С 1987 по 1991 год удалось вернуть честное имя всем, кто проходил по делам: «Союз марксистов-ленинцев», «Московский центр», «Антисоветский объединенный троцкистско- зиновьевский центр», «Параллельный антисоветский троцкистский центр», «Антисоветский правотроцкистский блок», «Антисоветская правотроцкистская организация» в Красной Армии, «Ленинградское дело», «Еврейский антифашистский комитет», «Султан-галиевская контрреволюционная организация», «Всесоюзный троцкистский центр», «Союзное бюро ЦК РСДРП(м)», «Ленинградская контрреволюционная зиновьевская группа», «Ленинградский центр», «Бухаринская школа», «Рыковская школа». И многим другим.
Заседания Комиссии далеко не всегда были безоблачными. Нередко возникали острые споры. Особенно бдительными в оценках деятельности собственного ведомства были работники КГБ. И все же атмосфера времени благоприятствовала принципиальным решениям. Но случались и непримиримые разногласия, например в отношении убийства Кирова. Записка по этому вопросу обсуждалась на Комиссии несколько раз, но согласие так и не было достигнуто. Я как председатель Комиссии отказался подписать подготовленный текст, с которым были согласны другие члены Комиссии. История с убийством Кирова требует дополнительного расследования. Свою точку зрения я подробно изложил в статье в газете «Правда» от 28 января 1991 года.
Августовский мятеж 1991 года и последовавшее за ним образование 15 независимых государств прервали процесс реабилитации. Осенью 1992 года я обратился к Президенту Ельцину с предложением о возобновлении реабилитации жертв политических репрессий — теперь уже в России. Просьба была поддержана. 2 декабря 1992 года президент издал Указ «Об образовании Комиссии при Президенте Российской Федерации по реабилитации жертв политических репрессий». Наконец-то Комиссия получила свободу действий на весь период советской власти. Надо сказать, что Борис Николаевич последовательно и постоянно поддерживал работу Комиссии, хорошо понимал эту проблему для российского общества.
Своим Указом Б. Ельцин возложил на Комиссию следующие задачи: координация деятельности федеральных органов исполнительной власти по реализации Закона Российской Федерации «О реабилитации жертв политических репрессий»; изучение, анализ и оценка масштабов и механизмов репрессий; подготовка и представление соответствующих материалов и предложений по вопросам реабилитации Президенту Российской Федерации; информирование общественности о масштабах и характере репрессий. Одновременно в целях всестороннего изучения истории массовых политических репрессий Президентом России был подписан Указ от 23 июня 1992 года № 658 «О снятии ограничительных грифов с законодательных и иных актов, служивших основанием для массовых репрессий и посягательств на права человека».
Иными словами, Комиссия получила широкое пространство для своей деятельности. В результате были изданы следующие Указы: «О событиях в г. Кронштадте весной 1921 года», восстановивший справедливость в отношении почти 20 тысяч невинных людей — жертв произвола и насилия власти еще при Ленине; «О восстановлении справедливости в отношении репрессированных в 20—30-е годы представителей якутского народа»; «О восстановлении законных прав российских граждан — бывших советских военнопленных и гражданских лиц, репатриированных в период Великой Отечественной войны и в послевоенный период»; «О мерах по реабилитации священнослужителей и верующих, ставших жертвами необоснованных репрессий»; «О крестьянских восстаниях 1918–1922 годов»; «О дополнительных мерах по реабилитации лиц, репрессированных в связи с участием в событиях в г. Новочеркасске в июне 1962 г.».