Тем временем более ста вооруженных людей около семи часов вечера окружили замок. Группа заговорщиков во главе с Дарили вошла во дворец. В комнату, где ужинали гости королевы, вошел сначала муж Марии, которого она встретила с удивлением и нескрываемым холодом. За колеблющимся Дарили в покои ворвались и другие заговорщики во главе с лордом Патриком Рутвеном. Он потребовал, чтобы Риччо покинул покои. Королевский секретарь, понимая, что ему грозит, бросился к своей покровительнице, выкрикивая по-итальянски: "Справедливость!" Мария, будучи беременной, все-таки пыталась спасти его. Заговорщики, однако, оттащили итальянца от королевы, а один из них нанес ему удар кинжалом, за ним последовали остальные. Королевский секретарь получил целых 56 ударов, а его кровь обрызгала платье королевы. Когда она пыталась спасать Риччо, один из нападавших приставил к ее груди пистолет.
После убийства королева была заперта в собственной спальне. Но она не потеряла самообладания. Двумя днями позже под предлогом родовых схваток она заставила мужа помочь ей бежать из-под домашнего ареста. Вскоре королеве во главе преданных ей войск удалось вернуться в Эдинбург. Вначале, правда, она остановилась в Эдинбургском замке, ибо трагическая гибель близкого ей человека не позволила ей сразу переступить порог рокового дворца. Когда печальные воспоминания приутихли. Мария Стюарт снова поселилась в Холируде, где в 1576 году она вновь вступила в брак. В тот же самый год, принужденная к отречению от власти, она покинула дворец, чтобы больше никогда туда не вернуться.
История убийства Риччо громким эхом отозвалась на островах, легла в основу многочисленных сценических произведений (в том числе опер), а также стала источником самой знаменитой легенды Холируда. Не устояла перед ней сама королева Виктория, посетившая резиденцию со своим мужем принцем Альбертом в 1850 году. Рассказывают, что не узнавший ее старый смотритель дворца с жаром описывал драму Риччо и Марии Стюарт, показывая даже якобы все еще видимые пятна крови итальянца на полу несчастливой комнаты. Викторию привлекла, естественно, не столько история драматического конца королевской интрижки, сколько тот факт, что королева Шотландии Мария Стюарт в момент рокового события носила в своем лоне будущего короля Якова VI. Виктория же была правительницей Англии и Шотландии, впервые объединенных общим правлением именно им, сыном Марии — на английском троне Яковом I. Да и появился он на свет именно в покоях Холируда. И здесь же 27 марта 1603 года он узнал о смерти Елизаветы 1 Тюдор, что открыло ему дорогу к английскому трону.
Новые времена
После переезда на Темзу Стюарты оставили Холируд, хоть Яков I однажды и посетил дворец в 1617 году, а в 1633 году здесь короновали его сына Карла I на титул короля Шотландии. Несмотря на это, Холируд стал на несколько десятилетий главной резиденцией шотландской аристократии, исполняющей функции королевских представителей (в том числе герцогов Гамильтон и лордов Лодердэйл).
Новая эпоха Холируда наступила с реставрацией Стюартов. По приказу Карла II в 1671 году начали строить — на месте старого — новое четырехугольное здание. К нему добавили с юго-западной стороны башню, аналогичную той, которая была с северо-западной стороны. Проектировщиком нового здания был, вероятно, королевский придворный каменщик Роберт Милн. Правда, основные работы закончились в 1579 году, но уже при правлении Якова II (Якова VII Шотландского) продолжались работы в интерьерах, прежде всего Больших апартаментах (The State Apartment).
После падения Якова в 1688 году судьба свела Холируд с историей Стюартов еще раз. В 1745 году в течение пяти осенних недель находился во дворце во время бунта якобитов Молодой претендент — принц Карл Эдуард Стюарт, давая балы в больших апартаментах. Следующие 150 лет Холируд в основном пустовал. Этой резиденции избегали правители Ганноверской династии. До упомянутого визита Виктории и Альберта сюда ненадолго приезжал в 1822 году Георг IV. Только начиная с визита Георга V и королевы Марии в 1911 году Холируд стал более часто и регулярно принимать британских монархов. Тогда же интерьеры были модернизированы для удобства королевской семьи. При Виндзорах традицией стало пребывание властвующего монарха в Холируде в течение недели в году (королева Елизавета II поселяется здесь ежегодно в начале лета), принимая предусмотренную церемониалом присягу на верность монарху и повиновение. В остальные дни года Холируд открыт для посетителей.