Вскоре после того, как иссякли деньги, Парри уезжает на континент, явно спасаясь от кредиторов. Он посещает Италию Рим, несомненно, в качестве тайного агента лорда Берли. В 1577 г. он возвращается в Англию, чтобы через пару лет вновь сбежать от кредиторов на континент. На этот раз Парри надолго оседает в Париже. В архивах сохранились письма, которые он оттуда писал Берли; тот настолько доверял своему агенту, что даже посоветовал своему племяннику Энтони Бэкону, отправившемуся во французскую столицу, завязать дружеские связи и пользоваться советами Парри. За эти добрые советы Парри ухитрился сразу же занять у племянника министра изрядную сумму денег — разумеется, без отдачи.
Поручения, выполнявшиеся Парри, были, очевидно, очень деликатного свойства. Он просил в своих донесениях Берли тщательно соблюдать тайну их переписки. Парри следил за католиками-эмигрантами, значительная часть которых проживала тогда в Париже.
Осенью 1580 г. Парри возвратился в Англию, где его, однако, снова стеной обступили заждавшиеся кредиторы. Особенное рвение проявил один из них — некто Хью Гейр. В ярости Парри ворвался к нему домой с явным намерением покончить и с кредитором, и с надоевшим долгом, а может, и прихватить, что плохо лежало. План не удался, и доктор предстал перед судом, приговорившим его к смерти. Королева помиловала Парри, но, кажется, он примерно год оставался в тюрьме. В начале 1581 г. Тайный совет предписал ему найти за себя ряд поручителей и дать обязательство выплатить долги Гейру. Однако Парри не был и после этого освобожден и в одном из своих прошений умолял лордов совета выступить «против хитрого и бессовестного ростовщика, в пользу того, кто заслужил лучшего обращения от своего монарха и страны». В конце концов в 1582 г. Парри освободился, после того как дал залог и обязательство не причинять телесного повреждения Хью Гейру.
Благосклонность к помилованному преступнику была явно продиктована надеждой снова использовать его на секретной службе. Вскоре после освобождения Парри получил разрешение на три года уехать за границу. Уолсингем даже снабдил его рекомендательным письмом к английскому послу в Париже. Сохранились письма, которые Парри писал из этой новой «командировки» лорду Берли и Уолсингему.
В Париже Парри вернулся в лоно католической церкви. Это был прием, которым часто пользовались люди Уолсингема, и Парри не удалось рассеять подозрения, имевшиеся против него у английских эмигрантов. Из Парижа он поспешил в Милан, где дела пошли лучше. Парри был принят там с почетом, и ему удалось получить от инквизиции своего рода свидетельство о благонадежности. Из Милана доктор перебрался в Венецию, где его действия стали приобретать двусмысленный характер: агент Уолсингема, очевидно, начал играть собственную игру, тщательно скрывая это от своих нанимателей.
Заручившись поддержкой иезуитов, ловкий пройдоха был представлен нунцию (послу римского папы) в Венеции. С его помощью Парри отправил письмо главному министру папы кардиналу Комо, в котором разъяснял, что он — английский дворянин — прибыл на континент с тайными поручениями от Елизаветы. Однако он пришел к выводу, что исполнение этих поручений не послужит его чести, и решил посвятить все свои силы служению католической церкви. Далее Парри добавлял, что он собирается сообщить папе чрезвычайно важные сведения.
В Риме явно заколебались, не зная, кто перед ними — вражеский лазутчик или действительно неожиданно появившийся удобный агент в тайной войне против английской королевы. Прямого ответа на письмо Парри не последовало, но ему сообщили, что он может, если хочет, приехать в Рим. Ларри, однако, еще менее доверял святым отцам, чем они ему. Он уведомил Комо, что боится, как бы его, Парри, не задержали в Риме. Такая задержка выдаст его действия английскому правительству и — добавлял для важности доктор — может привести к гибели связанных с ним людей. В ответ Комо сообщил нунцию: устно можно дать честное слово Парри, что его не арестуют в Риме, но письменных разрешений выдавать явно нецелесообразно. По всей вероятности, это все же соглядатай английского правительства и от него не узнаешь ничего ценного.
Парри не воспользовался устным разрешением и вместо Рима уехал в Лион. Перед отъездом он сообщил нунцию, что должен уехать, так как не чувствует себя в безопасности. Кроме того, разжигая любопытство римского престола, Парри поведал своему новому другу иезуиту Палмио, что собирается раскрыть план, который известен только Елизавете, ее главному фавориту (очевидно, лорду Берли) и ему, Парри, служившему королеве 14 лет (в эту цифру явно были включены и годы, проведенные в уголовной тюрьме!). План настолько важный, что ознакомление с ним позволит папе нанести сильный удар королеве. После сообщения плана папе он, Парри, хотел бы уехать во Францию, но, если этого потребовали бы интересы дела, он готов остаться в Риме. Не поехал же он в Рим, опасаясь дурного обхождения, которому подвергаются там англичане. Если папа все же перешлет ему паспорт для поездки, пусть отец Палмио не откажется в свою очередь направить этот паспорт в Лион…
Нанимаясь на новую службу, Парри не забывал и о старой. Из Лиона он отправил подробное донесение лорду Берли, где хвастливо сообщал, что дискредитировал перед Римом нескольких особенно опасных английских эмигрантов и вообще клянется не жалеть жизни ради интересов всемилостивейшей королевы Елизаветы и посрамления католической интриги. В этом послании, однако, Парри счел излишним упоминать о своей деятельной переписке с кардиналом Комо.
А между тем в Риме стали раскаиваться, что отпугнули ценного человека. Кардинал Комо сообщил нунцию в Венецию, чтобы тот написал письмо Парри, которое являлось бы официальным разрешением на поездку. Нунций переслал инструкцию кардинала Комо к шотландскому иезуиту Уильяму Кричтону, находившемуся в Лионе. Тот уведомил Парри, что ему дозволен проезд по всем папским владениям. Иезуит хвалил Парри за ум, добавляя, однако: вот только неясно, что у него на уме. Получив разрешение, которого он, видимо, так добивался, Парри тем не менее вместо Рима снова поехал на север — сначала в Орлеан (якобы для продолжения учебы), а потом, в конце 1583 г., — в Париж. Впоследствии в письме к Комо доктор уверял, что разрешение якобы пришло слишком поздно. Это явная ложь, так как Парри оставался некоторое время в Лионе и после получения письма от нунция — об этом, в частности, свидетельствуют даты его очередных донесений лорду Берли.
В Париже Парри продолжал свою работу агента английского правительства: наблюдал за эмигрантами, рекомендовал подходящих людей для тайной службы, в частности шпиона, который мог бы точно информировать о положении дел в Венеции; чтобы повысить себе цену в глазах начальства, неоднократно сообщал о подготовлявшемся на севере новом католическом восстании. Одновременно Парри завязал тесные связи с главными представителями Марии Стюарт в Париже Томасом Морганом и Чарлзом Пейджетом. Оба эти лица были в весьма натянутых отношениях с отцом Парсонсом и кардиналом Алленом. Это особенно устраивало Парри, поскольку и Аллен, и Парсонс считали доктора шпионом и не давали себе труда скрывать это свое мнение. В разговорах с Морганом Парри обсуждал вопрос об убийстве Елизаветы, причем уже невозможно установить, кому принадлежала инициатива в возбуждении этого вопроса.
Ночью 10 декабря 1583 г. две закутанные в плащи фигуры постучали в дом папского нунция в Париже. Это были Морган и переодетый католическим священником Парри. Через нунция Парри переслал новое письмо к кардиналу Комо, в котором извинялся, что не смог приехать в Рим, сообщал, что по просьбе друзей перебрался в Париж, поближе к Англии. В этом же письме подтверждалось живейшее желание доктора достойно послужить делу святой католической веры, а также испрашивалось отпущение грехов. В подтверждение своих слов Парри ссылался на мнение таких почтенных католических джентльменов, как Морган, Пейджет, иезуит Кричтон и наш давний знакомец — епископ Росский, проживавший в это время в Париже. Нунцию Парри показался весьма подозрительным, поэтому доктор так и не дождался ответа на свое письмо. Но это не смутило прожженного авантюриста. Через несколько дней он уже настрочил послание самому папе, сообщая, что собирается предпринять действия, которые принесут великую пользу всему христианству, особенно интересам королевы шотландской, и просил отпущения папой всех грехов.