Перепуганный султан создал новое правительство во главе с великим везиром Али Риза-пашой. Это правительство, которому Мустафа Кемаль доверял несколько больше, чем предыдущему, созвало палату депутатов (меджлис), заседания которой должны были состояться в Стамбуле. Мустафа Кемаль был избран депутатом меджлиса, однако, опасаясь ловушки, на сессию парламента в Стамбул он не поехал. Он лишь перенес свою резиденцию из Сиваса в Анкару, расположенную ближе к Стамбулу и имевшую с ним телеграфную и железнодорожную связь. 27 декабря 1919 года Мустафа прибыл в Анкару, а в первых числах января следующего года к нему присоединился полковник Исмет, его ближайший соратник.
Несмотря на то что вмешательство оккупационных властей почти полностью парализовало работу меджлиса, им был принят так называемый «Национальный обет» — декларация независимости. Положение в стране продолжало осложняться. В районе Мараша шли бои с армянами, на юге страны турецкие патриоты отбивали атаки французов, в Измире высаживались все новые греческие отряды. Обеспокоенный Мустафа Кемаль направил Исмету в Стамбул письмо, в котором просил его обратить внимание правительства на растущую опасность и на необходимость вооруженной борьбы за независимость и целостность государства.
Жизнь подтверждала правоту Кемаля. 3 марта 1920 года началось широкое, тщательно подготовленное наступление греческих войск. 4 марта правительство Али Риза-паши пало. Новым премьер-министром стал Салих Хулюси-паша, но через несколько дней всю власть в Стамбуле взяли в свои руки англичане. Турецкие патриотические деятели были арестованы и сосланы на Мальту, парламент распущен. Мустафа Кемаль счел необходимым обратиться к нейтральным и заинтересованным государствам с письмом о помощи. Он писал: «Мы убеждены, что никакая сила на земле не может лишить какой-либо народ права на существование».
По требованию оккупантов новое правительство возглавил ярый коллаборационист, проанглийски настроенный политический деятель Дамат Ферит-паша. Желая парализовать деятельность кемалистов, он вовлек в борьбу с ними помимо англичан духовенство. По его инициативе глава турецких мусульман шейх-уль-ислам Дурризаде Абдуллах-эфенди опубликовал фетву — «пастырское послание». Фетва призывала ни более и ни менее, как к физическому уничтожению «бунтовщиков» и «священной войне» (джихад). Была создана «халифатская армия» под началом Англии и Греции. Однако мусульманское духовенство на свободных территориях не поддержало фетву.
Представительный комитет превращается в правительство. 23 апреля 1920 года созванное в Анкаре Великое национальное собрание выслушало представленную Мустафой Кемалем программу действий. На этом же заседании оно объявило себя органом верховной власти, а председателя Великого национального собрания — главой исполнительной власти. Голосованием при большинстве всего в один голос на эту должность избрали Мустафу Кемаля. Положение оставалось напряженным, и через несколько дней был сформирован Исполнительный комитет из шести человек — правительство. Кооптированный в него Исмет стал начальником Генерального штаба турецких вооруженных сил.
В течение короткого срока революционные силы Турции разгромили отряды «халифатской армии» некоего авантюриста Азнавура, усмирили реакционные мятежи в районах Болу, Юздже и Адапазары. В это время греки, не встречая сопротивления, продвигались в глубь Анатолии. Что же касается французов, то они получили отпор и понесли большие потери. В мае 1920 года они послали в Анкару делегацию из двух человек — военного и гражданского — с целью начать переговоры о прекращении военных действий. Франция явно хотела выйти из этой авантюры. Было ясно, что турецкий народ — на стороне Кемаля.
Султанское правительство под давлением англичан в мае 1920 года приговорило Кемаля к смертной казни. Мехмед VI незамедлительно утвердил приговор. Все это еще более скомпрометировало и без того разваливавшийся режим. Мустафа же, заслужив ореол борца за правое дело, приобрел еще большую популярность. О каком-либо соглашении с султанским правительством в создавшихся условиях не могло быть и речи.
Следует подчеркнуть, что из европейских государств одна лишь Советская Россия решительно встала на сторону Мустафы Кемаля и руководимого им освободительного движения. Декрет о мире от 3 декабря 1917 года, а также обращение «Ко всем трудящимся мусульманам России и Востока» провозгласили принцип самоопределения народов, аннулировали тайные соглашения царя и Временного правительства со странами Антанты относительно раздела Турции. Поняв, кто является его истинным союзником и другом, Мустафа Кемаль 11 мая 1920 года направил министра иностранных дел Бекир Сами-бея в Москву для подписания Договора о дружбе. В августе того же года договор был парафирован, а в марте следующего года подписан как Договор о дружбе и братстве. К этому времени в Анкаре и Москве уже были открыты дипломатические представительства обеих стран.