После замечаний Комиссии Суриков переделывает свой труд: Константин уже не выделяется богатством одеяния, Афанасий охлажденно статуарен, святитель Николай Мирликийский стал тем каноническим образом, к которому верующие обращаются с молитвой.
Посмотрим, какие изменения произошли в работе над изображением второго Вселенского (Константинопольского) собора. Он был написан на нижней части северной стены храма.
Второй Собор был созван императором Феодосием I в 381 году для борьбы с учением Македония, отвергавшего сущность Святого Духа. Суриков изобразил патриархов Тимофея Александрийского, Мелетия Антиохийского, Кирилла Иерусалимского, Григория, епископа Нисского, Амфилохия Иконийского. На картине Григорий Богослов зачитывает постановление о принятии всех догматов Никейского собора, тем самым опровергая учение Македония. Суриков пытается придать лицам присутствующих индивидуальность, первоначальная композиция отличается красивыми сочетаниями цвета: темно-красного портьеры, розового ступеней, темно-зеленого кресел. Белая одежда патриархов, стихири — сиреневые, салатные, розовые объединены с общим колоритом мягкостью исполнения. Восточные патриархи — чернобородые, смуглые, со впалыми щеками, крючковатыми носами, горящими глазами — по требованию Комиссии лишились индивидуальных черт и были приведены художником к традиционному благообразию..
На противоположной стене храма Христа Спасителя вверху Суриков написал третий Вселенский (Эфесский) собор, созванный императором Феодосием II в 431 году против цареградского патриарха Нестория. Тот утверждал, что Христос родился человеком, а божественное начало вошло в него вследствие святости его жизни. Богородицу Несторий предлагал называть Христородицей. На Соборе присутствовали патриархи Кирилл Александрийский, Ювеналий Иерусалимский, Акакий Милетинский. Осуждение ереси было поручено патриарху Кириллу. В своем первоначальном эскизе Суриков нарушил требования Комиссии и изобразил несколько еретиков, изгоняемых им из храма. Кирилл на этом эскизе в тяжелой золотой митре, его жест резок и категоричен. Он возвышается над кафедрой и смутными фигурами еретиков, как судия. После переделок с головы патриарха исчезает митра, изображение приобретает стройность, еретики не изгоняемы, а заняты совещательным разговором. Как видно, Комиссия по строительству храма подходила к делам церковного прошлого более взвешенно, чем вчерашний студент.
Картина, изображающая четвертый Вселенский (Халкидонский) собор, единственная, дошедшая до нас в оригинале. В 1931 году перед взрывом храма Христа Спасителя она была сколота со стены и в числе других экспонатов поступила в Музей истории религии (Казанский собор) в Ленинграде. Художник ко времени изображения четвертого Вселенского собора набрался опыта, и эта картина была признана лучшей. Имя Сурикова было настолько на слуху и в советское время, что разрушители-атеисты не решились уничтожить все его фрески.
Халкидонский собор был созван в 451 году императором Маркианом для борьбы против учения Евтихия, утверждавшего, что человеческое начало Иисуса Христа было полностью поглощено божественным. В присутствии императора Маркиана и его супруги Пульхерии в дискуссиях участвовали патриархи Анатолий Константинопольский, Ювеналий Иерусалимский, епископы Флавиан Цареградский, Люцензий, Григорий Нисский и другие. Патриарх Константинопольский опроверг учение Евтихия, и Собор утверждает догмат о соединении в Христе божественного и человеческого начал. Сурикову в этой картине удалось показать единение иерархов церкви, их единомыслие. «Соборы», в отличие от повсеместно изображаемых сюжетов двунадесятых праздников, не были столь широко представлены в искусстве и решались молодым художником почти с нуля, на основаниях академической школы. Живописуя святую древность, художник полнился духовной силой древних соборов Москвы.
В. Кеменов, воспитанник советской атеистической школы историков искусства, заключает, тем не менее: «…уцелевшая картина дает новое подтверждение живописной силы таланта Сурикова конца 70-х годов. Распространенные мнения, что во «Вселенских соборах» Суриков, тяготясь условиями работы по казенному заказу, якобы проявил полное равнодушие к росписям, — эти мнения нельзя считать правильными».
Исполнение Суриковым «Соборов» для храма Христа Спасителя сыграло значительную роль в плане его дальнейшего бытия: он получает средства для первоначальной независимости (10 тысяч рублей), вместе с правительственным орденом, дающим признание в официальных кругах («Я получил за работы в храме Христа Спасителя орден Св. Анны третьей степени и золотую медаль на Александровской ленте для ношения на груди», — пишет он позднее, 28 июня 1882 года, родным в Красноярск). Он женится, переезжает в Москву.