В этих условиях командование Волжской военной флотилии неоднократно получало указания тщательно протралить фарватер, исключив потери судов. В июле – августе число тральщиков постоянно росло. Для этих целей приходилось изымать из грузоперевозок все новые суда, которых, учитывая огромные потери 1942 г., и так катастрофически не хватало. На 1 июля в ВВФ насчитывалось 165 тральщиков, а через месяц – 203. К 1 сентября флотилия имела уже 213 тральщиков, а число самих тралов разного типа достигло 317. Подобного противоминного флота не было даже на Балтике!
В августе фронт стал стремительно откатываться на запад, и стало ясно, что Люфтваффе уже не смогут когда-либо возобновить минирование Волги. Поэтому дальнейшая мобилизация транспортных судов для переоборудования в тральщики была приостановлена. Во втором полугодии 1943 г. окончательно сложилась четкая и эффективная организация противовоздушной и противоминной обороны перевозок в бассейне Волги. Была хорошо отработана система наблюдения за всей водной поверхностью Волги от Астрахани до Батраков. В июле – августе количество постов противоминного наблюдения возросло до 956.
К концу сентября численность зенитных орудий Волжской военной флотилии, войск ПВО страны, оперативной группы ПВО транспортной службы Волжского бассейна достигла 427, пулеметов – 1320, прожекторных станций – 189. Управлялись все эти силы с флагманского командного пункта на штабном корабле «Железнодорожник» стоявшего около Сталинграда. Туда поступали данные об обстановке во всей операционной зоне от Астрахани до Саратова, включая сообщения о немецких самолетах, замеченных в районе Волги. Но все эти «великие достижения» были уже не нужны. Единственной серьезной проблемой были донные мины, в т.ч. оставшиеся с 1942 г.
Во второй половине лета тральщики ВВФ провели контрольное траление бывших минных банок, затем повторное траление этих же районов с помощью магнитно-акустических тралов-баржи глубинных бомб. Личным составом дивизионов тральщиков, постов ВНОС было обследовано все побережье Волги. Траление проводилось с большим напряжением на всех боевых участках. Рабочий день экипажей судов составлял 14—17 часов. В июле – августе, когда велась полная ликвидация минных банок на фарватерах, непосредственно на тралении были заняты более 170 тральщиков. Всего до конца навигации они протралили на 15 импульсов площадь в 112 кв. км, прошли со всеми видами тралов 176 761 км. По данным флотилии, с помощью тралов были уничтожены 67 донных мин, взрывами глубинных бомб – 22 мины. Еще 12 мин, обнаруженных на обмелевших участках реки, обезвредили саперы. Большая часть мин – 242 штуки – была «нейтрализована», но еще 20 обнаружить так и не удалось. Учитывая же, что посты наблюдения фиксировали не все падения мин в реку, последних, вероятно, было еще больше. Одновременно с этим проводилось размагничивание всех речных судов.
Все эти масштабные меры дали результаты, потери стали редкими. Но корабли продолжали подрываться. Так, в конце июля недалеко от Сталинграда подорвался и затонул буксирный пароход «Таджикистан». Всего, по официальным советским данным, с апреля по сентябрь 1943 г. в бассейне Нижней Волги на донных минах подорвались 13 судов, т.е. 0,2% от всех прошедших кораблей. Но эта статистика, видимо, касается лишь нефтеналивных судов. В целом же минирование немцами Волги свою задачу выполнило, сильно затруднив судоходство и в особенности перевозки нефтепродуктов. В июле по участку Астрахань – Саратов были перевезены 1100 000 т нефти, в августе – 1155 500 т, а в сентябре – только 965 000 т. Все это не шло ни в какое сравнение не только с довоенными показателями, но даже с достижениями первой половины 1942 г.
В конце навигации Волжская военная флотилия утратила тактическое значение. Часть бронекатеров, тральщиков и сторожевых судов была отправлена на Днепр, Азовское море и Чудское озеро.
На другие флоты и флотилии вместе с кораблями убыли 2560 матросов, старшин и офицеров, 1200тразличныхгрузов. По решению ГКО были разоружены и возвращены речному транспортному и промысловому флоту 75 ранее изъятых судов. И все же полностью расформировать флотилию в 1943 г. не решились. К18 октября в ее составе еще оставались шесть канонерских лодок, 80 тральщиков, 13 сторожевых катеров, пять минометных катеров, 35 полуглиссеров, две плавбатареи, пять штабных кораблей и 30 буксировщиков тралов-барж. 3-я и 4-я бригады речных кораблей были расформированы, а 1-ю и 2-ю бригады траления сократили. Были созданы отдельный дивизион канонерских лодок, отдельный отряд полуглиссеров, 291-й и 292-й отдельные зенитные артдивизионы. Затем после 1 ноября для разных нужд изъяли у флотилии еще часть судов.