Оборонительные сооружения Судакской крепости впервые подробно описал в 1771 г. подполковник русской армии Фишер. В 1792 г. отдельные надписи на геральдических плитах расшифровал Г. Л. Одерико.
В 1801 г. вышла в свет работа Л. С. Вакселя "Изображения разных памятников древности, найденных на берегах Черного моря, принадлежащих Российской империи, снятые с памятников в 1797 г.", где была сделана попытка прочтения некоторых средневековых надписей, сохранившихся в Судакской крепости. Позднее над расшифровкой судакских надписей работали П. И. Кеппен, А. X. Стевен, О. В. Ретовский, В. В. Латышев, И. И. Холодняк, В. Н. Юргевич. В 1929 г. начала публикацию генуэзских надписей Е. Ч. Скржинская и продолжала эту работу на протяжении многих лет.
Василий Васильевич Капнист, один из первых русских поэтов, воспевших Тавриду, отправился в неизведанные места, чтобы обнаружить следы Одиссея. Капнист доказывал, что Одиссей странствовал в Черном и Азовском морях: "...столицу феакеан, с двойной пристанью ее и даже с кораблем, в камень обращенным, нашел я на южном берегу Тавриды, близ нынешней Отузской долины".
Впервые Капнист посетил "южный берег Солдайска тока" в 1803 г., а в 1815 г. приехал сюда во второй раз. В Судакской долине находилось небольшое имение старшего брата поэта - Петра Васильевича Капниста, приобретенное им вскоре после присоединения Крыма к России. Василий прожил у брата несколько недель. В его стихотворении "Другу сердца" есть строки, посвященные Судаку:
Земли тот уголок счастливый
Всех боле мест манит мой взор:
Средь леса зреют там оливы,
Мед каплет из ущелий гор.
Там долго ветр весенний веет,
Гнетет недолго зимний хлад;
В долинах, как янтарь, желтеет
Токайский сладкий виноград.
Последний раз Капнист побывал в Крыму в 1819 г., с дочерью С. В. Скалон и вдовой поэта Г. Р. Державина Дарьей Алексеевной. Будучи в Судаке, они гуляли по окрестностям, посетили крепость и Отузскую долину.
Большой любитель и знаток истории, Капнист не мог остаться равнодушным к варварскому уничтожению памятников древности, которое наблюдалось в Крыму повсеместно. Вернувшись из Тавриды, 20 декабря 1819 г. он обратился с докладной запиской к министру духовных дел и народного просвещения А. Н. Голицыну, где указывал на необходимость защиты древних памятников Крыма. В записке предлагалось принять меры "О недопущении впредь для казенных и частных строений истреблять в Тавриде остатки древних зданий и твердынь". Капнист советовал отправить в Крым "нескольких ученых людей", которые занялись бы изучением памятников старины.
Записку обсудили на конференции 26 января 1821 г. Академику Е. Е. Келлеру, побывавшему в Крыму еще в 1804 г., поручили подготовить план по сохранению памятников на полуострове. 21 мая 1821 г. Келлер выехал в Крым. Несколько позже к нему присоединился архитектор Е. Паскаль.
Капнисту в то время было 64 года, он часто болел и потому не мог принять участия в экспедиции. Вместо себя он отправил в Крым старшего сына Семена, поэта, писавшего стихи в "горацианском духе". Семен больше полугода прожил в Судаке, отыскивая древности. Здесь он написал стихотворение "Вечер в Тавриде" по поводу разрушения памятников старины:
Эвксин бурливый омывает
Здесь берег яростной волной,
Последний камень отделяет
Из основания под древнею стеной.
А там потомок дерзновенный,
Корыстью алчною в невежестве влеком,
Ломает памятник священный:
Из древних мраморов себе он строит дом.
В конце 1821 г. Келлер и Паскаль представили обстоятельный отчет о проделанной работе. Было задумано издать описание "древностей Тавриды" с рисунками. Однако задуманное не было осуществлено "вследствие недостатка русских художественных сил".
В начале 30-х гг. XIX века по Южному берегу Крыма путешествовал П. И. Кеппен. Целью своей экспедиции ученый считал "сохранить для времен будущих сведения о неизглаженных доныне следах греческих поселений на Южном берегу Крыма - от мыса Меганомского (Копсела) до Ая-буруна (близ Ласпи) и в то же время собрать топографические известия о татарских наименованиях главных на берегу урочищ, в особенности лежащих у самого моря". Весь путь Кеппен проделал верхом, делая обстоятельные заметки на отдельных листках бумаги, карандашом. Позднее эти записи он обводил чернилами.
В Судак Кеппен прибыл 21 ноября 1833 г. и остановился во "Француз-бах" саду, устроенном иностранцем Амантом. После высылки последнего за границу имением распоряжалась девица Жакмар, которая на следующий день сопровождала Кеппена в экскурсиях по окрестностям Судака. В честь спутницы Кеппена небольшой плоский мыс за горой Алчак назван мыс Француженка. Сейчас на этом месте располагается недостроенный пансионат "Медвежонок". Ученый описал 8 древних церквей, находившихся в Судаке, в том числе св. Георгия в Ачикларе. Смотритель училища виноградарства Вандершкруф еще в 1820-х гг. видел здесь остатки фресок.
Результаты археологических исследований, свои наблюдения и выводы Кеппен обобщил в изданной в 1837 г. в Санкт-Петербурге книге "Крымский сборник. О древностях Южного берега Крыма и гор Таврических".
В феврале 1848 г. архиепископом Херсонским и Таврическим стал Иннокентий (в миру - Иван Алексеевич Борисов), оставивший яркий след в истории русской церкви. "Русским Златоустом" прозвали его современники, а историк Погодин видел в нем "Великого гражданина земли русской".
Дела епархии отец Иннокентий принял у архиепископа Гавриила, человека просвещенного, знатока древних языков, любителя древней истории. Отец Гавриил отыскивал древние памятники Крыма, прежде всего - памятники христианской истории. В числе его трудов, посвященных истории христианства в Крыму, есть и подробное описание христианских памятников Феодосийского уезда, в том числе в окрестностях Судака. Архиепископ видел множество древних церквей и монастырей в самом Судаке, его ближайших окрестностях, близлежащих деревнях, что красноречиво свидетельствовало о былом расцвете христианства в Сугдее, но к середине XIX века многие из них пребывали в руинах.
Отец Иннокентий не ограничился изучением древних руин, он стремился создать новые монастыри на месте наиболее почитаемых памятников христианства. Первоначально в число святых мест, подлежащих возрождению, входила и церковь св. Матфея, расположенная на территории крепости. В 1856 г. архиепископ побывал в урочище Кизил-Таш между Судаком и Отузами (совр. Щебетовка) и счел это место более подходящим для устройства киновии. Так был основан известный Кизилташский монастырь св. Стефана Сурожского.