О трех последующих годах жизни ученого почти ничего неизвестно. Куда отправился, где нашел прибежище оклеветанный и одинокий творец противочумной вакцины? Найду пишет: «Он вел беспокойный образ жизни, посещал знаменитые лаборатории Европы и вел там споры по интересующим его вопросам в кругу нескольких непредубежденных ученых и знаменитых микробиологов, которые единодушно реабилитировали его». Кто были эти люди, в трудный час подавшие руку помощи своему коллеге? Был ли среди них старый учитель Илья Ильич Мечников?
Об этом можно лишь догадываться. Доподлинно известно только о полной поддержке Хавкина Листером и Райтом, а также давним товарищем по Калькутте Симпсоном. В России малкавальское бедствие тоже не лишило «лимфу» доверия врачей. В борьбе с чумными вспышками на нижней Волге русские медики неизменно применяли препарат своего земляка.
В 1907 году имя Хавкина вновь обошло газеты мира. Индийское правительство, не сумевшее получить поддержку ученых в затеянной им травле, уведомило бактериолога о том, что с него сняты все обвинения. Хавкина приглашали в Индию. Ему предлагали возглавить любое научное учреждение, какое он пожелает. Он колебался. Индия влекла его: там ежегодно прививались его вакциной сотни тысяч человек, там ширилось, расцветало дело всей его жизни. С другой стороны, противно было опять оказаться под началом тех, кто цинично использовал его, подобно карте в грязной политической игре. «Тот, кто вынужден переносить несправедливые обвинения в течение долгого разбирательства, никогда не будет вознагражден за свои переживания», — прокомментировал журнал «Ланцет» душевное состояние ученого после реабилитации. Очевидно, так оно и было.
Правильное решение подсказали голоса друзей. Едва стало известно об официальном оправдании Хавкина, как со всего света к нему хлынул поток поздравлений. Писали ученые, политические, общественные деятели Востока и Запада, писали простые люди Индии и России. Большинство из них выражало уверенность, что Хавкин вернется в Бомбей, продолжит начатое им благородное дело.
Он отослал государственному секретарю индийского правительства письмо с согласием вернуться. Последовал еще булавочный укол: должность директора Бомбейской лаборатории оказалась занятой. Хавкин согласился работать в Калькутте. Ему многое уже было безразлично. «Он возвратился в Индию разочарованным человеком, — писал индийский биограф. — Теперь он искал уединения и старался быть незаметным…»
Шли годы. Может быть, кому-нибудь и казалось, что в Индии ничего не изменилось: по-прежнему чума и холера косили жителей, по-прежнему колониальное господство обрекало страну на нищету, голод и бесправие. Однако перемены были. В 1908 году власти бросили в тюрьму Тилака. Суд приговорил патриота к шести годам каторжных работ. Раньше подобный приговор лишь пригнул бы головы остальных демократов. Но в 1908 году бомбейские рабочие ответили на расправу с национальным героем первой в истории Индии политической забастовкой и баррикадными боями. Это была уже не та терпеливая Индия, что прежде.
Хотя чума и холера все так же бесчинствовали в стране, прыгая то на Север, то на Юг, удары их все больше слабели. Не сотни и тысячи, а миллионы привитых несокрушимым монолитом противостояли заразе. К 1909 году число привитых противочумной вакциной Хавкина в одной только Индии перешагнуло за 8 миллионов (к 1940 году число привитых поднялось до 35 миллионов, а сейчас цифра эта удвоилась). Американский врач-вакцинатор Лестер Билз, работавший в штате Сатара в годы, предшествовавшие первой мировой войне, вспоминает: «Я видел огромные толпы людей, которые с криком толкались вокруг прививочного пункта, срывая друг с друга одежду, желая скорее пробраться к врачу. А ведь было время, когда за это же самое приходилось платить беднякам двухдневный заработок».
Хавкин не мог не видеть этой нарождающейся новой Индии, делающей первые шаги к политической и культурной независимости. Вместе с тем он видел и голод, и нищету, и дикость. И, возможно, не раз возвращался ученый к горькой мысли о том, что его вакцина, спасая богатого для жизни и радости, возвращает бедняку только право на дальнейшие страдания. Эти ли, другие ли думы одолевали Хавкина, трудно сказать. Но современники вспоминают, что с каждым годом он становился все более сдержанным и даже угрюмым. Осенью 1915 года, достигнув пенсионного возраста, бактериолог покинул Индию. Он мог быть доволен наследством, которое оставил. «…Его вакцина, используемая во время эпидемии, уменьшала смертность на 85 процентов, или около того. С трудом можно представить, что это означает, когда думаешь о миллионах доз, применяемых в Индии», — писал журнал «Ланцет».