Тайно готовясь к июльскому восстанию, левые эсеры в Петрограде во главе с Прошьяном были недовольны таким решением Петросовета и развернули в своих газетах бешеную травлю комиссии Урицкого, обвиняя его и чекистов в нарушениях революционной законности. Зашевелились и сотрудники комиссариата юстиции, в котором преобладали левые эсеры. Они выступили в печати с предложением распустить комиссию Урицкого.
Но попытка левых эсеров ликвидировать Петроградскую чрезвычайную комиссию не удалась. Большую поддержку питерским чекистам оказал своим письмом в Петроградский Совет Феликс Эдмундович Дзержинский. Он писал:
«В газетах имеются сведения, что Комиссариат юстиции пытается распустить Чрезвычайную комиссию Урицкого. Всероссийская чрезвычайная комиссия считает, что в настоящий, в наиболее обостренный момент, распускать таковой орган ни в коем случае недопустимо, напротив, Всероссийская конференция чрезвычайных комиссий по заслушании докладов с мест о политическом состоянии страны пришла к твердому решению о необходимости укрепления этих органов при условии централизации и согласованной их работы, о вышеупомянутом комиссия ВЧК просит сообщить товарищу Урицкому».
Установка Владимира Ильича на необходимость резкого усиления борьбы с террористами всех мастей, письмо Феликса Эдмундовича о необходимости укрепления органов защиты пролетарской революции были как нельзя более своевременны.
6 июля в Москве левым эсером Блюмкиным был убит германский посол Мирбах. Левоосеровские лидеры на V Всероссийском съезде Советов призвали к разрыву мирного договора с Германией, к продолжению военных действий. Блюмкин скрылся в отряде ЧК, которым командовал левый эсер Попов. В этом отряде обосновался штаб левоэссровских заговорщиков — их ЦК.
Феликс Эдмундович Дзержинский лично отправился в отряд Попова и потребовал выдачи Блюмкина, но был арестован заговорщиками и обезоружен. Были арестованы и другие ответственные сотрудники ВЧК и председатель Моссовета Смидович. Их объявили заложниками. Один из лидеров левых эсеров, комиссар внутренних дел Северной области Прошьян, приехавший в Москву на V Всероссийский съезд Советов, через Центральный телеграф стал передавать воззвания заговорщиков в другие города. Партия левых эсеров объявила себя «правящей партией».
Однако принятыми мерами мятеж левых эсеров в Москве 7 июля был ликвидирован. По указанию Ленина на борьбу с мятежниками были мобилизованы большевистские партийные организации и верные революции воинские части. Левоэсеровскис делегаты Всероссийского съезда Советов во главе со Спиридоновой были изолированы. Советские войска повели артиллерийский обстрел здания, которое занимал отряд Попова, мятежники начали сдаваться в плен. Заложников освободил сам караул. Активные мятежники по решению ВЧК были расстреляны.
Урицкий в это время как делегат съезда Советов находился в Москве. Как только Якову Михайловичу Свердлову стало известно, что левые эсеры начали мятеж, он пригласил Урицкого и секретаря Петроградского комитета большевистской партии Заславского и предложил им немедленно выехать в Петроград.
— Надо опередить левых эсеров, которые в Петрограде также готовят вооруженный мятеж, — сказал Свердлов.
Для подготовки специального поезда па Петроград было дано два часа. Железнодорожники уложились в срок. Поезд — паровоз и один вагон — мчался, минуя все станции. Два раза в пути менялся паровоз. Урицкий и откомандированные с ним из Москвы чекисты прибыли вовремя.
6 июля группа левых эсеров, укрепившаяся в здания Пажеского корпуса, была разоружена. Решением очередного съезда Советов Северной области эсер Прошьян был снят с поста комиссара внутренних дел и на эту должность по совместительству с должностью председателя ЧК был снова назначен Моисей Соломонович Урицкий.
После ликвидации левоэсеровского мятежа Петроград постигло новое испытание. Вспыхнула эпидемия холеры. И тут вновь «зашевелились» правые эсеры. В водокачку, обеспечивающую город питьевой водой, были заложены бомбы. Одна из них взорвалась. Взрыв причинял лить незначительные разрушения. Часть организаторов взрыва была арестована и доставлена на Гороховую, 2.
Военное положение молодой Советской республики было крайне тяжелым.
На Волге и в Сибири вспыхнул контрреволюционный мятеж чехословацкого корпуса, Украина и Белоруссия оккупированы немцами, на Дону и Кубани хозяйничали белоказаки, в Мурманске высадились английские, американские и французские войска…
В Петроградской ЧК появились дела о белогвардейских организациях, вербующих добровольцев в белую армию.
Однажды к Урицкому пришли двое рабочих с Путиловского завода и рассказали о том, что некто Николай Корольчук предлагает им хорошо оплачиваемую работу не то в Мурманске, не то в Архангельске.
— Это похоже на вербовку, которую проводили в войсках Каледина в начале нынешнего года, — сказал Урицкий, обращаясь к Бокию.
— Надо проверить этого вербовщика, — согласился Бокий.
Урицкий и Бокий предложили рабочим продолжить знакомство с Корольчуком.
Очень скоро чекисты получили данные о вражеской организации, занимающейся переправкой бывших офицеров и антисоветски настроенных лиц на Север. Чекистам стал известен и пароль, с которым должны прибывать завербованные: «13», ответ— «57».
С этим паролем и выехали чекисты для ликвидации сборных пунктов завербованных белогвардейцев. Как показало расследование, вербовка велась на щедрые денежные субсидии англичан.
Но не только англичане оплачивали ненависть бывших царских офицеров к Советской власти. Петроградские чекисты сумели обнаружить и ликвидировать каналы нелегальной переправы офицерских кадров в Псков, в распоряжение немецких оккупантов.
В августе Урицкий лично закончил расследование по делу группы заговорщиков — офицеров Михайловского артиллерийского училища, вдохновляемых правыми эсерами и субсидируемых англичанами.
Была ликвидирована и подпольная антисоветская организация в 1-й авиационной группе. Для конспирации бывшие царские офицеры занимали технические должности. Главарь группы Поморский был тесно связан с будущим террористом Канегиссером. Группа, имея в своем распоряжении автомобили, пыталась производить налеты на тюрьмы, чтобы освободить заключенных в них белогвардейцев. В этих операциях должны были принимать участие наемные банды уголовников.
20 августа 1918 года в связи с обострившейся в Петрограде обстановкой Совет комиссаров Союза коммун Северной области издал следующее постановление: «Враги народа бросают вызов революции, убивают наших братьев, сестер, сеют измену и тем самым вынуждают коммуну к самообороне. Совет комиссаров заявляет: за контрреволюционную агитацию, за призыв красноармейцев не подчиняться распоряжениям Советской власти, за тайную или явную поддержку того или иного иностранного правительства, за вербовку сил для чехословацких или англофранцузских банд, за шпионство, за взяточничество, за спекуляцию, за грабежи и налеты, за погромы, за саботаж и т. п. преступления виновные подлежат немедленному расстрелу. Расстрелы производятся только по постановлению Чрезвычайной комиссии по борьбе с контрреволюцией и спекуляцией».
Урицкий реорганизовал комиссариат внутренних дел, в частности отдел охраны, на который он возложил общее руководство охраной Петрограда.
В то же время Урицкий занимался и иностранными делами. В его кабинете на Дворцовой площади часто происходили приемы послов Швеции, Дании и других нейтральных стран. Приемная всегда была полна лиц, хлопочущих о получении выездных виз.
После убийства Мирбаха германская миссия переехала в Петроград. Вести с ней переговоры вместе с другими представителями Северной коммуны было поручено Урицкому. Вот как рассказывает об этом Борис Павлович Позерн: