Произвол министра вызвал бурю негодования в среде прогрессивно настроенных профессоров и преподавателей. В знак протеста из университета ушло сто тридцать профессоров, приват-доцентов и преподавателей (более трети профессорско-преподавательского состава). Среди них были Г. В. Вульф, Н. Е. Жуковский, Н. Д. Зелинский, П. П. Лазарев, П. Н. Лебедев, К. А. Тимирязев, Н. А. Умов, В. К. Цераский, А. А. Эйхенвальд и многие другие. В университете, по выражению К. А. Тимирязева, воцарилась «мерзость запустения».
Для Лебедева уход из университета был равносилен катастрофе. В отличие от многих других профессоров и преподавателей, он нигде не совместительствовал, пенсии не заработал. Его квартира была казенной. Он очутился буквально на улице. Но больше всего его угнетала гибель лаборатории, волновала судьба созданной им школы физиков. Все это сильно приблизило его кончину. Однако, по словам Торичана Павловича Кравца, «ученики его получили от него и этот урок — урок высокой чести и гражданского долга».
Содействие лебедевской лаборатории оказал Московский городской университет имени А. Л. Шанявского, где П. П. Лазарев по совместительству заведовал кафедрой физики. Университет этот был создан на средства либерально настроенного генерала Альфонса Леоновича Шанявского, пожертвовавшего на его организацию 200 тысяч рублей. Он был открыт в 1908 году на Волхонке в здании бывших Голицынских сельскохозяйственных курсов. Во главе университета встал К. А. Тимирязев.
В физическую лабораторию нового учебного заведения были приглашены работать многие молодые физики из лаборатории П. Н. Лебедева: Н. Н. Андреев, Д. Д. Галанин, Д. И. Сахаров, А. Г. Калашников, С. Н. Ржевкин, Э. В. Шпольский, Т. К. Молодый и другие. Среди них был и С. И. Вавилов.
В это время Петр Николаевич Лебедев получил два предложения о работе — одно из Петербурга от директора Главной палаты мер и весов профессора Николая Григорьевича Егорова, другое — из Стокгольма от директора Нобелевского института профессора Сванте Августа Аррениуса. Будучи патриотом, П. Н. Лебедев считал невозможным бросить учеников и уехать за границу. Переезд в Петербург его также мало устраивал, так как большинство учеников осталось бы в Москве.
Помогло Общество содействия успехам опытных наук и их практическим применениям имени Х. С. Леденцова. Это общество было создано в 1909 году при Московском университете и Московском техническом училище на средства промышленника-миллионера Х. С. Леденцова, который завещал 2 миллиона рублей на развитие работ по естествознанию и техники в России. Руководителем общества стал Н. А. Умов. Общество оказало большое влияние на развитие ряда важных начинаний в России. Так, оно материально поддерживало аэродинамические лаборатории Н. Е. Жуковского, на его средства был построен трехэтажный корпус для физиологических исследований И. П. Павлова и т. п.
По просьбе П. Н. Лебедева общество выделило ему 15 тысяч рублей. На эти средства для лаборатории были сняты две квартиры в подвальном помещении доходного дома в Мертвом переулке (ныне переулок Островского). Они состояли из девяти небольших комнат. В одной из них разместился механик, в двух других — кабинет П. Н. Лебедева и библиотека, остальные служили лабораторными помещениями. В этом же доме, в верхних этажах, поселились П. Н. Лебедев и П. П. Лазарев. Новая лаборатория П. Н. Лебедева вошла в состав Университета имени А. Л. Шанявского.
Петр Николаевич Лебедев был вынужден уехать за границу на лечение. В его отсутствие под руководством Петра Петровича Лазарева молодежь с жаром трудилась над организацией новой лаборатории. Построили индивидуальные фанерные кабинки, смастерили столы и полки, своими руками выполняли токарные и стеклодувные работы, создавали оригинальные установки. Среди энтузиастов был и студент Вавилов. Менее чем через три месяца лаборатория была готова. В первой половине августа 1911 года Петр Петрович сообщил Петру Николаевичу эту радостную весть. Лебедев заторопился в Москву. Он написал Лазареву: «Через несколько дней я буду в Москве и буду от души рад лично убедиться, что мы вместе с Вами будем делать живое дело в Мертвом переулке».