Изменения в академической жизни Карла Хаусхофера произошли только тогда, когда к власти пришли национал-социалисты. В первой половине 1933 года за работу «Немцы, проживающие за границей, с точки зрения пограничной и военной географии» он получил venia legendi, то есть эта работа была зачтена Хаусхоферу как последокторская диссертация, автоматически дававшая право на чтение лекций в университете. Некоторое время спустя, 26 июля 1933 года, Карл Хаусхофер был официально удостоен звания ординарного профессора. Поскольку такое решение принял имперский наместник Баварии генерал фон Эпп, который был давним приятелем Карла Хаусхофера, то после Второй мировой войны стали высказываться сомнения, что это назначение было оправданным. Так, например, в юбилейном сборнике, который был посвящен столетию Географического общества Мюнхена (1969), говорилось о том, что научное значение Хаусхофера было явно завышенным. Впрочем, нельзя не учитывать, что подобного рода утверждения во многих случаях являлись всего лишь «политкорректными оговорками», которые были призваны завуалировать факты сотрудничества немецких исследователей с национал-социалистическим режимом. Именно по этой причине делались утверждения о том, что геополитика не имела никакого отношения к географии, а кроме того, само это направление было политически ангажированным. Впрочем, выводы о том, что Хаусхофер использовал должность ординарного профессора для личного обогащения, совершенно не соответствовали действительности. Полученная им прибавка к жалованью (250 рейхсмарок за семестр) шла на то, чтобы закупать учебные пособия, которые Хаусхофер планировал использовать во время чтения курса лекций, посвященных военной географии.
Кроме того, заявления о том, что Карл Хаусхофер был «обласкан» властями Третьего рейха, являются не только поверхностными, но и не совсем точными. На практике же все выглядело гораздо сложнее. Нет никакого сомнения в том, что представители Мюнхенского университета и баварского Министерства по делам образования и религии планировали избрать Карла Хаусхофера ректором высшего учебного заведения. При этом принималось во внимание, что Хаусхофер был дружен с заместителем фюрера по партии Рудольфом Гессом. В данном случае профессора геополитики рассматривали как фигуру, которая могла оградить Мюнхенский университет от вмешательства в его дела не в меру честолюбивых приверженцев национал-социалистической партии. Однако преградой для избрания на пост ректора являлось национальное происхождение супруги Карла Хаусхофера. 13 июля 1933 года семью Хаусхофер посетил университетский адвокат д-р Эйнхаузер, который настоятельно рекомендовал «подправить» родословную Марты. В частности, он предлагал объявить, что Марта была всего лишь приемным ребенком в семье Майер-Досс. Это был излюбленный прием тех дней, который позволял «приобрести» арийское происхождение. Марта Хаусхофер отмечала в своем дневнике, что в то время ее супруг оказался в очень затруднительном положении. Отказ от должности ректора по причине того, что его супруга являлась наполовину еврейкой, мог привести к нежелательным последствиям. В итоге он обратился к своему другу Рудольфу Гессу, в письме к которому просил предпринять меры, чтобы его (Хаусхофера) не избирали ректором университета. Опасения Хаусхофера были вполне оправданными. Поскольку ни он сам, ни его супруга не хотели менять родословную, то это могло стать поводом как для преследования самой семьи, так и для вмешательства в дёла университета. До Хаусхофера уже доходили слухи о том, что «доброжелатели» направляли в национал-социалистические инстанции пачки доносов на него.
В июле 1933 года Рудольф Гесс сделал все возможное, чтобы предотвратить избрание Карла Хаусхофера ректором университета. И это ему удалось. Чтобы хоть как-то отдать должное Карлу Хаусхоферу, в августе 1933 года заместитель руководителя Рабочей группы по вопросам геополитики Курт Фовинкель предложил Рудольфу Гессу создать при Мюнхенском университете специальную кафедру геополитики. После этого Рудольф Гесс направил Гансу Шемму, предводителю Национал-социалистического союза учителей и гауляйтеру Баварского Остмарка, письмо. В нем он говорил о целесообразности («хотя бы по внешнеполитическим причинам») создания кафедры геополитики, во главе которой должен был находиться именно Карл Хаусхофер. Однако Ганс Шемм отклонил это предложение, заметив, что в планах министерств не значилось предоставлять особую профессуру Карлу Хаусхоферу. В итоге лишь в январе 1934 года баварский профессор и генерал получил особый статус. Он был назначен «уполномоченным по вопросам военных наук», который был ответственен за связи с Немецким обществом военной политики и военных наук.
Казалось бы, проблема с происхождением Марты Хаусхофер была решена. Однако она вновь дала о себе знать, когда Карл Хаусхофер в соответствии с требованиями Закона «О восстановлении профессионального чиновничества» стал заполнять анкеты в университете. В них он был обязан указать «неарийское» происхождение своей супруги. В этих условиях ему пришлось вновь обратиться за помощью к Рудольфу Гессу. В одном из писем он просил дать своего рода «доверенность», которая бы подтверждала, что семья Хаусхофер вела «арийский образ жизни». Подобного рода документ мог позволшь и самому Карлу Хаусхоферу, и его сыновьям рассчитывать на продолжение работы в высшей школе. В июле 1934 года Рудольф Гесс направил в соответствующие инстанции письмо, в котором заявлял, что профессор Хаусхофер должен был продолжить свое преподавание, несмотря на то что его супруга не была «стопроцентной арийкой». Кроме того, указывалось на то, что Карл Хаусхофер был не просто ветераном Первой мировой войны, но и полностью разделял национал-социалистическое мировоззрение. На самом деле треволнения семьи Хаусхофер, связанные с национальностью отца Марты, на этом не закончились. В 1935 году новая университетская администрация вновь стала предъявлять претензии. На этот раз под удар попал не только Хаусхофер, но и профессор Эрих фон Дригальски. Сам же Карл Хаусхофер (в характерной для него манере) прореагировал очень импульсивно. Он пригрозил, что прекратит любую общественную и научную деятельность, если не закончатся нападки на его супругу. На этот раз уже самому Гессу пришлось вмешиваться в ситуацию, чтобы потушить огонь начинавшегося пожара.
Если же описывать саму преподавательскую деятельность Карла Хаусхофера в 30-е годы, то в его ведении оказалось множество общественных структур. Сам он совершал массу командировок и поездок по стране. Карл Хаусхофер стал очень сильно уставать. Его единственным утешением было неуклонно растущее количество слушателей, которые приходили к нему в лекционный зал. 1 октября 1937 года он праздновал 50-летие своей профессиональной деятельности. В этот день проректор Мюнхенского университета был вынужден вручить пожилому профессору поздравительный адрес, который пришел от Адольфа Гитлера. Свою последнюю лекцию в университете Карл Хаусхофер прочитал 13 февраля 1939 года. Он прощался с преподавательской деятельностью, которой посвятил 20 лет. За это время он смог вырастить несколько талантливых учеников. Как уже подчеркивалось ранее, Хаусхофер без проблем мог найти контакт с молодежью. Он всегда поощрял свободу мысли, призывая своих студентов открыто высказываться по той или иной проблеме. Он всегда видел в них равноправных участников дискуссии. Однако его коллеги, во многом завидовавшие успеху Хаусхофера, никогда не признавали его серьезным исследователем. Для них он был всего лишь одаренным и высокообразованным генералом, но отнюдь не ученым. Сам Хаусхофер никогда не скрывал, что ему недоставало научной самокритики, что он выступал в первую очередь в качестве политического активиста и «народного воспитателя». По этой причине в самом конце своей академической карьеры он характеризовал себя прежде всего как «журналиста, издателя и строительного подрядчика» (он имел в виду строительство его нового семейного дома). После окончания Второй мировой войны американские оккупационные власти лишили его профессорской пенсии, фактически оставив без средств к существованию. Отказав Хаусхоферу в его научных заслугах, американцы фактически толкнули пожилого человека к самоубийству.