Новгородцы, уверовав в помощь Литвы, прогнали наместников великого князя и избрали посадника и тысяцкого. Иван III в третий раз осадил мятежный город. Новгородцы опять не получили помощи от Литвы и сами не имея достаточно сил для обороны, впустили великого князя в город. Главные зачинщики мятежа (около 150 человек) были арестованы и казнены. Более восьми тысяч семей было переселено на земли Московского княжества.
Хан Ахмат, хорошо осведомленный о мятеже братьев великого князя, о войне с Великим Новгородом, договорился действовать совместно с Казимиром. В 1480 г. Ахмат повел на Москву стотысячное войско. Иван III пошел братьям на уступки и заключил с ними мир.
За "стояние на Угре" современники обвиняли Ивана III в малодушии и трусости. Дмитрий Донской объединил часть русских князей и разгромил Мамая, но не смог защитить страну от Тохтамыша, т. к. слишком велики были потери на поле Куликовом. Обескровленная Русь вновь стала данником орды. Положение Ивана III Васильевича было намного труднее. С Юга напала Большая орда. С Запада готовилась напасть Литва. На Северо–Западе Псков отражал очередное нападение Ливонского ордена. На Севере Великий Новгород, где, опасаясь мятежа, великий князь держал большое войско. На Востоке Казанское ханство, где к власти в 1479 г. пришел ставленник Ногайской орды хан Али. В самой Москве готовые к измене родные братья. Да, тяжела она, шапка Мономаха!
Хан Ахмат убоялся принять генеральное сражение. Время единства и могущества Золотой орды прошло. Нападение крымского хана Менгли–Гирея на литовскую Украину, заставило Казимира забыть о его нападении на Москву. Нур–Даулат–Гирей в составе русского отряда участвовал в разорении Сарая, столицы Большой орды. Хан Ахмат ушел с Угры, разграбив земли лживого союзника, так и не выступившего против Москвы, вернулся в родные степи, был схвачен ногайскими князьями и убит.
Перед нападением Большой орды независимость от Москвы сохраняли Псков, Рязань и Тверь. Псков из–за постоянной исходящей от западных соседей угрозы никогда не выступал против союза с Москвой. В Рязани княжил Василий Иванович Третной (Вел. кн. Рязанский в 1456–1483 гг.), муж родной сестры Ивана III, Анны. Михаил Борисович (Вел. кн. Тверской в 1461–1485 гг.) в 1480 г. послал свои полки на помощь Москве.
Иван III Васильевич первым браком был женат на родной сестре тверского князя Марии (ум. в 1468 г.). Михаил Борисович и Иван Васильевич жили в дружбе, пока в 1484 г. московский князь не узнал о тайном сговоре тверского князя с Казимиром IV Ягеллончиком, на внучке которого тот женился в 1483 г. Этот договор нарушал заключенный ранее договор с Москвой, поэтому Иван III объявил Твери войну. Московское войско захватило Тверское княжество и пожгло города. Литва, как обычно, на помощь не пришла. Михаил Борисович был вынужден запросить мир. По новому договору с Москвой тверской князь признал старейшинство московских князей и отказался от прав сношения с другими государствами.
Михаил Борисович не успокоился и вновь попытался договориться с Казимиром. В августе 1485 года Москва осадила Тверь. Тверские бояре отказались сражаться, и перешли на сторону московского царя. Михаил Борисович с кучкой верных бояр бежал в Литву. В сентябре 1485 года Тверь стала частью Московского княжества и была отдана Ивану Ивановичу Молодому, сыну Ивана III, по матери принадлежавшего к роду тверских князей.
В 1489 г. Иван III Васильевич окончательно присоединил к Московскому государству Вятку. В 1499–1500 гг. была присоединена Югорская земля.
В 1510 г. Василий III Иванович (Вел. кн. Московский и всея Руси в 1506–1534 гг.) без крови присоединил Псков к Москве.
Затем настала очередь Великого княжества Рязанского. Внучатый племянник Ивана III Иван Иванович (Вел. кн. Рязанский в 1500–1516 гг.) в 1516 г. был уличен в связях с врагом Москвы крымским ханом Мухаммед–Гиреем (1514–1523) и даже хотел взять в жены его дочь. Рязанский князь был посажен в темницу. В 1521 г., во время набега крымских татар, Иван Иванович бежал из Москвы в Литву. Рязанское княжество вошла в состав Московского княжества.