Это сражение стало прелюдией к окончательному подавлению устремлений якобитов. Многие из них подверглись преследованиям, глав кланов лишили положения и правовых привилегий, им запретили даже носить родовые тартаны. Часть из них решилась, однако, перейти на сторону Ганноверского дома — многие почти сразу же попали в британскую армию и были отправлены на континент.
Без трона
"Поражение сорок пятого года" навсегда похоронило шансы Стюартов вернуть корону. Для Карла Эдуарда оно стало, в сущности, началом конца. Принц, несмотря на то, что флер легенды романтичного воина прославил его по всей Европе, впал в депрессию и запил. В 70-е, уже после смерти своего отца, стремясь сохранить непрерывность наследия, женился, но его брак оказался полной катастрофой. Карл не дождался легальных потомков — у него была только единственная внебрачная, хоть и признанная им, дочь Шарлотта, герцогиня Альбани. Умер он в 1788 году, ровно через сто лет после того, как его дед Яков II (VII) был лишен власти. Его младший брат, кардинал Генрих Стюарт, пережил его почти на 20 лет (умер в 1807 году). Свои права на корону он передал двоюродному брату, герцогу Сардинии. Однако ни он, ни кто-либо из его потомков никогда не пытался бороться за них.
После поражения при Каллодене Карл Эдуард пытался скрыться, однако тот остров, на который он бежал, был захвачен правительственными войсками. Ему угрожала опасность, поэтому решено было организовать побег. Ключевую роль сыграла здесь 24-летняя Флора Макдональд, сумевшая переправить переодетого в женское платье принца на остров Скай. Оттуда Карл Эдуард не без труда сумел пробраться дальше и, наконец, отправился на континент. Флора же была арестована и отправлена в Лондон, где ее заключили в Тауэр. Через несколько месяцев ее освободили. Вскоре она эмигрировала в Северную Америку, однако, когда там началась революция, вернулась в Шотландию. Помощь принцу принесла ей славу и огромную популярность — она стала не только героиней романтических легенд (поговаривали даже, хоть и без оснований, что ее с Карлом связывали нежные чувства), но и эталоном женского достоинства и мужества.
Не лучшим образом сложилась и судьба Джеймса Фрэнсиса Эдуарда Стюарта (Старого претендента). Когда в 1727 году умер Георг I, Претендент отправился сначала в Лотарингию, а затем во Францию — вероятно, рассчитывая на поддержку Людовика XV и его министров. Как и прежде, этот план закончился провалом — французы не поддержали его, и он вынужден был ни с чем вернуться в Италию. Однако, кажется, это не поколебало его веру в то, что католические Стюарты когда-нибудь вернут себе короны Англии и Шотландии. В тридцатые и сороковые годы Джеймс Фрэнсис Эдуард, постоянно проживающий в Риме, занимался поиском политической поддержки и денег, которые позволили бы предпринять очередные попытки возвращения. Но теперь главную роль в этом должны были играть его сыновья. После неудачи Карла Эдуарда возникли разногласия между ним и отцом, что сильно ухудшило их отношения. В последние годы жизни Джеймса Фрэнсиса Эдуарда их контакты были редкими и весьма прохладными.
В старости Джеймс Фрэнсис вынужден был ограничить свою деятельность. Не мог он рассчитывать на поддержку своих притязаний со стороны европейских держав. Кроме того, он был тяжело болен. Умер он 1 января 1766 года в своей римской резиденции Палаццо Мути и был похоронен с почестями, предусмотренными для коронованных особ, в соборе Святого Петра. Когда в 1819 году папа Пий VII решил воздвигнуть соответствующее надгробие, его создание было поручено Антонио Канове, а среди лиц, финансировавших памятник, оказался, к удивлению многих, английский принц-регент, в будущем Георг IV, один из известнейших представителей Ганноверской династии.
Несмотря на то что прошло столько времени, до сих пор встречаются люди, считающие, что именно потомки Стюартов, а не Виндзоры должны восседать на британском троне. По мнению многих, права на него принадлежат прежде всего семейству Виттельсбах. О происхождении по материнской линии от Стюартов заявляет и польский род Пининских. Это, однако, не меняет того факта, что течение якобитов в качестве реальной политической силы остается уже только воспоминанием. Даже все более многочисленные сторонники независимости Шотландии считают, что, если когда-нибудь ее и провозгласят, главой государства все равно должна стать королева Елизавета II или кто-то из ее прямых наследников.