Реакция Патриарха на это открытое письмо была весьма жесткой. Священники были запрещены в священнослужении. Также было опубликовано специальное обращение Патриарха, где говорилось: «В их действиях мы усматриваем стремление нанести вред единству нашей Святой Церкви и нарушить мир церковный… Кроме того, в их действиях мы усматриваем и стремление возвести клевету на государственные органы… Распространению всевозможных „открытых писем“ и статей должен быть положен решительный конец». Крайне отрицательной была официальная реакция на открытое письмо и у епархиальных архиереев, несущих ответственное церковное служение священников. Например, митрополит Ярославский и Ростовский Иоанн в своем письме Генеральному секретарю Всемирного Совета Церквей отмечал: «Я особенно возмущаюсь поведением священника Глеба Якунина, который, оставив созидательную деятельность пастыря, обратился к писанию клеветнических заявлений, волнующих лживыми миражами атмосферу экуменического движения».
Настоятель Ярославского кафедрального собора протоиерей Борис Старк также писал, осуждая поступок Глеба Якунина: «Я не читал лично этого письма, но на основании мною услышанного от наших делегатов считаю своим пастырским долгом откликнуться на то, что было мною услышано». В 1966 году 12 верующих Кировской епархии подписались под письмом к Патриарху, составленным Борисом Талантовым. В письме говорилось о том, что религиозная жизнь разоряется руками церковного руководства. Письмо получило огласку за пределами страны. В результате травли, развязанной в местной печати, скончались, не выдержав стресса, несколько человек, подписавших письмо (в том числе жена Талантова — от инсульта). 12.06.1969 года Б. Талантова арестовали и осудили на 2 года лагерей общего режима, где он и умер за несколько часов до освобождения.
Кроме того, в 1968 году за свое письмо, в котором содержались обвинения в отходе от норм, выработанных Поместным Собором 1917–1918 гг. и резкая критика реформы приходского управления был отправлен на покой и послан в Жировицкий монастырь Калужский архиепископ Гермоген (Голубев).
Ситуация, сложившаяся в 70-е годы, очень своеобразна и даже в чем-то комична. Если представить официальный атеизм и церковь как две сражающиеся друг с другом армии, то можно сказать, что одна из этих армий, атеистическая, пользуется немыслимыми в «нормальной» войне правами — она, например, может определять, кто будет командовать армией противника и сколько боеприпасов он может использовать. И тем не менее именно эта армия все более проигрывает.
Если в конце 50-х — в 60-е годы хрущевская либерализация в какой-то мере оживила веру в идеалы революции, то 70-е годы стали годами крайнего разочарования интеллигенции в официальных лозунгах, когда какие-либо надежды на перемены к лучшему были утрачены. Между тем, церковь — фактически единственная легальная организация с неофициальной и, более того, противоположной официальной идеологией, которая относительно безопасна (тем более, что ее совершенно не обязательно демонстрировать). В этой ситуации движение к церкви и религии становится совершенно естественным — так же, как до революции было совершенно естественным движение к атеизму. В интеллигентских кругах распространяются самые разные религии. Но поскольку в основе этого движения все же отталкивание от настоящего и романтизация национального прошлого, наиболее выигрывает от него православие, куда переходит множество видных представителей интеллигенции (так же, как в республиках с иной национальной религиозной традицией наиболее выигрывают эти национальные религии). Атеизм же в определенных интеллигентских кругах становится просто чем-то неприличным — как до революции в передовых интеллигентских кругах «неприличной» была религиозность. И если до революции у нас в интеллигенции было мощное атеистическое крыло, а в народе господствовало формальное православие, то теперь ситуация становится противоположной.
1970-1980-е годы — время, когда наблюдается оживление общественного интереса к проблемам Русской Православной Церкви. Общественная реакция на засилье государственного атеизма становится ярко выраженной, появляются свидетельствующие об этом документы. Однако со стороны церковной иерархии эти проявления свободомыслия не всегда встречают понимание, имеют место проявления идеализации ведущими архиереями государственно-церковных отношений в СССР.