В 1865 г. управление государственными имуществами назначило участок земли с развалинами крепости к распродаже в частные руки. Этому энергично воспрепятствовало Одесское общество истории и древностей. В 1868 г. крепость была передана в ведение Общества, которое приняло меры для охраны памятника. Отсутствие средств не позволяло осуществить даже минимально необходимые ремонтные работы. М. Н. Погодин писал по этому поводу в 1872 г.: "Казенное управление собиралось когда-то продавать этот участок "как бесплодную скалу", но по ходатайству Одесского общества предоставлены развалины историческому Обществу; земство взимает с "бесплодной скалы до 15 десятин" 65 коп. налогу! Сердце не нарадуется, как сохраняется у нас казенный государственный интерес, когда дело идет о копейках и денежках! Ах, если б и миллионы береглись с такой же заботливостию!.."
В 1880 г. снова возникла угроза продажи территории крепости в частные руки. Одесское общество с трудом воспрепятствовало этому, но вынуждено было смириться с использованием земель в районе крепости под виноградники и пастбища.
Только в конце 90-х гг. XIX века благодаря А. Л. Бертье-Делегарду, пожертвовавшему больше тысячи рублей, в крепости удалось произвести некоторые ремонтные работы. В 1898 г. Одесское общество командировало в Судак комиссию, которая составила подробное описание памятника. Комиссия вступила в конфликт с местным помещиком Капоном, который незаконно захватил большой участок земли, принадлежавшей Обществу.
В "Записках Одесского общества истории и древностей" (ЗООИД) были опубликованы переведенные членами Общества "Заметки XII - XIV вв., относящиеся к крымскому городу Сугдее...", Устав генуэзских колоний на Черном море 1449 г. и другие материалы, имеющие отношение к истории Судака. Корреспондентами Общества были жители Судака И. Паскевич и Ф. Селецкий.
С Судаком связана жизнь и деятельность двух активных сотрудников Таврической ученой архивной комиссии (ТУАК) - первого председателя ТУАК Александра Христиановича Стевена, младшего сына X. X. Стевена, и второго председателя ТУАК Арсения Ивановича Марковича. А. X. Стевен, имевший в Судаке дом, принимал участие в реставрации крепости; ему принадлежит честь открытия знаменитого таракташского клада боспорских и римских монет.
Неоднократно бывал в Судаке А. И. Маркович. В 1896 г. он совершил экспедицию в юго-восточную часть Крыма с целью розыска христианских древностей. Стевен указал Марковичу на развалины монастыря св. Георгия на горе Манджил и остатки монастыря в центре Ай-Савской долины, на земле, принадлежавшей Екатерине Христиановне Стевен. Незадолго перед этим здесь были обнаружены остатки стены, найдены тесаные камни больших размеров, захоронения, а также крестик и большое количество разнообразных бус, которые Е. X. Стевен передала в музей ТУАК.
По сообщению сотрудника ТУАК Людовика Петровича Колли, в 1910 г. по поручению Императорского Московского Археологического Общества исследования в Судаке проводил студент фон Эдинг. Он произвел раскопки в урочище Шайтан-Дере, между Судаком и Новым Светом, и обнаружил фундамент храма с остатками фресок и древнюю мельницу неподалеку. Фон Эдинг увез в Москву три ящика археологических находок.
Осенью 1913 г. в Феодосию прибыл председатель Лигурийского общества Чезаре Империале. Общество, существующее в Италии, занимается изучением истории Генуи и генуэзской колонизации в бассейне Средиземного и Черного морей. Поездка была связана с организацией Генуэзской международной выставки 1914 г., посвященной истории генуэзских колоний. В Феодосии Империале встретился с Колли, который в то время был директором археологического музея. Колли сопровождал итальянцев в качестве гида и переводчика в их путешествии в Судак, Балаклаву и Ялту. В благодарность Империале преподнес несколько томов документов, связанных с историей генуэзских колоний XIV - XV веков, изданных Лигурийским обществом в конце прошлого века.
Еще ранее Колли отправил в Италию ряд материалов, в том числе фотографии руин генуэзских крепостей в Феодосии, Судаке, Балаклаве, копии старинных гравюр и акварелей и другие материалы, которые вызвали в Италии сенсацию.
Широкомасштабные археологические исследования в Судаке и его окрестностях, с участием крупных ученых, развернулись после революции 1917 г.
Деятели культуры
Живописную Судакскую долину издавна посещают не только ученые, путешественники или виноградари и виноделы, но и писатели, художники, композиторы, искавшие здесь творческого вдохновения.
После присоединения Крыма к России Судак изображали художники И. Францев, М. Иванов, Е. Корнеев, Ф. Гросс, Биготти, Кюгельтен.
Кажется, все без исключения путешественники, начиная с XVI века, оставившие воспоминания о посещении Судака, рассказывают о знаменитых судакских садах и виноградниках. Кеппен в "Крымском сборнике" лишь на мгновение отвлекается от археологических описаний, чтобы констатировать, что за два с половиной столетия, прошедших после путешествия Мартина Броневского, здесь ничего не изменилось: "ныне Судак не город, но так же как и во времена Броневского, пространный сад, усеянный многочисленными домиками разных владельцев, которые проводят здесь осень". Но, пожалуй, наибольшее впечатление цветущая Судакская долина произвела на Владимира Измайлова, издавшего в 1802 г. книгу "Путешествие в полуденную Россию":
"Вообразите равнину, которая занимает такое пространство, что один взгляд обнять его не может; и на сем самом пространстве один сад, который в самом деле заключает в своей величественной окружности тысяча и тысяча виноградных садов, которые переплетаются еще в тысяча и тысяча ветвях, несущих на себе миллионы виноградных кистей с висящими плодами. Представьте себе густейшую зелень, перелив ее из тени в свет, из света в тень, кудрявость деревьев и множество садов, сливающихся в одну точку зрения; представьте себе притом несколько домиков, выглядывающих сквозь густую зелень, куда хозяева удаляются с семействами на лето и где нежные красавицы красуются вместе с садами своими, одеваются просто, подобно природе, и живут тихо, как в полях пастушки; представьте себе очарованье нового Альциноева сада, действие природы на чувствительную душу и допишите сами картину..."