Комиссия проанализировала содержание и механизм репрессивной политики по отношению к представителям социалистических партий и анархистских организаций, проводившейся властью в целях утверждения и сохранения однопартийной системы в стране. Были исследованы проблемы, связанные с политическими репрессиями в период с 1917 по 1953 годы в отношении интеллектуальной элиты общества — творческой интеллигенции. Специалисты Комиссии изучили обстоятельства так называемого «дела» маршала Г.К. Жукова и пришли к заключению о полной несостоятельности обвинений, выдвинутых в 1957 году против полководца.
В канун 50-летия Победы над фашизмом, учитывая появившиеся тогда в зарубежной и отечественной прессе утверждения о якобы готовившемся нападении СССР на Германию, распоряжением Президента России от 28 февраля 1995 г. № Пр-319 Комиссии было поручено подготовить сборник, который позволил бы на основе документов, ранее недоступных исследователям, воссоздать объективную картину событий 1941 года. Итогом проделанной работы стал сборник в 2-х томах «1941 год», документы которого раскрывают преступную неготовность страны к отражению агрессии.
По поручению Президента России Б. Н. Ельцина от 3 марта 1998 г. № Пр-432 Комиссией изданы некоторые документы из архива Сталина, раскрывающие его роль в организации массовых репрессий в стране. Были тщательно изучены материалы, связанные с расстрелом шведского дипломата Валленберга и маршала авиации Новикова. Оба реабилитированы.
Летом 2003 года я направил Президенту России предложение о реабилитации царя Николая II, его супруги и детей. Прошло уже много времени. Я понимаю сложность такого шага, но полагаю, что справедливость выше политических соображений. Видимо, нынешнему руководству России не под силу решиться на отказ от исторических мифов и политических спекуляций и пойти на безусловное признание правды истории, к ее фактической достоверности.
Реабилитация жертв политических репрессий стала главным делом моей жизни. Когда спускаешься шаг за шагом в подземелье по кровавой лестнице длиною в семьдесят лет, то вся труха из веры в коммунистическое всеобщее счастье улетучивается, как дым на ветру. Обнажаются догола вся подлость, трусость и злобность людская, беспредельная преступность режима и садизм ее вождей.
И пришел к глубокому убеждению, что октябрьский переворот является контрреволюцией, положившей начало созданию уголовного деспотического государства российско-азиатского типа.
Дать точное определение характера российской государственности, сложившейся после октябрьского переворота, очень трудно. Исторически власть впитала в себя психологию княжеских уделов и дворянских гнезд, тяготение к Европе и азиатское влияние, военизированное сознание и крепостничество — всего понемногу. Общественной мысли еще долго придется изучать весь комплекс образующих факторов — политических, экономических, нравственных, пространственных, которые имели решающее или опосредованное влияние на характер власти и народа, на его обычаи, привычки и общую культуру, на его свободомыслие, равно как и на истоки рабской психологии.
Радикальные представители интеллигенции не возлагали особых надежд на революционные действия масс по причине их, как они говорили, извечной покорности. Но эта же посылка подвигла российских радикалов к идее об использовании «покорного равнодушия» народа для переворота через индивидуальный террор. Надо уничтожить верхушку правителей, и массы спокойно примут новую власть. Так рассуждал российский якобинец Ткачев в своем журнале «Набат». Другой предшественник большевиков Нечаев создал тайное общество «Народная расправа». В книжке «Катехизис революционера» он призывал к «повсеместному разрушению» и разрыву с устоями цивилизованного мира. Разбойничий мир в России он считал единственной революционной силой.
В эти же годы в Россию импортировали марксизм с его идеями насилия, насильственных революций, диктатуры пролетариата, классовой борьбы, агрессивного атеизма, отрицания гражданского общества и частной собственности. Русские социалисты-радикалы, воспитанные на идеях Ткачева, Нечаева, Бакунина и народовольцев, соединили идею индивидуального террора с марксистскими проповедями насилия как условия победы пролетарской революции. Корень беды в том, что помощнику присяжного поверенного Ульянову, получившему известность под кличкой Ленин, удалось создать профессиональную группу боевиков, «партию баррикады», «захвата власти». Он ловко использовал модные идеи конца XIX века — идеи революционаризма Каляева, Ткачева, народовольцев, анархистов, сумел приспособить их к своим целям. Ленинская экстремистская группировка, на словах осудив индивидуальный террор, взяла на вооружение политику «массовидности террора» — так ее сформулировал Ленин.