушка Алипия сохранила до конца жизни. Путь к святости – тернистый, и только те, кто пройдет его в глубоком смирении, получат покой от Господа и прославление.