Постепенно финансировавшие выборы Ельцина олигархи благодаря усилиям штабов начинали верить в возможность его победы и убеждались в нежелании Зюганова идти на компромисс (тогда от него, сочтя его предателем, отвернулись бы партия и значительная часть общества).
В результате в начале июня те же олигархи подписали противоположное по смыслу открытое письмо, выразившее неприятие Зюганова и поддержку Ельцину. Его инициаторами были Потанин и ранее поддерживавший Зюганова Ходорковский; Березовскому пришлось присоединиться.
Видя провал идеи компромисса, он загодя стал одним из инициаторов «стратегического соглашения» между Ельциным и Лебедем. Заняв в первом туре третье место с 14,5 % голосов (это спасло Ельцина, так как голоса были оттянуты у Зюганова), Лебедь перед вторым туром поддержал Ельцина в обмен на пост секретаря Совета безопасности «с особыми полномочиями» и помощника президента по национальной безопасности. Кроме того, что не могло быть предусмотрено соглашением, он поддержал Чубайса против Коржакова, Барсукова и Сосковца, обеспечив их низвержение. В результате, находясь под контролем Березовского, он заручился поддержкой Чубайса.
После победы Ельцин был не в силах управлять страной. Некоторые члены его окружения после его инаугурации уверовали в бога, так как не могли объяснить сохранение Ельцина в сознании до ее завершения ничем, кроме своей исступленной молитвы «только не упади!»
Березовский сделал ставку на Лебедя: после изгнания своей опоры – Коржакова – он был вынужден делить свое влияние на «семью» с крепнущей группировкой Чубайса, а Лебедь был едва ли не его исключительной «собственностью». Именно давними тесными связями Березовского с чеченской преступностью и его возможностью давления на военное руководство (Министр обороны Родионов был назначен по представлению Лебедя) можно объяснить успех нападения боевиков на Грозный в начале августа 1996 года, по итогам которого Лебедь подписал Хасавюртское соглашение (на полутора страницах с фактически признанием независимости Чечни) и, как тогда казалось, закончил мучительную чеченскую войну.
Готовя Хасавюртский мир, Березовский как представитель федерального центра сначала посетил Масхадова и потом заехал к российскому командующему Пуликовскому, заявив ему при офицерах: «Ты, генерал, можешь считать все, что угодно. Твоя задача: молчать и выполнять то, что тебе мы с Лебедем говорим». Иначе «я тебя, генерал, вместе со всей вашей дохлой группировкой сейчас куплю и перепродам! Понял, чего стоят твои обещания?..»
Лебедь был опьянен популярностью и властью. Не понимая реального устройства государства, он попытался перетянуть на себя рычаги управления страной. Решив опереться на военную силу, он, по воспоминаниям чиновников, стал обзванивать по спецсвязи командиров крупных воинских частей, требуя выбрать между поддержкой его или недееспособного Ельцина. Забавно, что, когда на следующий день перед его темно-синим «мерседесом» не открылись ворота Старой площади, он просто не понял, что произошло. Официально Лебедь был отправлен в отставку после обвинения Министром внутренних дел А.С. Куликовым в подготовке госпереворота.
Совет безопасности возглавил первый спикер Госдумы, избранной после расстрела Верховного Совета, бесцветный Рыбкин. Березовский стал его заместителем, компенсировав утрату перспективного Лебедя личным вхождением во власть.
Сорвать это назначение заявлением свежеуволенного Коржакова о том, что Березовский уговаривал его убить Гусинского, Лужкова, Кобзона и Лисовского, не удалось, – хотя, в отличие от других, эта публикация не опровергалась Березовским. Публикации о его израильском гражданстве вынудили Березовского отказаться от него, навсегда разорвав связи с официально не прощающим такого Израилем.
Березовский эффективно использовал возможности, открывшиеся перед ним благодаря официальному статусу, взяв на себя отношения с Чечней.
По ряду оценок, он наладил спонсирование боевиков под видом выкупа заложников, способствовав превращению их захвата в массовый вид деятельности. По воспоминаниям военнослужащих, входивших в Чечню в ходе второй войны, южнее Терека ямы для содержания русских рабов-заложников находили во всех дворах, где их искали. Березовскому этот процесс приносил деньги, влияние и репутацию миротворца.