Но прежде чем покинуть Токио, где решено было оставить некоторых деятелей для руководства изданием «Народа» и частью центрального аппарата союза, Сунь Вэнь провел одно очень важное постановление: о создании Специального комитета с чрезвычайными полномочиями для организации вооруженных выступлений и согласования деятельности отделений союза в Китае и за границей. Сунь Вэнь сказал при этом, что необходимо извлечь урок из недавнего восстания в Пинсяне. Союз был застигнут врасплох. Это не должно повториться. Впереди не одно восстание против маньчжуров. Нужна организация, нужна разведка, информация, нужен штаб. Правление слишком громоздкое. Небольшой по составу Специальный комитет по военным делам и сбору средств крайне необходим. Ближайшая задача комитета — организация вооруженных восстаний в Гуандуне, Гуанси, Хунани, Юньнани и других местах и сбор средств среди китайских эмигрантов за рубежом. Предложение Сунь Вэня приняли. Он был избран главой комитета. Туда вошел также Хуан Син.
Комитет переехал в Ханой. Это было удобно во многих отношениях. Маньчжуры не сразу догадаются, где оперативный центр союза, от Ханоя до китайской границы ближе, чем от Японии; почти рядом те провинции Китая, где, по мнению Сунь Вэня, следует организовать восстания: Юньнань, Гуанси, Гуандун. В Ханой легче доставить оружие морем через Хайфон и далее по Красной реке.
Отныне военные вопросы находились под неослабным контролем Сунь Вэня.
На одном из заседаний комитета было принято решение о всемерном усилении работы союза в «Новой армии». Сунь Вэнь сказал, что нужно поставить перед молодыми членами союза задачу, которая ему представляется исключительно важной, даже почетной: идти в «Новую армию», проникнуть на командные должности, для чего поступать в военные школы, наниматься на военную службу в качестве рядовых — всеми способами и путями проникнуть в «Новую армию», захватить в ней сильные позиции, взять ее изнутри. Маньчжуры, добавил Сунь Вэнь, тратят на формирование этой армии народные деньги, народ поэтому имеет право взять эту армию и использовать в интересах революции.
Главное внимание Специальный комитет уделяет провинциям Юга и Юго-Запада. До них было «рукой подать», потом там широко развито крестьянское движение. В Гуанси и Юньнани не прекращаются волнения среди национальных меньшинств: чжуан, мяо, лоло, ицзя. С ними также устанавливается контакт.
В мае 1907 года Специальный комитет организует первое восстание в восточной части Гуандуна, в округе Чаочжоу. После шести дней боев и некоторого успеха, приведшего к захвату нескольких небольших городов и небольшого арсенала в Хуагане, восставшие потерпели поражение и рассеялись. Но почти сразу же вслед за этим восстанием вспыхивает в начале июня еще одно, в другом округе Гуандуна — Вэйчжоу. Туда Сунь Вэнь отправил уполномоченного союза для связи с отделением тайного общества «Триада». Совместно они подняли крестьян. Восстание продолжалось десять дней и окончилось неудачей из-за нехватки оружия, которое хотя и было отправлено повстанцам из Ханоя, но попало в руки маньчжурских властей.
После короткого перерыва Специальный комитет поднял восстание в юго-западной части Гуандуна. Маньчжуры стянули в район восстания большие силы, и повстанцам пришлось прекратить операции. В конце сентября Сунь Вэнь, Хуан Син и их отряды вернулись в Индокитай.
Сунь Вэнь не терял веры в исход борьбы.
В конце ноября Специальный комитет получил сведения о восстании крестьян в юго-восточной части провинции Гуанси, недалеко от границы Индокитая. Восставшим удалось захватить горный проход Чжэнь-нань и три небольших пограничных укрепления, запирающих этот проход. В укреплениях были пушки, правда очень старые. Сунь Вэнь и Хуан Син тотчас же выступили с отрядом в несколько сот человек на подмогу. Маньчжуры также начали перебрасывать войска к Чжэнь-наню. Отряд Сунь Вэня достиг фортов. С трудом взобрались на высокие скалы и увидели подходившие со всех сторон войска противника. Семь суток шли бои. Ждать подкреплений не имело смысла — им неоткуда было прийти. Оставаться здесь было нецелесообразно. Сунь Вэнь скомандовал отступление.
Комитет занялся подготовкой других боевых выступлений. Но в марте 1908 года французские власти внезапно предложили Сунь Вэню покинуть Ханой. Угрожали арестом. Пришлось уехать в Сингапур. Специальный комитет пока остался в Ханое.
Через несколько дней, выполняя приказ Сунь Вэня, боевой отряд численностью в двести человек под командованием Хуан Сина вступил в юго-западную часть Гуандуна и с боем продвинулся в соседнюю провинцию Гуанси, к горе Мадушань. Поход продолжался сорок дней. За это время к отряду присоединились четыреста партизан. Отряд отличался крепкой организацией и дисциплиной. Не хватало лишь вооружения и боеприпасов. В конце апреля отряд вернулся на свою базу. 5 мая Хуан Син узнал о новом большом восстании в провинции Юньнань, в районе города Хэкоу, который был взят восставшими 30 апреля. От Сунь Вэня поступило указание — немедленно отправиться в Хэкоу и принять на себя командование вооруженными силами восставших. Хуан Син помчался в Юньнань. Прибыв в Хэкоу, нашел восстание в разгаре. Командовали здесь члены союза Хуан-Мин-тан и Ван Хэ-шунь. Оказалось, что на сторону восставших перешло несколько батальонов правительственных войск — более трех тысяч солдат со всем вооружением. Не было боеприпасов. Не было денег. Хуан хотел немедленно идти на Куньмин, столицу провинции. Среди восставших, однако, не было единодушия. Хуан Син тогда решил на один день съездить в Ханой, чтобы посоветоваться с товарищами из комитета, но на обратном пути его постигло несчастье — на границе он был задержан французской полицией и выслан из Индокитая. Восставшие, не дождавшись возвращения Хуан Сина, разбрелись кто куда.