Докато Лок е в Лангедок, Робърт Бойл поддържа активна кореспонденция с континентална Европа. В архива му е намерена част от писмата, които е получавал от някакъв загадъчен французин — Жорж Пиер, за който не се знае нищо и който вероятно е използвал псевдоним. Писмата са посветени главно на алхимията и алхимичните опити. Но по-важното — от тях личи, че заедно с херцога на Савоя и Дю Мулен Бойл е членувал в тайно общество от последователи на херметиците.
В периода от 1675 до 1677 г. Робърт Бойл издава два амбициозни алхимични трактата — „Загряване на живака, примесен със злато“ и „Историческо изложение на разпадането на златото“. През 1689 г. съобщава, че няма да приема посетители в определени дни, които е посветил на алхимични опити. Както отбелязва самият Бойл, с тях той смята „да изпълня първоначалното си намерение и да оставя нещо в наследство на прилежните последователи на херметиците, като опиша чистосърдечно в приложените материали някои процеси — химични и медицински, не така прости и ясни, каквито имах навика да излагам досега, по-трудни и сложни от процесите, които съм засягал до този момент, съдържащи повече елементи на извисените загадки на херметиците, които Хелмонт определя като «arcana majora389».“390
Бойл допълва, че смята да се изразява възможно най-достъпно, „макар че няма да спомена цялостното им приложение отчасти защото въпреки филантропията си съм обещал да пазя тайна“.391
„Приложените материали“, за които пише Бойл, така и не са намерени. Може би са попаднали у Нютон или Лок. В завещанието си той оставя именно на тях двамата целия си архив, както и малко от загадъчната „червена прах“, за която непрекъснато споменава в много от писмата си и която използва в своите алхимични опити.
Роден е през 1642 г. в Линкълншир в „древен шотландски благороднически род“, както отбелязва самият той, въпреки че никой не гледа сериозно на това негово твърдение. Следва в Кеймбридж, през 1672 г. е избран за член на Кралското общество, а след година се запознава с Робърт Бойл. През 1689–1690 г. се сближава с Джон Лок и със загадъчния Никола Фасио дьо Дюийе. Потомък на аристократичен род от Женева, Дьо Дюийе кръстосва надлъж и шир Европа. От време на време явно работи като шпионин, събиращ сведения за краля на Франция Луи XIV. Познава се с всички изтъкнати учени на своето време. Откакто пристига в Англия, става единственият близък приятел на Нютон. Най-малко десет години след запознанството си са неразделни.
През 1696 г. Нютон е назначен за директор на Кралския монетен двор и определя златния стандарт. През 1703 г. оглавява Кралското общество. Пак по това време се сприятелява с млад протестант, емигрирал от Франция — Жан Дьозаглие, който заедно с още един свой колега завежда експерименталната секция към Кралското общество. През следващите години Дьозаглие се прочува като един от водачите на франкмасонството, което се разпространява учудващо бързо из цяла Европа. Познава се с такива известни масони като Джеймс Андерсън, Рамзи и Чарлс Ратклиф. През 1731 г. като магистър на масонската ложа в Хага ръководи посвещаването на първия европейски владетел, станал масон. Този владетел е Франц I, херцог на Лотарингия, който след женитбата си с Мария Терезия Австрийска става император на Свещената римска империя.
Няма сведения, че и Нютон е бил масон. Той обаче членува в полумасонския Клуб на джентълмените отцепници, в който се записват и мнозина други знаменитости, например Александър Поуп. И още нещо, от някои от трудовете му личи, че Нютон споделя възгледите на масонските водачи от онова време. Така например, подобно на редица автори масони, и Нютон твърди, че не Мойсей, а Ной е въплъщение на езотеричната мъдрост. Още през 1689 г. се заема с труд, който смята за един от основополагащите в своята дейност и който посвещава на древните царства. Озаглавява го „Нова хронология на древните царства“ и в него се опитва да установи произхода на царската институция, както и че еврейската култура е първооснова за всички останали древни култури. Според Нютон древният юдаизъм е съкровищница на божественото познание, което впоследствие е разпиляно, изопачено и като цяло забравено. Въпреки това ученият е убеден, че мъничко от това познание се е съхранило във философията на Питагор, чиято „музика на сферите“ той тълкува като метафора на Закона за земното притегляне. В опита си да формулира точен научен метод, чрез който да състави хронология на събитията в Стария и Новия завет и в древните митове, Нютон използва за отправна точка Язон и търсенето на Златното руно, което като повечето масони и езотерици тълкува като алхимична метафора. Заема се и да установи съответствията, които според херметиците съществуват между музика и архитектура. Подобно на повечето масони отдава огромно значение на формата и пропорциите на Соломоновия храм, в които според него е заложена някаква алхимична формула. Убеден е, че древните ритуали в Соломоновия храм са включвали алхимични процеси.