Почти все 40-е годы Барнет находился в творческом кризисе, снимая фильмы, которые не соответствовали уровню его таланта. Во многом кризис был вызван тем, что в 1940 году Барнету не дали выпустить на экран одну из лучших его работ – комедию «Старый наездник» (фильм появится на экранах страны только в 1959 году). После этого интерес к творчеству у Барнета пропал, он стал всеми силами стремиться на фронт. Чтобы его мечта осуществилась, он в 1943 году вступил в ряды ВКП(б). Однако это не помогло – у него обнаружили тяжелую хроническую болезнь, несовместимую с пребыванием в армии.
Во время войны Барнет снял два сюжета для «Боевых киносборников»: «Мужество» и «Бесценная голова». В 1944 году свет увидела его новая картина «Однажды ночью», но ее прокатная судьба сложилась неудачно. Фильм не понравился киношному руководству, которое назвало его «мрачным» и выпустило ограниченным тиражом.
Судьба могла улыбнуться режиссеру через год, когда вместе с Яковом Протазановым они задумали экранизировать пьесу А. Островского «Волки и овцы». Уже были проведены актерские пробы к фильму, создана съемочная группа, когда внезапно все остановилось. Почему? В августе 1945 года Яков Протазанов скончался, а снимать одному Барнету запретили. Казалось, что удача навсегда отвернулась от режиссера. И тут внезапно на горизонте возник сценарий М. Блеймана, К. Исаева и М. Маклярского «Подвиг разведчика». В его основе был рассказ о том, как советский разведчик Федотов в оккупированной Виннице выкрал секретную переписку фашистского генерала. Фильмов с подобным сюжетом в советском кинематографе еще не было, и Барнет загорелся идеей снять такую картину.
Работа над фильмом началась в Киеве в декабре 1946 года и продолжалась до июля 1947 года. Одну из центральных ролей в этой картине – генерала Кюна – сыграл сам Барнет. В том же году картина была выпущена в прокат и мгновенно стала его лидером, собрав более 22 миллионов зрителей. Это был триумф режиссера, равного которому он не переживал со времен «Окраины». К сожалению, больше таких побед ему добиться не удалось.
С конца 40-х Барнету пришлось снимать кино, которое в большинстве своем не отвечало его дарованию и мастерству. Например, сразу после «Подвига разведчика» он (в содружестве с А. Мачеретом) снял довольно слабый фильм «Страницы жизни». Даже жена Барнета Казарновская умоляла его не браться за этот фильм, считая, что лучше жить скромно, чем браться за что попало. Но Барнет не мог отказать руководству киностудии, поскольку в противном случае остался бы вообще без работы. Следом он снял еще один подобный фильм – «Ляна», где весь сюжет крутился вокруг того, как в Кишинев на смотр художественной самодеятельности прибывает группа артистов, среди которых одна из лучших звеньевых-виноградарей Ляна. Сам Барнет в ноябре 1954 года со съемок «Ляны» в одном из писем жене писал:
«У меня на душе тревожно. Работа идет трудно.
Мои титанические усилия привели к тому, что даже в этом пьяном и хулиганском городе, каким является Кишинев, особенно от 11 часов вечера до 2–3 часов ночи, группа не пьет. Во всяком случае, никто не «напивается». Под моими окнами в гостинице шумит и клокочет ресторан.
Ночные драки, вопли и крики, битье посуды довели меня до того, что я обратился к самому высокому начальству с просьбой унять «клиентов»…»
Фильм «Ляна» не имел большого успеха в прокате и памятен лишь тем, что в нем одни из первых своих ролей в кино сыграли Муза Крепкогорская, Раднэр Муратов и будущий великий комедиограф Леонид Гайдай (он же был на этом фильме и ассистентом режиссера).
В 50-е годы на счету Барнета были фильмы: «Щедрое лето» (1951), «Концерт мастеров украинского искусства» (1952), «Ляна» (1955), «Поэт», «Борец и клоун» (оба – 1957).
Последний фильм режиссер снимал чуть ли не из-под палки. Первоначально режиссером картины был Константин Юдин (это он снял такие кинохиты, как «Сердца четырех», «Близнецы», «Смелые люди»). Однако в разгар работы (в марте 1957-го) Юдин внезапно скончался, и встал вопрос о том, кому доверить работу по завершению картины. Выбор руководства пал на Барнета, который к тому времени превратился в режиссера, работающего «на подхвате» – то есть снимал все, что дают. Фильм он доснял, и, кстати, получился он не самым плохим из того, что было сделано режиссером до этого. И все же ради этой картины Барнету пришлось наступить на горло собственной песне. Его давней мечтой был фильм о «народовольцах», к постановке которого он готовился много лет, часами просиживая в библиотеке, копаясь в архивах. Но едва он заводил речь о подобном фильме в высоких кабинетах, как ему отвечали жестко и коротко – нет. В итоге Барнету приходилось снимать кино, к которому он в глубине души относился, в лучшем случае, со скукой, в худшем – с презрением. Но иного выхода у него не было – надо было думать, как прокормить жену и грудного ребенка (в начале 50-х у режиссера родилась дочь Оля).