В современном взгляде поляков на Церковь неизгладимый след оставило самоотверженное поведение духовенства во время войны. Помимо бессчетного числа прихожан 3646 польских священников попали в концентрационный лагерь, 2647 из них погибли. Из 1117 монахинь, попавших в заключение, 238 были замучены, 25 умерли в тюрьме от разных причин. Дахау, концентрационный лагерь близ Мюнхена, стал самым большим религиозным собором в мире: в нем было собрано 1474 польских священника и несколько сот духовных лиц из других оккупированных стран. Около 120 польских священников стали объектами преступных медицинских экспериментов. В конце 1939 г. были расстреляны священнослужители главного собора Пеплинской епархии. Епископ Михал Козал из города Влоцлавек погиб в Дахау в 1943 г. Там же в 1945 г. умер от тифа отец Хилари Павел Янушевский, бывший приор краковских кармелитов; он заразился, когда добровольно дежурил в больничном отделении лагеря. Другой краковский священник, Петр Даньковский, умер в 1942 г. в Страстную пятницу в Освенциме, распятый на бревне. Альфонс Мария Мазурек, приор монастыря Босоногих кармелитов в Черне, скончался 28 августа 1944 г., после того как его арестовали в монастыре и затем жестоко избили. Силезианец Юзеф Ковальский был арестован в мае 1941-го в Денбниках, в той же церкви, которую посещал Кароль Войтыла. Его отправили в Освенцим, где за отказ втоптать в землю четки для молитв в ночь на 3 июля 1942 г. его утопили в испражнениях.
Сразу по прибытии в Быдгощ в самом начале войны немцы в качестве ответа на подпольное польское сопротивление приступили к казням священнослужителей. Священник в оккупированной Польше мог быть убит даже за то, что осмелился провести процессию вокруг церкви без разрешения. Стоящие вдоль дорог раки были разбиты. Немцы попытались ограничить использование польского языка даже в исповедальнях; один священник из Хойнице был так жестоко избит после того, как выслушал исповедь на польском языке, что позднее скончался в тюрьме. Ганс Франк закрыл собор в Вавельском замке, но позднее разрешил две службы в неделю; отец Фиглевич должен был проводить их под внимательным присмотром немецкой охраны. К концу войны примерно треть польского духовенства была либо расстреляна, либо замучена в концентрационных лагерях. И в большинстве случаев гибли самые просветленные, самые непокорные.
Деятельность католических молодежных групп была запрещена, поскольку эти группы, как правило, участвовали в польском движении Сопротивления. Ванда Полтавская, молодой курьер католического сопротивления, провела несколько лет в концентрационном лагере в Равенсбрюке, где людям, как подопытным свинкам, болезнетворные бациллы вводили в костный мозг. Но там ее сопротивление продолжалось, поскольку она обнаружила «самоотверженное мужество людей, которые действовали сегодня, так как знали, что завтра будут мертвы». Другие участники Сопротивления могли считать себя более удачливыми. Стефан Вышыньский, молодой священник, задержанный гестапо за участие в рабочем движении, после ареста смог остаться в живых; затем все годы войны он участвовал в движении Сопротивления. У него была подпольная кличка — Сестра Цецилия. О нем говорили: «Где сегодня Сестра Цецилия служит мессу?»
Жизнь в Польше между 1939 и 1945 г. была странной, даже абсурдной. Никто не мог сказать, доживет ли он до следующего года. В стране, где оккупанты развернули террор, вопрос стоял так: доживете ли вы до завтра. Если оккупанты могли ошибаться столько, сколько им заблагорассудится, поляк мог ошибиться только однажды. Всего через три месяца оккупации буквально каждый житель Польши пришел к подобному заключению. Получаемый рацион был явно недостаточен для выживания, поэтому все вынуждены были в той или иной мере преступать закон, торгуя на черном рынке. Когда в Польше узнали о поражении Франции, в Варшаве, Кракове и тех местах, где проживала польская интеллигенция, начались массовые самоубийства. Ждать помощи было больше неоткуда. Весны не будет. Зима, что опустилась на землю, не уйдет никогда. Польшу словно сковал ледяной панцирь.