Когда в августе 1561 года Мария прибыла в Лейт, оказалось, что возвращение к родным пенатам не будет благополучным. Мария была католичкой, осведомленной в правилах поведения при французском дворе, в то время как большинство ее подданных составляли яростные протестанты. В шотландской политике доминировали враждующие между собой аристократы. Ситуация усугублялась тем, что Мария отказывалась ратифицировать подписанный в 1560 году англо-шотландский договор, подтверждавший права Елизаветы I на английский престол. Разумеется, это негативно сказывалось на отношениях Шотландии с ее влиятельным южным соседом.
Несмотря на это, в первые годы правления Марии Стюарт сопутствовала удача. В это время она прибегала к советам своего единокровного брата Джеймса, графа Морея, и других советников-протестантов и проводила умеренную религиозную политику. Она старалась улучшить и отношения с Елизаветой, хотя это было все сложнее, особенно после того, как встал вопрос о втором браке королевы Шотландии.
То, что Мария должна снова выйти замуж, было для всех очевидным. Речь шла не столько о том, чтобы воспрепятствовать женщине в управлении страной (духовный лидер шотландских протестантов называл такое правление узурпаторским и тираническим по своей природе) и возвести на трон Шотландии мужчину, сколько о необходимости дать государству наследника престола. Однако найти соответствующего кандидата было непросто, так как его должна была принять не только сама Мария, но и ее подданные. Вопрос решился сам собой, когда королева страстно влюбилась в своего близкого родственника (у них была общая бабка — Маргарита Тюдор) Генриха, лорда Дарили. Их свадьба состоялась в июле 1565 года и вызвала смешанные отклики: католики были довольны, что королева вышла замуж за единоверца, протестанты были против усиления католического влияния, а Елизавета опасалась последствий союза двух претендентов на английский престол.
Дарили был молод, хорош собой, но, как вскоре оказалось, болезненно амбициозен и склонен к насилию. Он окружал себя недостойными людьми, вел распутный образ жизни и быстро настроил против себя не только шотландцев, но и собственную жену. Улучшению отношений между супругами не способствовала даже беременность Марии. Напротив, Дарили начал обвинять ее в неверности и подозревать, что отцом ребенка является секретарь королевы, итальянец Давид Риччо. В конце концов в марте 1566 года он вступил в сговор с врагами королевы, ворвался в ее покои в Холирудском дворце и заколол итальянца. Мария, будучи на седьмом месяце беременности, не смогла спасти своего секретаря.
Принимая во внимание эти события, не стоит удивляться, что супругов не сблизило даже появление на свет их сына в июне 1566 года. Королева начала размышлять о разводе, но не предприняла никаких шагов в этом направлении. Более того, когда в конце года Дарили тяжело заболел, она начала навещать его и проводить с ним все больше времени. Сложно сказать, были ли реальные шансы для их примирения — или это была лишь «дымовая завеса». В любом случае королева знала о готовящемся покушении на своего мужа. Так или иначе, но ее не было рядом с ним в ночь, когда дом, в котором находился на излечении ее супруг, взлетел на воздух в результате взрыва. Однако тело Дарили было найдено не в руинах, а в саду, причем останки свидетельствовали, что муж королевы был задушен.
МАРИЯ I СТЮАРТ БЫЛА УМЕЛОЙ РУКОДЕЛЬНИЦЕЙ. ИМЕННО ВЫШИВКА (ПОМИМО МОЛИТВ И ВЕДЕНИЯ ОБШИРНОЙ КОРРЕСПОНДЕНЦИИ) ЯВЛЯЛАСЬ ОСНОВНЫМ ЗАНЯТИЕМ КОРОЛЕВЫ ВО ВРЕМЕНА, КОГДА ОНА БЫЛА УЗНИЦЕЙ ЕЛИЗАВЕТЫ ТЮДОР.
Подозрения в организации убийства и приведении его в исполнение пали на Джеймса Хепберна, графа Ботвелла, одного из ближайших друзей Марии. Хотя на процессе, организованном в начале апреля, он был оправдан, обвинения не стихли. В конце апреля Ботвелл похитил Марию и пленил ее (говорили даже об изнасиловании), а позже развелся со своей женой. Все расценили это как подготовку к его бракосочетанию с королевой, которое и в самом деле состоялось — 15 мая 1567 года. Без преувеличения, это следует считать концом правления Марии.