Администрация университета потребовала от Хавкина письменного свидетельства о благонадежности. Время полицейского надзора за ним уже истекло, и он подал заявление в канцелярию одесского градоначальника, надеясь, что речь идет о простой формальности. Однако вырваться из-под зоркого взгляда жандармов оказалось не так-то просто. Едва закончился срок явного надзора, как за Владимиром учинили надзор тайный. Чиновники канцелярии градоначальника стали в тупик: как отказать просителю и при этом не открывать причину отказа, «вытекающую из секретной переписки». Градоначальник обратился за разъяснением к генерал-губернатору. Но и тот долго не мог найти подходящего повода, чтобы справку не выдавать. Наконец был составлен документ, в котором хитроумно совмещалась индульгенция с обвинительным актом. После слов о благонадежности Хавкина следовал длинный список его грехов, а затем указывалось, что «прощенный» несколько лет находился под надзором полиции. Каждому царскому администратору такая бумажка более говорила о неблагонадежности, нежели о благонадежности предъявителя.
Препаратору маленького музея, разлученному со своими научными и политическими единомышленниками, оставалось лишь захиреть в провинциальном болоте. Новороссийский университет — недавно еще центр остро пульсирующей научной мысли — после ухода лучших профессоров превратился, по словам одного из воспитанников, в безводную пустыню. За малейшее непослушание ректор Ярошенко изгонял и студентов, и преподавателей.
Глухие восьмидесятые… Многие из тех, кто сочувствовал революции, бежали за границу. А другие в вине топили стыд за свою беспомощность перед лицом мракобесов и хамов. Кто трезв, тому всего лучше помалкивать: шпики кругом — на улице, в канцелярии, в аудитории, в церкви. Над Россией в пасмурном затишье раздаются пустые хлопки выстрелов: самоубийство — последний выход загнанного в тупик интеллигента.
Хавкину двадцать пятый год. Ему чужды чары зеленого змия. Он полон жизни и вовсе не собирается расставаться с ней. Единственно, чего хочет молодой кандидат, — это научной работы. Нет, он не забыл жертв, понесенных друзьями, но все яснее становится обреченность оторванных от масс народовольцев, избравших кровавый, никуда не ведущий путь. Политические идеалы «Народной воли» выцветают. Новых идей пока нет. А Мечников манит ученика вечными прелестями науки. Зоология простейших — их общая излюбленная область. Едва различимые существа в зеленой глубине моря несут в себе целый мир непознанного. При встрече Мечников корит Владимира. И поделом: сам Илья Ильич в этом возрасте был уже профессором, автором десятка трудов.
И Хавкин уходит в науку. В 1885 г. парижский журнал «Анналы натуральных наук» публикует его диссертацию, посвященную простейшим обитателям Черного моря — астазиям. Год спустя тот же журнал печатает новую статью кандидата из Одессы, на этот раз о биологии зеленой эвглены. Имя Хавкина появляется в списках тех, кто выступает на заседаниях Новороссийского общества естествоиспытателей. Его доклады вызывают даже горячие споры. Одна из дискуссий произошла 30 апреля 1887 года, когда Хавкин в докладе о наследственности у одноклеточных организмов пытался отрицать ценность учения Дарвина. Большинство присутствующих, пылкие дарвинисты, устроили Молодому ученому полный разнос. Если бы на заседании присутствовал Илья Ильич, он, вероятно, еще более строго отчитал зарапортовавшегося ученика. Но Мечникова не было в Одессе. Окончательно затравленного чиновниками профессора занимала в это время одна мысль: скорее покинуть Россию. Пастер предложил талантливому русскому профессору перебраться в Париж в только что созданный Пастеровский институт и тот с удовольствием принял предложение. Хавкин остался один. С отъездом Мечникова (1888 г.) жизнь в Одессе для него в значительной степени теряла смысл. Работа в музее давно уже стала тягостной. Появилась мысль последовать за Ильей Ильичем во Францию.
Владея языками, Хавкин постоянно следил за биологическими журналами Германии и Франции. Его манили новейшие сообщения далеких лабораторий. Из недр классической зоологии возникла полная неведомого дисциплина — бактериология. Это было как открытие доселе неизвестного материка. Врачи, зоологи, микроскописты, животноводы с изумлением узнавали каждый день все новые чудеса о жизни бактерий, недавно еще малоизученных и никому не интересных существ. Едва Пастер нашел средство борьбы с сибиреязвенными микробами (термин «микроб» только начал тогда входить в научный обиход), как Роберт Кох обнаружил микроскопического возбудителя чахотки, а год спустя он же открыл холерную «запятую». В 1884 году еще сенсация: Пастер в Париже предпринял лечение бешенства с помощью прививок. Как было бы замечательно участвовать в поисках виновников заразных болезней, в поисках, которые ведутся по всему миру!