Батько майбутнього святого митрополита – Симеон Могила – обіймав низку важливих посад у Молдавській державі, але правителем став уже на схилі віку, коли помер його брат Єремія, який не мав повнолітніх синів. Спочатку Симеон панував у Волощині (кінець 1600 – вересень 1602 р.), потім до самої смерті був молдавським господарем (червень 1606 – 2.10.1607 р.), причому дотримувався орієнтації на Річ Посполиту і тому часто діяв спільно з великим гетьманом коронним та канцлером коронним Яном Замойським. За заслуги перед Річчю Посполитою Симеонові надали індигенат (за одними джерелами, це сталося у 80-х рр. ХVІ ст., за іншими – у 1596 р.). Після смерті Яна Замойського (1605) становище Могил погіршилося. Внаслідок змови, до якої була нібито причетна і дружина його брата Єремії, Симеона отруїли. Знаменитий молдавський літописець Мирон Костин твердив, що цей господар «помер, будучи отруєним своєю шваґровою, дружиною воєводи Єремії, яка прагнула приспішити панування своїх синів». Про це посередньо свідчать тривалі міжусобні війни, які вибухнули через претензії на престол між двоюрідними братами Михайлом (сином Симеона) та Костянтином (сином Єремії) Могилами. На жаль, конфлікт між двома гілками одного роду тривав і надалі, хоч і не так гостро.
Про матір святого – Маргіт (Маргариту-Меланію) – маємо тільки лаконічні та суперечливі джерельні свідчення. За даними, що їх наводить анонімний панегірик Катерині Корецькій «Могилянці» – сестрі св. Петра Могили, Маргіт була угорською княгинею, згідно з іншими джерелами – дочкою молдавського логофета Гавриляшка. По смерті чоловіка вона переїхала з дітьми до Речі Посполитої. У російській, так само як і в польській, літературі звичайно говорять про переїзд удови до Польщі, але свідомо чи несвідомо замовчують той факт, що Могили прибули не в етнічну Польщу, а на «Русь», на західноукраїнські землі, конкретніше – на Львівщину, можливо, й у сам Львів. Удова Симеона Могили ненадовго пережила чоловіка, хоча, за деякими іншими даними, вона померла у 1622 р. Від шлюбу Симеона з Маргаритою-Меланією народилося шестеро синів: Михайло, господар Молдови у 1607 р., Гавриїл, господар Волощини у 1617—1620 рр., Мойсей, господар Молдови у 1630—1631, 1633—1634 рр., Павло (помер малолітнім у 1607 р.), Іоанн та Петро – майбутній митрополит, який був третім із синів господаря. Були у св. Петра Могили ще сестри: Роксанда (померла у 1607 р.), Феодосія (померла 1596 р.), Анастасія (померла малолітньою). Дочка Іоанна – Олена – вийшла заміж за вищезгаданого Мирона Костина, який тривалий час жив у Речі Посполитій, зокрема в Галичині. Мав св. Петро Могила ще й сімох двоюрідних братів і сестер (Костянтин, Олександр, Богдан, Ганна, Катерина, Марія та Ірина (Раїна)), дітей господаря Єремії Могили та польки Ельжбети Чамартівни. Він підтримував дружні, приязні стосунки з ними всіма, але особливо тепло спілкувався з рідним братом Мойсеєм, про якого майбутній митрополит навіть згадав у заповіті й відписав йому кілька власних сіл та четверту частину свого срібла.