Софья, которой очень подходило ее имя, была умницей, но совсем не красавицей: невысокого роста, плотного сложения, с непропорционально большой головой, но даже ее враги признавали, что она «дева великого ума и самых нежных проницательств, больше мужеска ума исполненная».
Василий Васильевич Голицын
В юности царевна познакомилась с красавцем князем Василием Васильевичем Голицыным. Вероятно, он произвел на нее сильное впечатление, да и не мудрено: этот человек умел производить впечатление и не только на робких московских барышень. Сергей Михайлович Соловьев приводит такой отзыв об этом человеке, сделанный французским посланником де ла Нёвиллем: «Я думал, что нахожусь при дворе какого-нибудь италиянского государя. Разговор шел на латинском языке обо всем, что происходило важного тогда в Европе; Голицын хотел знать мое мнение о войне, которую император и столько других государей вели против Франции, и особенно об английской революции; он велел мне поднести всякого сорта водок и вин, советуя в то же время не пить их. Голицын хотел населить пустыни, обогатить нищих, дикарей, сделать их людьми, трусов сделать храбрыми, пастушеские шалаши превратить в каменные палаты. Дом Голицына был один из великолепнейших в Европе».
В записках де ла Нёвилля есть и такие слова: «Этот князь Голицын, бесспорно, один из искуснейших людей, какие когда-либо были в Московии, которую он хотел поднять до уровня остальных держав. Он хорошо говорит по-латыни и весьма любит беседу с иностранцами, не заставляя их пить, да и сам он не пьет водки, а находит удовольствие только в беседе. Не уважая знатных людей, по причине их невежества, он чтит только достоинства и осыпает милостями только тех, кого считает заслуживающими их и преданными себе».
В письмах царевна звала его «свет братцем Васенькой», «светом батюшкою, душою своею, сердцем своим», а однажды собственноручно сделала такую надпись на его портрете:
Ухаживая за постоянно болеющим братом Федором, Софья, по словам Николая Ивановича Костомарова, «приучила бояр, являвшихся к царю, к своему присутствию, сама привыкла прислушиваться к разговорам о государственных делах и, вероятно, до известной степени уже участвовала в них при своем передовом уме». Она понимала, что царю долго не прожить и что после его смерти мачеха и ее семья попробуют захватить власть. И Софья была готова дать отпор.
Царь Федор правил 7 лет и показал себя рассудительным и деятельным юношей, подающим большие надежды, которым, однако, не суждено было воплотиться в реальность. После смерти Федора Алексеевича обострилось соперничество между политическими партиями Милославских и Нарышкиных. Из многочисленных детей от двух браков Алексея Михайловича ближайшими претендентами на престол теперь стали: 15-летний Иоанн (или Иван), сын Марии Милославский, и 10-летний Петр, сын Натальи Нарышкиной. Об Иоанне говорили, что он страдает эпилепсией и слабоумием. «Иоанну можно было поставить в упрек его слабоумие, Петру — его молодость: но последний недостаток с годами проходит, тогда как первый лишь усиливается», — пишет Помяловский. В итоге Нарышкиным удалось венчать на царство Петра.
Софья понимала, что сейчас решается ее судьба и судьба ее сестер и братьев, и действовала решительно. В день похорон Феодора, она, вопреки всем обычаям и приличиям, приняла участие в погребальном шествии, шагая за катафалком наравне с Петром. И не только это! Громко плача, царевна объявила, что царя Феодора отравили враги, и молила не губить ее с братом Иваном, а позволить им уехать за границу. «Брат наш, царь Федор, нечаянно отошел со света отравою от врагов, — причитала Софья. — Умилосердитесь, добрые люди, над нами, сиротами. Нет у нас ни батюшки, ни матушки, ни брата царя. Иван, наш брат, не избран на царство. Если мы чем перед вами или боярами провинились, отпустите нас живых в чужую землю к христианским королям…» Царица Наталья с малолетним царем, не достояв церковной службы, удалились в свои покои.
Сторонники Милославских тоже не дремали. Они подняли московских стрельцов, те 15 (25 мая) 1682 года явились к Кремлю с криками, что Нарышкины задушили царевича Ивана. Наталья Кирилловна, пытаясь успокоить их, вышла на Красное крыльцо вместе с патриархом, боярами, царем Петром и царевичем Иоанном. Однако это не усмирило восставших. Были убиты Артамон Матвеев и Михаил Долгоруков, два брата царицы и другие ее сторонники. Царица смогла спрятать царевичей в задних комнатах дворца, вероятнее всего, это стало одним из самых страшных воспоминаний юного Петра, в тот день он научился не доверять московским боярам и стал стремиться избегать их. Позже он жестоко отомстит стрельцам и своей сестре.