Российское государство в 1990-е годы практически перестало контролировать Русскую Православную Церковь. С одной стороны это было позитивным решением: Церковь начала активную социальную и образовательную, просветительскую деятельность. Начинали практически из руин восстанавливаться монастыри и храмы, являющиеся памятниками архитектуры, истории и культуры. Однако государство в это время перестало контролировать не только традиционные, но и другие конфессии, в том числе деструктивные секты, деятельность которых носила антигосударственный, антиобщественный и античеловеческий характер. Лишь в 1997 году деятельность религиозных течений нетрадиционного толка была законодательно ограничена.
Необходимо отметить, что и внутрицерковная жизнь в этот период была неоднозначной. В Церковь, кроме женщин пенсионного возраста, пришло много мужчин, молодежи. Появились возможности для религиозного воспитания детей. Церковь начинает активное сотрудничество с государственными и общественными учреждениями, в том числе зарубежными, с научными, образовательными и социальными структурами.
Однако кадрово Церковь на этом этапе не была еще готова для охвата всех сторон той многогранной деятельности, которая стала ей доступна. Поэтому в 1990-е годы можно было отмечать многочисленные случаи, когда открывшимися возможностями религиозной проповеди пользовались не православные, а представители тоталитарных сект или, в лучшем случае, протестанты, имеющие зарубежную финансовую поддержку.
Резкий количественный рост Церкви требовал значительно увеличить и существующее количество священнослужителей. Это привело к тому, что в Церкви появилось значительное количество людей не только без соответствующей подготовки, но и вообще случайных. Государство в этот период закрывало глаза на финансово-хозяйственную деятельность Церкви также, как в годы Советской власти пристально ее контролировало. Такая ситуация создавала благоприятные возможности для различных махинаций под видом Церкви. Появилось резкое расслоение в среде духовенства на богатых и бедных. Одни имели огромные доходы, другие жили за чертой бедности или же вынуждены были дополнительно находить светскую работу как единственный источник существования.
Церковно-общественные отношения также претерпевали изменения. Если в начале 1990-х годов наблюдался повышенный общественный интерес к Церкви, то во второй половине 1990-х он пошел на спад. Во многом это было связано с неоправданными желаниями многих людей найти в измученной 70-летним периодом гонений Русской Православной Церкви панацею от всех социальных и общественных проблем. Кроме того, многие пытались подходить с оценкой по заведомо завышенным критериям к членам Церкви, забывая при этом, что они просто люди и как таковые отражают общее состояние общества в России.
Однако Русская Православная Церковь в целом успешно пережила 1990-е годы. На фоне всеобщей децентрализации власти она сохранила свое строго иерархическое устройство управления, упрочив его так, как не могла это сделать, начиная с 1700 года. В 1990-е годы можно говорить о партнерских государственно-церковных отношениях, государство не вмешивалось во внутренние дела Церкви. Церковь активно возрождала свою инфраструктуру, проводила большую социальную работу. Но, как выше уже отмечалось, возможно, что беспрецедентная для Российской истории XVIII–XX вв. свобода Церкви была обусловлена тем, что государству, вынужденному решать более актуальные проблемы, было просто не до религиозного вопроса. Кроме того, власть, авторитет которой подрывался августовским путчем 1991 года, распадом Советского Союза, противостоянием Президента и народных депутатов 1993 года, закончившимся применением военной силы против парламента, сепаратистскими настроениями, приведшими к двум чеченским войнам, нестабильностью государственной валюты, поощрением перехода к дикому капитализму и целым рядом других факторов, могла поддерживать Церковь как одного из свидетелей ее легитимности.
1990-е годы — особый период в истории Русской Православной Церкви. Это время сохранения и упрочнения властной вертикали внутри Церкви, происходившего на фоне больших общественных дискуссий о том, как должна управляться Церковь. Это время бурного роста церковной инфраструктуры; время, когда Церковь смогла проникнуть во многие сферы общественной жизни; стала востребованным партнером государства по многим социальным вопросам.