Потрясением для «Агаты» стала смерть Александра Козлова. Саша умер 1 марта 2001 года от атеросклероза сердца. Примерно за год до этого он прошел полное обследование, узнал страшный диагноз и, как врач-кардиолог, понял, что жить ему осталось недолго. После похорон одногруппники подготовили трибьют Сашиных песен, которые исполнили «Би-2», «Настя», «Смысловые галлюцинации», «Апрельский марш», но выпуск этого сборника так и не состоялся…
«Агата Кристи» долго приходила в себя. Первый альбом без Козлова «Триллер» увидел свет только в 2004 году. Он собрал неплохую прессу, но воспринимался как слабое подобие работ десятилетней давности. «„Агата Кристи“ была конфедерацией творческих индивидуумов, которые находили точки соприкосновения, — объясняет Вадим. — Со временем этих точек становилось меньше». После «Триллера» братья Самойловы практически перестали работать в студии вместе. Их взгляды на музыку, искусство, политику, жизнь кардинально разошлись. Встречались они только на концертах.
После 20-летнего юбилея в 2008 году «Агата Кристи» рассталась с Андреем Котовым, который отбарабанил в группе 18 лет: «Вадик пришел ко мне и заявил, что в следующий тур он хотел бы поехать с другим ударником: „Ты сам придумай причину, по которой ты уходишь, и мы ее огласим в прессе“. Позже из прессы я узнал, что якобы Вадику было трудно со мной работать, и он решил найти новых музыкантов». 8 ноября братья представили новых музыкантов: ударника Дмитрия «Snake» Хакимова (экс-«Наив») и клавишника-басиста Константина Бекрева (экс-«Мир Огня»).
Однако новый состав оказался недолговечным. Уже 2 февраля 2009 года на официальном сайте группы появилось сообщение о намерении завершить ее долгую историю прощальным туром «Эпилог» и выпуском одноименного альбома: «Это не пафосное прощание. Это просто констатация того факта, что мы заканчиваем длительный и важный период нашей совместной музыкальной и человеческой жизни. „Агата Кристи“ в том виде, в котором она всем известна, исчерпала себя, и мы хотим попрощаться с ней с чувством взаимного удовлетворения».
«Констатация» растянулась более чем на год. 10 июля 2010 года, объехав полсотни городов, «Агата Кристи» дала свой последний концерт на фестивале «Нашествие». Альбом «Эпилог» поступил в продажу спустя символические девять дней.
Братья не перестали заниматься музыкой. Вадим на стихи Владислава Суркова издал два альбома «Полуострова». Глеб организовал собственную группу «The Matrixx». Самойловы долго делили права на исполнение песен «Агаты Кристи». Порой этот спор скандалами прорывался в медийное пространство. В 2015 году братья наконец договорились, что каждый из них может исполнять любые композиции из репертуара общей группы.
«По статистике, средняя продолжительность жизни рок-групп — 5–7 лет, — говорил в 1995 году Александр Козлов. — Потом начинаются самоповторы и некрофилия. Такие примеры, как „The Rolling Stones“ и „Queen“, — редчайшие исключения. Я очень сомневаюсь, что нас ждет такая судьба». Началом истории «Агаты Кристи» можно считать разные даты, но при самом скромном подсчете Саша ошибся минимум в три раза.
«Если» (1985 — М)
«Голос» (1986 — М)
«Свет» (1987 — М)
«Второй фронт» — (1988 — М, 1997 — CD, 2013 — LP)
«Коварство и любовь (I)» — (1989 — М)
«Коварство и любовь (II)» — (1991 — LP, 1994 — CD)
«Декаданс» (1990 — М, 1991 — LP, 1994 — CD)
«Позорная звезда» (1993 — CD, 2013 — LP)
«Опиум» (1995 — CD, 2014 — LP)
«Ураган» (1997 — CD, 2013 — LP)
«Чудеса» (1998 — CD, 2014 — LP)
«Майн Кайф?» (2000 — CD, 2014 — LP)
«Триллер. Часть 1» (2004 — CD, 2014 — LP)
«Эпилог» (2010 — CD, 2015 — LP)
«Агата Кристи. Лучшие песни» (1995 — CD)
«Легенды Русского Рока» (1998 — CD)
«Избранное» (2002 — CD, 2013 — LP)
«Скаzки» (2003 — CD, 2013 — LP)
«Grand Collection» (2004 — CD)
«Агата Кристи. Лучшие песни» (2008 — CD)
«Агата Кристи. Лучшие песни» (2012 — CD)
«Пять лет. Юбилей» (1995 — CD)
«10 лет жизни» (1998 — CD, 2014 — LP)
«Маленький Фриц» (1991 — М, 1995 — CD, 2013 — LP)