Серьезной проблемой для султана стала репопуляция Константинополя. В связи с деградацией Византийской империи и сокращением ее населения, численность населения города, насчитывавшего в VI-X веках до миллиона жителей, к 1453 г. уменьшилась примерно до 50 тысяч. По приказу Мехмета II православным было разрешено вернуться, им гарантировалась защита их собственности и религии, а также помощь со стороны правительства в перестройке их домов и лавок. Захваченные турецкими войсками пленные были освобождены и расселены в районе Фанар, их на время даже освободили от всех налогов. Губернаторы провинций, как в Румелии, так и в Анатолии должны были послать в Константинополь 4 тысячи семей (христианских или мусульманских), что бы занять пустующие дома. Около 30 тысяч крестьян, захваченных в ходе боевых действий, доставили для заселения брошенных деревень в окрестностях Константинополя, что бы снабжать город продовольствием.
Также султан приказал купцов и ремесленников из захваченных городов переселить в Константинополь, что бы помочь его восстановлению и экономическому развитию. В их числе были иммигранты из Салоник с их большой еврейской общиной, а также много евреев из Европы. За последующие 25 лет евреи стали третьей по численности (после мусульман и христиан) группой населения Константинополя.
Позже в город прибыли еще 5 тысяч семей из Трапезунда и окрестностей, а также из Анатолии, Морей и с островов Эгейского моря.
Они расселялись в кварталах города, которым давали названия мест своего происхождения, как-то: Аскарай или Караман. Помимо знатных семей, переселялись владельцы лавок, ремесленники и строители.
Со временем греки, армяне, евреи стали переселяться в Константинополь добровольно, что бы заработать на растущем благосостоянии города.
А тем временем оборонительные сооружения Золотого Рога на другом берегу были снесены и вместе с портом Галата восстановлено предместье Пера, что бы стать турецким городком, в котором проживали также генуэзцы и другие латиняне. Турецкий автор вскоре после завоевания Константинополя писал: «Как интересен этот город Стамбул; за одну медную монету вас могут перевезти на лодке из Румелии во Франкистан».
Вскоре Константинополь снова стал процветающим городом с огромным количеством ремесленных мастерских и базаров, отличавшийся смешанным населениям, в 3-4 раза большим, нежели до его завоевания. Всего за век населения города возросло до полумиллиона человек, из которых турки составляли чуть больше половины.
В южной части города, там, где сухопутные оборонительные сооружения соединяются с береговыми, турки в 1457-1458 гг. построили крепость. Точнее, они добавили к четырем башням древней стены императора Феодосия еще три большие башни. Отсюда и пошло название крепости Едикуле - семь башен. В исторической литературе она более известна как Семибашенный замок.
Через новую крепость проходила византийская Триумфальная дорога, ведшая к Форуму. Среди греков ходила легенда, что через Золотые ворота по Триумфальной дороге в Константинополь войдет освободитель Византии. Узнав об этом, суеверный Мехмед II приказал заделать Золотые ворота, оставив лишь узенькую калитку.
Первоначально в Едикуле хранились казна и архив султана. Через несколько десятилетий крепость стала главной тюрьмой Константинополя. Там же производились пытки и казни. С XVI и до 20-х годов XIX века в Едикуле султаны отправляли иностранных послов после разрыва дипломатических отношений.
После взятия Константинополя султан Мехмед примерно на полгода уехал в Едирне, а затем вернулся в Константинополь, который повелел сделать столицей Османской империи. Поначалу султан поселился в построенном для него дворце в районе нынешней стамбульской площади Баязид. К настоящему времени от этого дворца ничего не сохранилось, однако гарем старого дворца размещался отдельно, ближе к византийскому акрополю.
Замечу, что Мехмед II не пожелал жить в роскошном дворце византийских императоров. Не в последнюю очередь это было связано с кочевым образом жизни турок. Но все равно повелителю Второго Рима нужен был представительский дворец.
И тогда Мехмед в 1459 г. приказывает разрушить греческий акрополь за исключением церкви Святой Ирины, обращенной в арсенал, а затем в монетный двор, но строит не дворец, а большой дворцовый комплекс Топкапы. Его с полным правом можно назвать и городом - с мечетями, банями и даже зоопарком. Там жили и работали более 50 тысяч человек, то есть больше, чем во многих столицах западноевропейских государств. По площади дворец Топкапы вдвое больше нынешнего государства Ватикан.